conda包创建及上传

创建conda包并上传至anaconda

本文将介绍如何构建 Conda 包，并将生成的 Conda 包上传至 anaconda cloud

首先下载安装Anaconda

系统：macOS arm64

创建新的 Conda 环境

# 创建 conda 构建环境
$ conda create -n PersusX

# 激活 conda 构建环境
$ conda activate PersusX

# 安装conda-build
$ conda install conda-build

注册 Anaconda Cloud 账号

Anaconda 的地址为 https://anaconda.org/

安装 Anaconda 客户端

$ conda install anaconda-client

登录 Anaconda

$ anaconda login

conda 打包步骤

将package 打包成conda可以安装的包需要使用工具conda-build，将打包完成的package需要anaconda-client。

使用conda通常是用试错的方法打包的，在第一构建程序包的时，通常会因为缺少依赖关系或者链接错误导致失败，之后可以通过检查这些错误并修改recipe，以及缺少的依赖项，这通常是meta.yaml文件中内容。在经过几次尝试和循环纠错后，可以最终打包成功。

1. coanda打包时的路径
2. conda打包时的工作环境
3. meta.yaml 的内容
4. build.sh 的内容

需打包package的文件结构

本文以脉冲星数据处理软件tempo为案例，tempo的文件结构为：

tempo
├── Makefile.am
├── README
├── clock
│   ├── Makefile.am
│   ├── bipmnist.01.extrap
│   ├── bipmnist.03.extrap
│   ├── bipmnist.05.extrap
│   ├── bipmnist.06.extrap
│   ├── bipmnist.08.extrap
│   ├── bipmnist.11.extrap
│   ├── bipmnist.12.extrap
│   ├── bipmnist.12.extrap.extralong
│   ├── bipmnist.14
│   ├── bipmnist.15.extrap
│   ├── bipmnist.16.extrap
│   ├── bipmnist.17.extrap
│   ├── bipmnist.18.extrap
│   ├── bipmnist.19.extrap
│   ├── bipmnist.92
│   ├── bipmnist.96
│   ├── leap.sec
│   ├── time.dat
│   ├── time3_gbt.dat
│   ├── time_ao.dat
│   ├── time_bonn.dat
│   ├── time_chime.dat
│   ├── time_gb140.dat
│   ├── time_gb853.dat
│   ├── time_gbt.dat
│   ├── time_jb.dat
│   ├── time_nancay.dat
│   ├── time_nuppi.dat
│   ├── time_pks.dat
│   ├── time_vla.dat
│   ├── time_wsrt.dat
│   ├── ut1.dat
│   └── utccorr.tot
├── config
│   ├── ax_blas.m4
│   └── ax_lapack.m4
├── configure.ac
├── doc
│   ├── Makefile
│   ├── index.html
│   ├── param_idx.txt
│   ├── ref_man_sections
│   │   ├── binary.txt
│   │   ├── clock.txt
│   │   ├── config.txt
│   │   ├── control.txt
│   │   ├── description.txt
│   │   ├── ecliptic.txt
│   │   ├── ephem.txt
│   │   ├── fixedformat.txt
│   │   ├── freeformat.txt
│   │   ├── inputfile.txt
│   │   ├── nist-utc.txt
│   │   ├── notes.txt
│   │   ├── obsys.txt
│   │   ├── options.txt
│   │   ├── output.txt
│   │   ├── parameter.txt
│   │   ├── tdb-tt.txt
│   │   ├── toa.txt
│   │   ├── toacommand.txt
│   │   ├── tz-in.txt
│   │   ├── tz-param.txt
│   │   ├── tz-polyco.txt
│   │   └── tz.txt
│   ├── reference_manual.html
│   ├── tempo11.000_install.html
│   ├── tempo11.html
│   ├── tempo_idx.html
│   ├── tempo_install.html
│   ├── tempo_update.html
│   ├── upload
│   └── upload_gh
├── ephem
│   ├── DE200.1950.2050
│   ├── DE405.1950.2050
│   ├── DE418.1950.2050
│   ├── DE421.1950.2050
│   ├── DE430.1950.2050
│   ├── DE435.1950.2050
│   ├── DE436.1950.2050
│   ├── DE438.1950.2050
│   ├── DE440.1950.2050
│   ├── Makefile.am
│   ├── TDB.1950.2050
│   └── ecliptic.dat
├── info
│   └── recipe
│       ├── build.sh
│       └── meta.yaml
├── obsys.dat
├── prepare
├── src
│   ├── Makefile.am
│   ├── a1ut1f.f
│   ├── a1utcf.f
│   ├── acom.h
│   ├── ang.f
│   ├── array.h
│   ├── arrtim.f
│   ├── atimfake.f
│   ├── bcom.h
│   ├── bigendian.f
│   ├── blkdbat.f
│   ├── bnrybt.f
│   ├── bnrybtx.f
│   ├── bnrydd.f
│   ├── bnryddfwhiecc.f
│   ├── bnryddgr.f
│   ├── bnryddk.f
│   ├── bnryddp.f
│   ├── bnrydds.f
│   ├── bnryddt.f
│   ├── bnryeh.f
│   ├── bnryell1.f
│   ├── bnrymss.f
│   ├── bootmc.f
│   ├── bt2ell1.f
│   ├── cfgin.f
│   ├── chebpc.f
│   ├── citem.f
│   ├── clockcor.f
│   ├── clocks.h
│   ├── config.h.in
│   ├── covar.f
│   ├── cross.f
│   ├── cutil.c
│   ├── damoyr.f
│   ├── dim.h
│   ├── dot.f
│   ├── dp.h
│   ├── dskrd.f
│   ├── earth.f
│   ├── ell12bt.f
│   ├── eph.h
│   ├── ephcom.h
│   ├── ephinit.f
│   ├── ephread.f
│   ├── equ2ecl.f
│   ├── fit.f
│   ├── fk4tofk5.f
│   ├── flagcom.h
│   ├── galco.f
│   ├── gasdev.f
│   ├── get_version_id.sh
│   ├── getcmdline.f
│   ├── getecliptic.f
│   ├── getflags.f
│   ├── getvalue.f
│   ├── glitch.h
│   ├── glsfit.f
│   ├── glsfit_missing.f
│   ├── inpar.f
│   ├── interp.f
│   ├── lmst.f
│   ├── mass2dd.f
│   ├── matinv.f
│   ├── matrix.f
│   ├── mjdadd.f
│   ├── mxprt.f
│   ├── newbin.f
│   ├── newsrc.f
│   ├── newval.f
│   ├── nutation.f
│   ├── obsite.f
│   ├── orbit.h
│   ├── outpar.f
│   ├── pcard.f
│   ├── pcshft.f
│   ├── plnoise.f
│   ├── pospm_conv.f
│   ├── prcnut.f
│   ├── precession.f
│   ├── propmo.f
│   ├── radian.f
│   ├── ran1.f
│   ├── resid.f
│   ├── setup.f
│   ├── sitea2n.f
│   ├── siten2a.f
│   ├── siten2b.f
│   ├── sort.f
│   ├── space_motion.f
│   ├── tdb1ns.f
│   ├── tdbcom.h
│   ├── tdbgen.f
│   ├── tdbinit.f
│   ├── tdbinit2.f
│   ├── tdbread.f
│   ├── tempo.f
│   ├── timcalc.f
│   ├── tmalloc.f
│   ├── toa.h
│   ├── tparin.f
│   ├── tpohdr.f
│   ├── trnsfr.h
│   ├── tz.h
│   ├── tzfit.f
│   ├── tzinit.f
│   ├── ut1.h
│   ├── ut1red.f
│   ├── vcom.h
│   ├── vmemw.f
│   └── ztim.f
├── tempo.cfg.in
├── tempo.hlp
├── test
│   ├── 0437-4715.par.original
│   ├── 0437.par
│   ├── 0437.tim
│   ├── Makefile.am
│   ├── tempo.cfg
│   ├── tempo.lis.original
│   └── time.dat
├── tzpar
│   ├── 1937+21.par
│   └── Makefile.am
└── util
    ├── README
    ├── avtime
    │   └── avtime.f
    ├── center_epoch
    │   └── center_epoch.py
    ├── compare_tempo
    │   ├── README
    │   └── compare_tempo
    ├── cull
    │   ├── README
    │   └── cull.pl
    ├── dmx
    │   ├── dmx_cleanup.py
    │   ├── dmx_info.py
    │   └── dmx_median_adjust.py
    ├── dmx_broaden
    │   └── dmx_broaden
    ├── dmx_ranges
    │   └── DMX_ranges2.py
    ├── dmxparse
    │   ├── dmxparse
    │   └── dmxparse.py
    ├── extract
    │   ├── README
    │   └── extract.pl
    ├── lk
    │   ├── README
    │   └── lk.f
    ├── non_tempo
    │   ├── README
    │   ├── aolst
    │   ├── dt
    │   └── mjd
    ├── obswgt
    │   ├── README
    │   └── obswgt.pl
    ├── print_resid
    │   ├── Makefile.am
    │   ├── print_resid.c
    │   ├── tempo_output.c
    │   └── tempo_output.h
    ├── pubpar
    │   ├── README
    │   └── pubpar.py
    ├── res_avg
    │   ├── res_avg
    │   └── res_compare
    ├── ut1
    │   ├── README
    │   ├── check.ut1
    │   ├── do.iers.ut1
    │   ├── do.iers.ut1.new
    │   ├── get_ut1
    │   ├── get_ut1_new
    │   ├── make_ut1
    │   └── predict_ut1.c
    └── wgttpo
        ├── README
        ├── wgttpo.pl
        ├── wgttpo_emin.pl
        └── wgttpo_equad.pl

其中在./info/recipe中包含了 meta.yaml 和 build.sh 两个文件，conda-build 将包含 meta.yaml 和 build.sh 文件的文件夹称为**recipe**。

meta.yaml 文件

package:
  name: tempo
  version: 2022.10.09
source:
  path: /Users/persusx/test/tempo
build:
  number: '0'
  string: PersusX
requirements:
  build:
    - clang
    - clang-14
  host:
    - libblas 3.9.0
  run:
    - libblas >=3.9.0,<4.0a0
    - libgfortran 5.*
    - libgfortran5 >=9.3.0
about: {}
extra:
  copy_test_source_files: true
  final: true

build.sh 文件

#!/bin/bash

source ./prepare
./configure --prefix=$PREFIX CFLAGS='-g -O2' FFLAGS='-g -O2'
make
make install
make -C util/print_resid
make -C util/print_resid install

tempodir=$PREFIX/share/tempo
mkdir -p $tempodir
cat tempo.cfg.in | sed 's%@abs_top_srcdir@%'$tempodir'%' > $tempodir/tempo.cfg
cp -a tempo.hlp $tempodir
cp -a ephem $tempodir
cp -a obsys.dat $tempodir
cp -a util/dmxparse/dmxparse.py $PREFIX/bin/
cp -a util/res_avg/res_avg $PREFIX/bin/
# This foo will make conda automatically define a TEMPO env variable
#  the environment is activated.
etcdir=$PREFIX/etc/conda
mkdir -p $etcdir/activate.d
echo "setenv TEMPO $tempodir" > $etcdir/activate.d/tempo-env.csh
echo "export TEMPO=$tempodir" > $etcdir/activate.d/tempo-env.sh
mkdir -p $etcdir/deactivate.d
echo "unsetenv TEMPO" > $etcdir/deactivate.d/tempo-env.csh
echo "unset TEMPO" > $etcdir/deactivate.d/tempo-env.sh

打包

$ conda-build tempo

注意 ：当出现以下报错信息时：

conda_build.exceptions.DependencyNeedsBuildingError: Unsatisfiable dependencies for platform ...

可以添加conda-forge通道：

$ conda config --add channels conda-forge

上传package

## 登录
$ anaconda login
## 上传
$ anaconda upload /Users/psrxx/opt/anaconda3/conda-bld/osx-arm64/tempo-2022.10.09-PersusX.tar.bz2

conda channel

• Conda Channels 文档:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/concepts/channels.html

• Conda channel是用来存放安装包的地方。Conda的安装包是从网站上下载的，在不指定安装包网站的情况下，将默认从 https://repo.anaconda.com/pkgs/ 下载，假如想要的安装包不在这个网站上，就需要指定安装的网站，比如：想从conda-forage下载pgplot这个包，则运行：

  $ conda install pgplot --channel conda-forge
  

  conda-forge是GitHub上的社区，专于做开源Conda的包， 官网:https://conda-forge.org/