处理阶梯式基线

处理阶梯式基线

判断阶梯基线的位置和长度，可以通过检测信号的变化率（例如，通过计算信号的导数）来找到基线变化的点。可以使用一些算法来检测这些变化，例如，使用移动窗口计算局部均值和标准差，或者直接计算信号的导数并寻找变化超过某个阈值的点。

下面是一个示例代码，展示如何检测阶梯基线的位置和长度，并在此基础上进行基线校正：

代码实现

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def detect_baseline_steps(signal, threshold=1.0):
    # 计算信号的导数
    derivative = np.diff(signal)
    
    # 检测导数超过阈值的点
    step_indices = np.where(np.abs(derivative) > threshold)[0]
    
    # 将变化点转化为阶梯的开始和结束点
    steps = []
    for idx in step_indices:
        if len(steps) == 0 or idx - steps[-1][1] > 1:
            steps.append([idx, idx+1])
        else:
            steps[-1][1] = idx + 1

    return steps

def estimate_baseline(signal, steps):
    baseline = np.zeros_like(signal)
    start = 0
    for step in steps:
        end = step[0] + 1
        segment = signal[start:end]
        baseline[start:end] = np.median(segment)
        start = end
    # 处理最后一个段
    segment = signal[start:]
    baseline[start:] = np.median(segment)
    return baseline

def staircase_baseline_correction(signal, threshold=1.0):
    steps = detect_baseline_steps(signal, threshold)
    baseline = estimate_baseline(signal, steps)
    corrected_signal = signal - baseline
    return corrected_signal, baseline, steps

# 示例数据
time = np.linspace(0, 10, 1000)
signal = np.sin(2 * np.pi * time) + 0.5 * time + np.random.normal(0, 0.1, len(time))

# 人为添加阶梯基线
signal += np.piecewise(time, [time < 3, (time >= 3) & (time < 6), time >= 6], [0, 2, 5])

# 基线校正
corrected_signal, baseline, steps = staircase_baseline_correction(signal, threshold=1.0)

# 绘图
plt.figure(figsize=(12, 6))
plt.plot(time, signal, label='Original Signal')
plt.plot(time, corrected_signal, label='Corrected Signal')
plt.plot(time, baseline, label='Estimated Baseline', linestyle='--')
for step in steps:
    plt.axvspan(time[step[0]], time[step[1]], color='red', alpha=0.3)
plt.legend()
plt.show()

说明

1. detect_baseline_steps函数：计算信号的导数，并检测导数绝对值超过阈值的点。这些点被视为基线发生变化的点。
2. estimate_baseline函数：根据检测到的变化点，将信号分段，并对每段信号估计基线，这里使用每段信号的中位数作为基线估计值。
3. staircase_baseline_correction函数：整合以上两个函数，检测基线变化点，估计基线，并进行基线校正。
4. 绘图部分：展示原始信号、校正后的信号、估计的基线，以及检测到的基线变化点所在的区域。

这种方法通过计算信号的导数来检测基线变化点，然后在这些点之间估计基线，从而实现阶梯样式的基线校正。可以根据具体的信号特性调整阈值和其他参数，以获得最佳效果。