在linux中安装R包

该文提供了三种安装Bioconductor软件包的方法:1)使用conda,遇到错误时根据提示安装缺失包;2)源码安装,例如Bioconductor-BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,需在激活的conda环境中进行;3)通过BiocManager安装特定包,如motifbreakR。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

① conda 安装,error的话就根据报错的那个内容安装那个包

https://anaconda.org/bioconda

http://bioconda.github.io/index.html

如:message: post-link script failed for package http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda::bioconductor-genomeinfodbdata-1.2.7-r41hdfd78af_2

就安装相应的genomeinfodbdata包即可:

conda install -c bioconda bioconductor-genomeinfodbdata

② 源码安装,Bioconductor中的source,Bioconductor - BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

下载到任意一个目录中,但要激活当前的conda环境

tar -xzvf BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz
​
cd BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
​
R CMD INSTALL .

③ BiocManager安装

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("motifbreakR")

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