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RSS订阅原创 【无标题】
实现Kfold的时候一搜全都是用的sklearn封装好的那个函数，但我本人在做GNN的时候觉得这个用不了，但我其实也不知道能不能用，只想自己实现这个验证过程，看似一个简单的过程，实现过程中却遇到了很多很多问题。做一下记录。
2023-03-15 20:53:17
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原创 【无标题】
Pytorch error记录nn.MSEloss()(1) RuntimeError: Boolean value of Tensor with more than one value is ambiguousloss函数使用前必须进行实例化(2) RuntimeError: Found dtype Double but expected Floattarget需要从double转换为float类型方法：target.to(torch.float32)r2(target, pred)
2022-07-21 21:13:44
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原创 vae学习
vae学习模型架构原理下图一图说明：loss function包含了两个部分：Minimize1:12∑k(xk^−xk)2\frac{1}{2} {\textstyle \sum_{k}^{}} (\hat{x_k} -x_k)^221∑k(xk^−xk)2即使得输出与输入最大程度接近Minimize2:c=∑i=13(eσi−(1+σi)+(mi)2)c=\sum_{i=1}^{3}\left(e^{\sigma_{i}}-\left(1+\sigma_{i}\right)+\
2021-10-30 17:27:30
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原创 RDKit 记录
RDKit Learning1.SMILES和MOL之间的转换常用函数：MolFromSmiles(Smiles, (bool)sanitize=True , (dict)replacements={} ) -> Nonesanitize为TRUE执行合格性检查，replacements为替换的字符串的dictMolToSmiles((Mol)mol ,(bool)isomericSmiles=True ,(bool)kekuleSmiles=False ,(int)roote
2021-10-20 15:42:51
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原创 Multi-Objective Molecule Generation using Interpretable Substructures
2021/7/22摘要：药物设计问题旨在发现满足目标化学性质要求的新分子结构，当面对多性质优化问题时这项工作便变得极其困难。本文提出了一种解决这种复杂性的方法，通过一个子结构语料库来组成分子，称之为分子基本准则，这些子结构是从分子中确定的可能对某个属性有贡献的子结构，这样的方法属于“基于分子碎片”的设计方法。实现自动生成分子的模型包括两个步骤：在性质预测模型的帮助下提取出用于构建分子的分子碎片，这一步看作一个离散优化问题，采用蒙特卡洛树搜索方法来求解；组装出目标分子。使用强化学习对混合模型进行微调
2021-07-22 16:27:41
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原创 2021-07-18
文献笔记 2021/7/18好久没有写了，乱看了很多但是都没有笔记，看了就忘看了就忘，还是要写一写，写的时间也节省了再回头重新找重新读的时间。Quantitative Evaluation of Explainable Graph Neural Networks for Molecular Property Prediction. https://arxiv.org/pdf/2107.04119摘要：由于缺乏可解释性，目前的图神经网络(GNN)在药物发现中的接受度仍然有限。尽管可解释人工智能(XAl)
2021-07-18 16:11:11
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原创 分子描述符计算
分子描述符计算通过.sml文件和.sdf文件计算分子描述符，并通过pandas将分子描述符、SMILES表达式、分子物化性质合并成一个csv文件。1.通过sml文件计算描述符生成csv文件数据文件是一个有4333个分子的熔点数据的csv文件。SMILESmelting_pointsample_1O=C1Cc2ccccc2114.0sample_2Clc1ccc(cc1)C1c2c(OC(N)=C1C#N)[nH][nH0]c2C(F)(F)F20.5……
2021-04-23 16:25:21
2020
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原创 遗传算法求解TSP问题学习
遗传算法求解TSP问题学习(——白嫖代码注释学习系列)遗传算法属于一种启发式进化算法，简言之即优胜劣汰，通过计算个体适应度来对种群个体进行筛选，再通过一系列的交叉、变异操作来产生新个体，以求最终得到最优的种群，达到求解优化问题的目的。遗传算法建模流程1.种群初始化编码（code and decode）： 对于想要解决的实际问题，对每一个个体的描述转换成计算机能够读取的语言，例如二进制编码或经其他一些自然语言处理过后得到的玩意，编码方法不能过于复杂，否则解码过程也会很麻烦，另外还要利于进行遗传操作。
2021-04-07 17:46:16
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原创 pycharm中添加pillow包报错解决办法
今天想在添加pillow包的时候出了问题，一直添加不上这个包，一直read time out然后报一大堆错。在网上和博客上查了好多方法也都一直没解决好，吃了个中饭不甘心继续搞，后来终于成功了。给同为新手还有强迫症的旁友分享一下，脱离苦海。 查了好多博客都说直接去命令行输入 pip install pillow就行了，但是我也还是不行，然后又看到人说去重新装pip包(就是要装好多包都要先装好这...
2020-02-14 17:00:57
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原创 Python学习日记5
Python学习日记5——类和对象（2）昨天404了，一天啥事儿没干成，学的还没头没脑的，今天解答一些疑惑。到底何为对象？ 我们说，类是一批对象的抽象，可以把类抽象成某种概念；对象才是一个具体存在的实体；例如“汽车模型”是一个类，那么“吉普车”、“摩托车”就是对象，我们所说的某个人是人的对象，而不是人类。 大多数时候，定义一个类是为了重复创建该类的对象，同一个类的多个对象具有相同的特征，...
2020-02-12 21:45:37
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原创 Python学习日记4——类和对象
Python学习日记4——类和对象 Python是支持面对对象的编程语言，因此Python完全能以面对对象的方式编程。而且Python的面对对象要比JAVA等其他语言要简单，它不像其他面对对象语言提供了大量繁杂的面向对象特征，它致力于提供简单、够用的语法功能。 因此，在Python中创建一个类和对象都很容易。Python支持面对对象的三大特征：封装、继承和多态。4.1 类和对象...
2020-02-11 23:56:20
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原创 Python学习日记3
Python 学习日记3——函数和Lambada表达式3.1 函数函数是代码复用的重要手段，使程序更加简洁。定义函数要明白以下几点函数需要动态变化的数据，即为函数定义的参数；函数需要传出调用函数后得到的数据，这些数据应被定义为返回值。函数具体实现的过程，即函数主体。3.1.1 定义和调用函数定义函数的语法格式：def 函数名（参数列表）: ... 函数主体...
2020-02-10 18:13:53
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原创 python学习日记2
Python学习日记2——流程控制Python同样提供了两种基本的流程控制结构——分支结构和循环结构；Python使用if语句来提供分支支持，提供了while、for-in循环，也提供了break 和 continue来控制程序的循环结构。2.1 几点注意不要忘记缩进，不要随意缩进首先，每种语言都有其特点，Python也有其特点：Python的代码块是通过缩进来标记的，不同于C和J...
2020-02-09 16:14:35
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原创 Python学习日记1
Python 学习日记1 ——列表、元组与字典在学习了很长时间依然原地踏步之后，我觉得写博客来逼迫自己再重新认认真真仔仔细细学习一遍，提高学习效率，同时也是督促自己，让自己学过的东西看得见，也方便复习，冲冲冲！从头加油干！1.1 Python的序列所谓序列，指的是一种包含多项数据的数据结构，各成员按顺序排列，可通过索引来访问成员。Python的常见序列类型包括字符串、列表和元组...
2020-02-08 16:01:46
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空空如也
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