2021.8-利用机器学习到时构建高精度地震目录流程环境配置

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44259058/article/details/119429115

前言

第七届“地震学算法与程序培训班” 于2021年8月9日–11日举办，本篇基于2021.8.10上午张淼老师的讲座搭建实验环境，程序及说明文档下载链接已提供，笔者使用的是Ubuntu18.04（虚拟机）系统，以此记录环境配置过程进行学习，特意在此感谢老师的开源资料！十分用心！

一、软件包下载+环境配置

1、软件包下载

1）PhaseNet[contains Obspy], REAL, VELEST,HYPOINVERSE, hypoDD, GrowClust, FDTCC, Match&Locate软件包下载：网址
进入LOC-FLOW文件夹：cd src
python software_download.py

#software_download.py
import warnings
import os

os.system('git clone https://github.com/Dal-mzhang/REAL.git')
os.system('git clone https://github.com/wayneweiqiang/PhaseNet.git') #Note: it is a new version
os.system('wget http://www.ldeo.columbia.edu/~felixw/HYPODD/HYPODD_1.3.tar.gz -N')
os.system('tar -zxvf HYPODD_1.3.tar.gz')
os.system('rm HYPODD_1.3.tar.gz')
os.system('git clone https://github.com/dttrugman/GrowClust.git')
os.system('git clone https://github.com/Dal-mzhang/MatchLocate2.git')
os.system('git clone https://github.com/MinLiu19/FDTCC')

2）安装软件、依赖包
SAC、gfortran、gawk

①编译FDTCC：安装包下bin目录已包含可执行文件，但是显示报错./FDTCC: 无法执行二进制文件: 可执行文件格式错误

cd src
make clean
#make报错显示/usr/bin/ld: 最后的链结失败: 输出不可表示的节
#修改Makefile，在CFLAGS这一句加上-no-pie禁pie
make

②编译GrowClust

cd SRC
sudo apt-get install gfortran
#修改Makefile，在CFLAGS这一句加上-no-pie禁pie
make
make all

③编译HYPODD

一、hypoDD
cd src
cd hypodd
#修改Makefile，将FC=g77改为FC=gfortran，CC= gcc -no-pie，FC= gfortran -no-pie
make
二、ph2dt
cd src
cd ph2dt
#修改Makefile，将FC=g77改为FC=gfortran，CC= gcc -no-pie，FC= gfortran -no-pie
make

④编译MatchLocate2

cd src
#修改Makefile，基于linux系统，选择第五行的编译器语句
#另外在CC这一句加上-no-pie禁pie
#，否则Ubuntu18.04的小伙伴有错误提示“最后的链结失败：输出不可表示的节”
make clean
make
#编译成功后bin文件夹下有四个可执行文件：MatchLocate2、SelectFinal、SHIFT、lsac、ccsacc

⑤编译REAL

一、pick2real
#如果已经有.o后缀的文件记得先make clean删除一下
#修改makefile文件，在CC命令加上-no-pie
make clean
make
二、REAL
#修改makefile文件，编译器语句选择Linuxmp那条命令，在CC命令加上-no-pie
make
三、VELEST
#修改makefile文件，在FC命令加上-no-pie
make

⑥官网下载HYPOINVERSE（hyp1.4）未果，找老师拿软件安装包，听说github有

cd source
#修改makefile文件：1、将cp地址改为自己的路径。2、将g77改为gfortran -no-pie
make

完成编译后生成的可执行文件如下，不是这个图标的一般是共享库文件哦，要注意！在这里插入图片描述

2、环境配置

1）首先将编译好的可执行文件统一移动到目录的bin文件下，执行run_install.sh

#可以直接运行run_install.sh，或者手动cp
...
cp ./FDTCC/bin/FDTCC ../bin/            #need SAC lib in Makefile
cp ./GrowClust/SRC/growclust ../bin/    
cp ./HYPODD/src/hypoDD/hypoDD ../bin/   #change g77 to gfortran or similar complier
cp ./HYPODD/src/ph2dt/ph2dt ../bin/     #change g77 to gfortran or similar complier
cp ./MatchLocate2/bin/* ../bin/         #need SAC lib in Makefile
cp ./REAL/bin/* ../bin/                 #change gcc-10 (on Mac) to gcc as needed
cp ./hyp1.40/source/hyp1.40  ../bin     #change f77 to gfortran or similar complier

2）配置环境变量
gedit ~/.bashrc
export PATH=${your path}/LOC-FLOW/bin/:$PATH
source ~/.bashrc

3、问题

1）官网没有软件HYPOINVERSE——解决：直接找一个hpy1.40安装包

aa@ubuntu:~/2021.8.SEIS_PROGRAM/LOC-FLOW/src$ wget ftp://ehzftp.wr.usgs.gov/klein/hyp1.40
--2021-08-05 21:26:33--  ftp://ehzftp.wr.usgs.gov/klein/hyp1.40
           => “hyp1.40”
正在解析主机 ehzftp.wr.usgs.gov (ehzftp.wr.usgs.gov)... 137.227.224.179, 2001:49c8:8000:120c::179
正在连接 ehzftp.wr.usgs.gov (ehzftp.wr.usgs.gov)|137.227.224.179|:21... 已连接。
正在以 anonymous 登录 ... 登录成功！
==> SYST ... 完成。    ==> PWD ... 完成。
==> TYPE I ... 完成。  ==> CWD (1) /klein ... 完成。
==> SIZE hyp1.40 ... 完成。

==> PASV ... 完成。    ==> RETR hyp1.40 ... 
文件 “hyp1.40” 不存在。
#运行run_install.sh，报错cp: 无法获取'./hyp1.40/source/hyp1.40' 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录

2）编译过程报错提示“最后的链结失败：输出不可表示的节”——解决
3) Phasenet安装虚拟环境conda env create -f env.yml卡在solving…
手动安装：
1、环境conda create --name phasenet python=3.11
2、python库：numpy…
conda install numpy spicy matplotlib pandas scikit-learn tqdm obspy unicorn fastapi kafka-python keras pymongo
找到原因了，是卡在了tensorflow：pip3 install tensorflow
单独使用上面这条命令，还是不行的话去官网下载whl文件，不知道安装在什么地方，暂时没有装，安装代码pip install tensorflow-2.13.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
第二天重启Ubuntu，一度飙到2M/s，可谓是胜利在望，成功！

二、下载数据

cd Data
python waveform_download_mseed.py
python waveform_download.py
python phasenet_input.py

三、运行

source activate
conda activate phasenet
bash run_all.sh

报错1——运行bash run_all.sh报错如下：
在这里插入图片描述
查的原因是出自FDTCC命令（主要是hypoDD文件夹），没有生成IN/dt.cc

aa@ubuntu:~/2021.8.SEIS_PROGRAM/LOC-FLOW/hypoDD_dtcc$ FDTCC -F-3 -B2/8 -C1/1/1 -W1.0/1.0/0.3/1.0/1.5/0.5 -D0.01/0.6/1/2 -G1.4/20/0.01/1 ../Data/station.dat ../REAL/tt_db/ttdb.txt ../Data/waveform_sac ./event.sel ./dt.ct ./hypoDD.pha
已杀死

解决——修改参数？

更新：2023/8/2
Data/waveform_sac根据station_all.dat下载了2016-10-14头3000s（50mins）的sac格式波形数据，三分量，重采样到100Hz，去均值去线性，滤波[0.002，25]，去仪器响应
ENZ分量分别有：46、49、48共143个波形信号
0.下载数据【使用2016年10月14日意大利中部地震检测定位为例。三角:台站；红点:目录地震】
在这里插入图片描述