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原创 RuntimeError: stack expects each tensor to be equal size

在调试densenet进行分类任务的代码时,在图像预处理的过程中遇到下列错误:RuntimeError: stack expects each tensor to be equal size, but got [640, 640] at entry 0 and [560, 560] at entry 2意思是我加载的张量大小不一致。经过查找发现应该是我在加载图像时的预处理过程中出现了问题。以下是训练数据预处理的实例化部分。train_transform = Compose( [

2021-10-22 09:32:40 23305 1

原创 深度学习中的卷积操作

在查看卷积网络代码时,发现了各种不同的卷积操作,所以查找了一篇论文,并将其分享在这里,希望通过这篇论文对卷积操作有更加全面和系统的认识。论文名称:A guide to convolution arithmetic for deep learning引言离散卷积(Discrete convolutions)神经网络的基本原理是仿射变换:一个向量作为输入并且与一个矩阵相乘得到输出(在将结果传入非线性系统之前通常会为其添加一个偏置项),这种操作适用于图像,声音或者无序的特征集合等类型的输入,无论他们有几个

2021-09-26 23:06:55 1933

原创 pytorch中改变维度操作

最近对网络做改进,遇到了一些改变tensor数据维度的操作,特记录在此,方便以后查阅。1.使用索引改变维度值a = torch.randint(10, (1, 3, 4, 5, 6))b = a[:, 1:]c = a[:, 1:, :, :, :]print(a.shape)print(b.shape)print(c.shape)输出结果:这里可以看到,“:”在python中含有任取的意思。当我们索引的时候。如果再某个维度上使用了:,则说明这个维度上的数据我们可以随便取(我全都要

2021-09-01 15:47:58 4709

转载 python中的__call__()方法

今天遇到了一个类中定义了__call__()方法:查了一下,回答如下:http://c.biancheng.net/view/2380.html简单理解,就是如果一个类中定义了__call__()方法,那么这个方法就可以直接通过()调用。借用上边链接回答中的例子:class CLanguage: # 定义__call__方法 def __call__(self,name,add): print("调用__call__()方法",name,add)clangs =

2021-07-26 14:22:45 221

原创 pytorch中的einsum函数

einsum函数einsum函数在文档中的解释为:即,该函数提供了一种使用爱因斯坦求和约定来计算多线性表达式的方法(即乘积和)爱因斯坦求和约定(Einstein summation convention)关于爱因斯坦求和约定的详细运算过程参考知乎大佬的回答:https://zhuanlan.zhihu.com/p/46006162以及B站up的视频:https://www.bilibili.com/video/BV1ot411V71V?from=search&seid=9196910873

2021-07-21 15:00:19 2255

原创 数据结构和算法--堆排序

树与二叉树树是一种数据结构树是一种可以递归定义的数据机构树由n个节点组成。如果n=0,则是一棵空树如果n>0,则存在一个节点是树的根节点,其他节点可以分为m个集合,每个集合本身又是一棵树。基本概念根节点:最上层的一个节点,没有父节点,只有子节点。叶子结点:最下层的节点,没有子节点树的深度:输的层数,上图有4层树的度:输的节点分叉最多的一个节点的分叉数量。上图可以看出来根节点分叉最多,有5个,因此这个树的度为5二叉树度数不超过2的树叫做二叉树满二叉树二叉树的每层阶段属都达到最

2021-06-27 14:42:59 132

原创 pandas常用指令整理

pandas指令整理pandas中的常用数据有两种类型,一维的series,二维的DataFrame。Series1.创建seriespd.series(data=None, index=None, dtype=None, name=None, copy=False, fastpath=False)import pandas as pda = pd.Series([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7])print(a)打印结果如下左侧一列是行号,右侧一列是我们输入的内容.下面

2021-05-25 10:21:25 744

原创 对多级文件目录下最后一级子目录中的指定文件重命名

对文件夹下固定的文件名重命名在处理文件时,可能会遇到文件名规范化的情景,所以记录下编写的小段程序来批量修改符合条件的文件名。我的使用场景是根目录下面包含多个子目录,在子目录里还包含其他子目录,我需要修改的文件存在于最后一级子目录中,这种情景使用os.listdir()指令就比较繁琐。所以我采用了os.walk()指令,通过遍历文件树和if not sub_fold判断语句来锁定最后一级子目录。import osroot_dir = "根目录"for root, sub_fold, sub_fil

2021-05-08 09:31:06 254

原创 对图像提取ROI区域以及将输出结果扩展为原图像大小的代码实现

对图像提取ROI区域以及将输出结果扩展为原图像大小的代码实现1. 准备工作2. ROI提取3. 图像扩展这篇文章总共分为准备工作、ROI提取、图像扩展三部分。1. 准备工作这里我使用的是SimpleITK模块对图像进行操作。需要导入的模块如下:import SimpleITK as sitkimport osimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as np然后,需要设置根目录root_dir ,待截取文件所在文件夹image_file

2021-05-07 16:33:42 2412 9

原创 dyn-unet对训练好的模型进行推理输出结果

import osimport torchimport SimpleITK as sitkimport numpy as npfrom monai.networks.nets import UNet, DynUNetfrom monai.transforms import ( AsDiscrete, AddChannel, Compose, ToTensor, SqueezeDim, Activations, Resize, Spac

2021-04-28 10:06:02 1291 1

原创 提取ROI时的错误 Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

@[TOC](提取ROI时的错误 Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.)当我使用SimpleITK提取图像的ROI区域时,遇到如下错误:Traceback (most recent call last):File “D:/Examples/prostate_Segmentation/crop_prostate_region.py”, line 56, in prostate_img_

2021-04-27 09:14:24 1090 1

原创 dyn_unet训练过程中的错误

网络训练错误总结1.AssertionError: ground truth has different shape (torch.Size([2, 2, 128, 128, 32])) from input (torch.Size([3, 2, 128, 128, 32]))1.AssertionError: ground truth has different shape (torch.Size([2, 2, 128, 128, 32])) from input (torch.Size([3, 2,

2021-04-25 10:53:43 878

原创 文件拷贝

文件拷贝将文件从当前文件夹拷贝到目标文件夹,我是用来拷贝nii格式的文件的,并且需要拷贝import osfrom shutil import copyfileimport SimpleITK as sitk'''将目标文件夹下的文件拷贝到自己新建的路径下的文件夹内,并重命名为label.nii.gz和image.nii.gz'''data_dir = "D:\Examples\data" ###当前存储数据的文件夹save_path = "D:\Examples\MONAI\MIXED

2021-04-20 14:28:50 142 1

原创 os指令记录

os 基础指令本人才疏学浅,小白一枚,本文也旨在记录自己学习过程中遇到的一些常见代码,日后会进行日常维护,如果有幸被同样在学习的朋友看到还请批评指正。如果碰巧对你提供了一些帮助,那我也荣幸万分。...

2021-04-18 20:50:46 340

原创 numpy指令记录 2021-04-18

numpy指令记录本人才疏学浅,是小白一枚,本文也旨在记录自己学习过程中遇到的一些常见代码,日后会进行日常维护,如果有幸被同样在学习的朋友看到还请批评指正。如果碰巧对你提供了一些帮助,那我也荣幸万分。...

2021-04-18 15:53:56 242

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