nii文件的质控QC/QA

最新推荐文章于 2024-08-22 09:20:31 发布
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分类专栏： MRI数据处理 文章标签： 数据分析
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1. 原始文件质量控制

1.1. 质控指标

除了fMRI需要参考指标外，其他文件只需要查看nii文件

T1/T2：组织分明，灰度分界清晰，水波纹轻微（头动的体现-水波纹）

DWI：拖动时间点观察

（头动的体现-缺失层）

fMRI：拖动时间点观察

（头动的体现-帧与帧之间的位移）

fd_mean<0.5

fd_perc：0.4是可接受的标准，0.1是好的标准

tran_max：5是儿童的标准，成人的要求是3/2.5/2

rot_max：5是儿童的标准，成人的要求是3/2.5/2

1.2. 质控标准

判断标准：①肉眼看，头动影响、是否扫全②头动指标：头动影响③可要可不要的先留下

判断等级：

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matlab保存nii_.hdr/.img文件转nii.gz（利用Matlab和SPM）
weixin_39845347的博客
12-19 983
步骤1：参考CSDN博主「咸鱼酱」，使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式原文链接：CSDN博主「咸鱼酱」的原创文章：https://blog.csdn.net/Lyrassongs/article/details/88544903%%img2nii.m--------------------------------------------%Script to co...
dwiprep:“ DWIPrep是一个强大且易于使用的管道，用于预处理各种dMRI数据。”
03-16
DWIPrep ：用于dMRI数据的强大的预处理管道 该管道正在开发和维护，作为用于dMRI数据预处理的开源工具。 DWIPrep是一种扩散磁共振图像（dMRI）数据预处理管道，旨在提供易于访问的，健壮且动态的界面，允许对对象内部（可塑性）和对象间数据集进行基本的预处理，涉及多种dMRI扫描采集。 dMRIPrep管道使用了知名软件包（包括 ， ， 和的工具组合。 该管道旨在为各种dMRI数据采集参数提供潜在的最佳预处理管道，并将在新的神经影像软件可用时进行更新。 该工具使您可以轻松地执行以下操作： 从原始形式到完全预处理形式，对各种dMRI数据进行预处理。 考虑特定的预处理程序，这对于分析可塑性（即受试者内部）数据集至关重要。 自动化处理步骤。 预处理（包括演示）： 提取反相编码的DWI的B 0量，以用于以后的磁化率失真校正（SDC）。 使用FSL的 1和 2进行的运动和
QSIPrep：一种用于扩散磁共振数据预处理和重建的整合平台
cc1609130201的博客
01-03 1091
扩散加权磁共振成像(dMRI)是目前最常见的用于研究人脑白质纤维结构的无创性检查方法。本文介绍了一个处理扩散图像的集成软件平台- QSIPrep，它几乎兼容所有的模态的dMRI数据形式。QSIPrep集成多种软件特点，利用它们的互补优势，得到了目前最好的用于扩散图像加权图像处理平台。本文发表在NATURE METHODS杂志。介绍：dMRI是目前对人类白质纤维进行无创性研究的主要工具。近年来，随着技术的进步，dMRI方法得到了广泛的应用。然而，快速发展也产生了不同扩散数据扫描方案、分析方法和以及处理软件不兼
app-qsiprep：扩散MRI的预处理和重建
02-12
（正在开发中。请不要使用） app-qsiprep 该应用程序在界面上运行 。 QSIPrep配置用于处理扩散加权MRI（dMRI）数据的管道。 该应用程序仅实现预处理管线（而非重建管线）。 预处理管道是基于可用的BIDS输入构建的，以确保正确处理场图。 预处理工作流程执行头部运动校正，磁化率失真校正，MP-PCA去噪，对T1w图像的配准，使用ANT进行空间归一化和组织分割。 参考和参考资源 QSIPrep bioRxiv论文： ：//www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.09.04.24.282269v1 QSIPrep文档： ://qsiprep.readthedocs.io QSIPrep完整的引文列表： ://qsiprep.readthedocs.io/en/latest/citing.html s GiuliaBertò（ ）
QSIprep：量化空间成像的预处理与分析利器
最新发布
gitblog_00463的博客
08-22 853
QSIprep：量化空间成像的预处理与分析利器 qsiprepPreprocessing and reconstruction of diffusion MRI项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qs/qsiprep 项目介绍 在神经影像学领域，QSIprep正迅速成为处理扩散加权磁共振成像(dMRI)数据的标准工具。这个基于BIDS标准的应用程序，由Penn...
探索QSIprep: 打开q空间图像预处理与分析的新世界
gitblog_00021的博客
06-17 342
探索QSIprep: 打开q空间图像预处理与分析的新世界 qsiprepPreprocessing and reconstruction of diffusion MRI项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qs/qsiprep 在数据密集型科学领域中，尤其是磁共振成像(MRI)的数据分析，预处理步骤是至关重要的。但是，面对复杂多样的扩散加权MRI(dMRI)数...
qsiprep:扩散MRI的预处理和重建
04-27
QSIprep：q空间图像的预处理和分析 完整文档位于 关于 qsiprep配置用于处理扩散加权MRI（dMRI）数据的管道。 该软件的主要功能是 BIDS-app方法可预处理几乎所有类型的现代扩散MRI数据。 自动生成的预处理管道可对扫描进行正确分组，畸变校正，运动校正，降噪，共配准和重新采样，从而生成可视报告和质量控制指标。 一种用于运行最先进的重构管道的系统，该系统包括 ， ， 等算法。 一种适用于DSI和随机q空间采样方案的新颖运动校正算法 前处理 预处理管道是基于可用的BIDS输入构建的，以确保正确处理场图。 预处理工作流执行头部运动校正，磁化率失真校正，MP-PCA去噪，对T1w图像的配准，使用空间归一化和组织分割。 重建 可以在许多其他软件包中重构管道的输出。 我们在qsiprep中提供了一组精选的：ref：`recon_workflows` ，它们可以运行ODF
EddyMotionCorrection:对dMRI执行涡流和头部运动校正
03-07
涡动校正 用于扩散MRI的纯python涡流和头部运动校正，这是QSIprep的SHOREline算法在多种扩散模型中的扩展。
python怎么保存为nii文件_python处理nii文件
weixin_39673293的博客
12-06 568
第一步安装nibabel，可以使用命令：pip install nibabel之后：from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D as osdimport nibabel as nibfilename = 'image.nii'img = nib.load(filename)#输出文件信息print(img)w,h,q = img.dataobj.shape#...
fMRI如何将4D-nii文件转化为3D-nii文件工具箱
03-29
fMRI如何将4D-nii文件转化为3D-nii文件工具箱。操作流程可参考博客：https://blog.csdn.net/xj4math/article/details/123854657 第一步，下载该工具箱，双击dcm2niigui.exe打开页面 第二步，点击输出格式（Output ...
NIfTI_20140122.zip_MATLAB nii读取及显示_nii文件_加载nii
09-23
2. 加载文件：使用工具箱提供的函数读取.nii或.nii.gz文件。例如，在SPM中，可以使用`spm_read_vols`函数；在niftilib中，可以使用`nii_read`函数。 3. 解析数据：读取的文件通常包含两部分，图像数据和元数据。元...
/LUNA16_nii/subset6/0083/image.image3dd 这样的文件夹如何传输
06-10
`/LUNA16_nii/subset6/0083/image.image3dd`是要传输的本地目录的路径，`username`是远程主机的用户名，`remote_host`是远程主机的IP地址或域名，`/remote/directory`是远程主机上的目录路径。 如果你想使用SCP库，...
神经影像研究驱动的脑龄估计作为脑疾病和健康状况识别的生物学标记
cc1609130201的博客
11-11 2562
大量神经影像数据的分析，使研究者对大脑区域的各种解剖分析变得越来越精细，并有助于检测不同的大脑状况和疾病。近年来，由神经影像驱动的脑龄估计被引入作为检测不同疾病和健康状况的有效生物标志物。但由于该类方法在近年来才涌现大量研究结果，还没有研究对脑龄研究以及具体的研究框架进行全面的回顾。 因此，本文从脑龄研究的设计框架以及临床研究上的应用价值对近10年的脑龄研究进行龄系统性的定量分析，以评估脑龄研究在疾病检测中的应用，以及其概述神经系统疾病或健康状况的能力。本文使用“脑龄估计”和“脑成像”以及其他放射学术语的
开源数据1
lazysnake666的博客
03-26 374
记录一些看到的开源数据，集齐5个发一次。1ABC@UofSC包含来自南卡罗来纳州健康被试的横向数据（N=800，年龄=20-80）和纵向数据（N=200，年龄=60-80，间隔4年）样本的各种数据，包括社会人口学数据、原始和预处理的功能MRI数据（resting-state and task based fMRI, ASL）和结构MRI数据（T1、T2 FLAIR、DWI...
脑分析工具使用说明汇总
cocowang9672的博客
07-31 147
docker使用部分推荐参考。
fMRI数据处理_预处理_3_批处理和结果解读
weixin_65744007的博客
11-28 2186
到目前我们已经完成了单个被试的处理，但是当我们有很多被试要处理的时候，可能每次修改一个参数运行比较麻烦，同时fmri-prep可能由于docker的原因不支持并行处理，所以我们可以通过写一个for循环的脚本实现对被试进行批量化处理
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