matlab保存nii_.hdr/.img文件转nii.gz(利用Matlab和SPM)

本文介绍了如何使用MATLAB和SPM将.nii_.hdr/.img文件转换为.nii格式,接着通过gzip命令将.nii文件压缩为.nii.gz。此外,还讲解了使用FSL工具fslmerge将多个3D.nii文件按时间顺序合并为4D.nii.gz文件的方法,适用于Linux或Mac系统。
摘要由CSDN通过智能技术生成

步骤1:参考CSDN博主「咸鱼酱」,使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式

原文链接:CSDN博主「咸鱼酱」的原创文章:https://blog.csdn.net/Lyrassongs/article/details/88544903

%%img2nii.m--------------------------------------------

%Script to convert hdr/img files to nii.

%This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.

%Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014

%select files

f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');

%convert img files to nii

for i=1:size(f,1)

input = deblank(f(i,:));

[pathstr,fname,ext] = fileparts(input);

output = strcat(fname,'.nii');

V=spm_vol(input);

ima=spm_read_vols(V);

V.fname=output;

spm_write_vol(V,ima);

end

步骤2:将nii文件打包成nii.gz文件(我发现这个方法是把每个.nii文件打包成一个.nii.gz,也就是说一个run有200个时间点,

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