【2】FSL MRI 脑部图像安装教程与流程

FLS 官网 FMRIB's Software Library

FSL - FslWiki

全名是： FMRIB's Software Library - FMRIB 是 英国牛津大学脑功能磁共振成像中心，FSL 则是他们开发的一个软件库。 - 由 Stephen Smith 教授开发，发布于 2000年 - 适用于所有操作系统 - 用于结构 MRI、功能 MRI（任务、静息）、扩散 MRI的分析 - MRI, CT数据的预处理和分析 - MRI, CT数据的查看 

FSL 的应用举例

1. 分割之--大脑图像提取/去头骨

普通扫描的大脑图像包含非常多的组织，如图所示

除了大脑组织以外，还包括皮肤，头骨，眼球，嘴巴，喉腔等解剖结构，这些结构会影响我们对大脑的分析。因此，希望对脑组织和非脑组织进行自动分割。

这里就可以用到bet功能，该过程可以叫 [去骨/脑组织提取]

从图上来看，操作也是非常简单，一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。

2. 分割之--组织分割

上述中，我们只是把脑组织从图像里分割出来，更进一步，我们可以对脑实质进行分割，分割出白质（WM），灰质(GM)以及核团（CSF）

该任务就相当于是对大脑组织进行三类分割。

这里就可以用到FAST功能。

3. 配准

配准功能也是非常强大，内置了很多个标准空间。

这里使用的功能 FLIRT：线性变换, FNIRT：非线性变换

但是，无论是分割还是配准，都有局限性：只对 MRI 脑数据有作用,因为FSL 本身就是脑影像数据处理软件。

那我们不做 MRI 脑数据，这个工具还能干什么呢？

以下简单介绍一些通用功能：

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4. 使用FSLeyes查看图像

该工具有点类似 PS 工具，可以叠加好几个图层进行显示。比如底层是原始图像，上面一层是分割结果。

5. Fslutils 工具包

FSLUTILS 是一组有用的命令行实用程序，允许分析和 Nifti 格式数据集进行转换、处理等。可以同时处理 3D 和 4D 数据。对于这些程序中的每一个，只需键入程序名称即可获得使用帮助。

references：

介绍一款 MRI&CT