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RSS订阅原创 利用中间特征和初始数据线性拟合
利用中间特征和初始数据线性拟合import scipy.io as sioimport numpy as npfrom sklearn.linear_model import ElasticNetfrom sklearn.linear_model import Lassofrom sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_scoresource_save = '/要存储的路径/'source='/初始数据地址/'img=np.load(sou
2021-07-15 19:47:13
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原创 从指定的多个多层文件夹中复制文件
从指定的多个文件夹中复制文件import os.pathimport shutildef each_file(filepath, new_filepath): ''' 读取每个文件夹，将遇到的指定文件统统转移到指定目录中 :param filepath: 想要获取的文件的目录 :param new_filepath: 想要转移的指定目录 :return: ''' l_dir = os.listdir(filepath) # 读取目录下的文件或文
2021-07-15 16:22:53
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原创 空间重叠率OR及Dice指标计算
空间重叠率OR及dice指标计算空间重叠率OR我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用它写博客：全新的界面设计 ，将会带来全新的写作体验；在创作中心设置你喜爱的代码高亮样式，Markdown 将代码片显示选择的高亮样式 进行展示；增加了 图片拖拽 功能，你可以将本地的图片直接拖拽到编辑区域直接展示；全新的 KaTeX数学公式 语法；增加了支持甘特图的mermaid语法1 功能；增加了 多屏幕编辑 Ma
2021-07-11 10:51:27
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原创 利用mask将2D序列转为4D数据
import osimport numpy as npimport nibabel as nibfrom nilearn.input_data import NiftiMaskeros.environ["OMP_NUM_THREADS"]="2"os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"]="0"source='/path/'X=np.load(source+'data.npy')print("X.shape:",X.shape)Y=X[:,:]#切片转化指定的
2021-04-09 21:00:13
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原创 keras中的模型加载
from keras import backend as Kfrom keras.models import load_modelfrom PIL import Imageimport numpy as npsource='/storage/DuanFX/python_code/hope/'def get_layer_output(model, x, index=-1): layer = K.function([model.input], [model.layers[inde
2021-03-12 20:22:35
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原创 使用nilearn里的Dictlearning函数实现fMRI图像激活区域显示
使用nilearn里的Dictlearning函数实现激活区域显示说明：Dictlearning提取的信号比ICA更干净，所以要注意控制步骤二中alpha参数的大小一、加载数据import nilearnfrom nilearn import datasetsnilearn.image.load_img("data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii")print(func_filenames.shape)二、调用Dictlearningfrom nilearn.d
2020-07-09 16:40:00
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原创 用nilearn里的ICA生成fMRI激活区域
用nilearn里的ICA功能生成fMRI激活区域一、加载图像import nilearnfrom nilearn import datasetsfunc_filenames = nilearn.image.load_img("data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii")print(func_filenames.shape)二、调用ICA函数from nilearn.decomposition import CanICAcanica = CanICA(n_co
2020-07-09 16:28:22
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原创 4DfMRI数据指定存储其中一个时间点的图像
4DfMRI数据指定存储其中一个时间点的图像代码实现import nibabel as nib from nilearn import imagefrom nilearn.image import smooth_imgresult_img=smooth_img('data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii.gz',fwhm=0)#存储图像，smooth_img 返回一个NiftiImage对象print(result_img.shape)#显示原始图像的尺寸first_
2020-07-09 16:18:10
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原创 fMRI信号处理并显示指定切片
fMRI信号处理并显示指定切片一、加载数据import nilearnimport nibabel as nib from nilearn import imagefrom nilearn.image import smooth_imgfunc_filename=nib.load('data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii.gz')print(func_filename.shape)二、处理fMRI图像img2=nilearn.image.clean_img(
2020-07-09 11:16:38
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原创 将4DfMRI图像转存为.npy格式
将4DfMRI图像转存为.npy格式一、加载数据import nibabel as nibimport osimport numpy as np img_path = 'E:/python/nilearn/5/data/npy/'#图像存储路径saveimg_path = 'E:/python/nilearn/5/data/snpy/'#转存为npy格式的路径二、转换格式img_names = os.listdir(img_path)#seg_names = os.listdir(se
2020-07-09 11:02:15
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原创 提取4DfMRI每一个时间点的中心点坐标
4DfMRI所有时间点的中心点坐标一、加载图像from nilearn import plottingfrom nilearn.image import smooth_imgatlas_filename=smooth_img('data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii.gz',fwhm=0)print(atlas_filename.shape)#输出图像尺寸二、显示坐标atlas_region_coords = plotting.find_probabilistic
2020-07-09 10:49:08
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原创 显示4DfMRI图像的时间序列
显示4DfMRI图像的时间序列一、加载数据from nilearn import imagefrom nilearn.image import smooth_imgresult_img=smooth_img('data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii.gz',fwhm=0)二、数据转换为可显示类型from nilearn.masking import compute_epi_maskmask_img=compute_epi_mask(result_img)plot
2020-07-09 10:35:36
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原创 使用python读取MRI图像
利用nilearn包读取fMRI图像文件代码实现：import nibabel as nibfrom nilearn import imageimg = nib.load('./data/NDAR_INV00LH735Y/baseline/structural/t1_brain.nii.gz')#img = nib.load('./data/t1_brain.nii') print(...
2020-02-29 12:49:32
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原创 在matlab下安装spm工具
下载SPM（前提是将Matlab安装好哟）进入spm官网点击下载链接：在页面里选择合适的版本进行下载配置Matlab解压下载好的文件，将其复制在matlab安装地址中的toolbox下，eg：D:\Program Files\MATLAB\R2018a\toolbox（此处需保证D:\Program Files\MATLAB\R2018a\toolbox\spm12内容下是工...
2019-11-26 22:17:43
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原创 在集群Linux环境下安装Anaconda
注：Anaconda2对应python2版本Anaconda3对应python3版本（建议安装此版本，可向下兼容，此处示例Anaconda2，但安装过程相同）下载使用Linux跳转命令跳转到你需要的文件夹下在打开的命令窗口内输入命令：wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda2-2019.03.Linux-x86_64.sh可选择不...
2019-11-25 11:09:27
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原创 FSL的安装
集群Linux环境下安装FSL1.下载安装包从FSL官网中[link]https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux下载合适的Linux版本的fsl安装包，名称为fslinstaller.py2.安装在该文件所在路径下打开命令窗口，使用命令：su root进入root权限（需要输入集群root权限的密码，可询...
2019-11-22 21:53:24
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空空如也
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