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原创 下载国外数据速度太慢,可尝试这样解决
最近发现一个非常棒的RNAseq教程,链接在这里。在Linux用wget下载测试数据,那速度一看吓一跳,动不动1kb/s,甚至几十b/s。后来尝试了换各种网,家里wifi,联通,电信,更换vp(此处省略1个字母)代理都不行,然后尝试阿里云服务器下载怎么样。下载速度有240kb~300kb/s,不错,提高了几百倍,满足了。...
2020-02-06 23:55:45
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原创 Mac中docker的安装与使用
安装perl写的软件简直是一场灾难!这两天帮组里的人安装一个寻找转座子的软件,由于这个软件是由perl写的,而且这个软件的依赖关系贼多,搞定一个又来一个,一直僵持了5个小时,最后,I quit.主要原因是我不会perl。。去软件主页看,居然有docker版本,哈哈!一直知道docker很有用,正好借此机会学习下。Docker简介由于我只是用docker,所以对docker只有简单的理解。简...
2019-12-17 15:58:15
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原创 转录组测序(RNA-seq)详细建库步骤与原理
1.实验设计考虑生物体中总RNA=(~90%)rRNA+ (1~2%)mRNA+(8~9%)其他RNA对于真核生物,可通过 oligo dT磁珠富集mRNA来进行建库而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组,可以通过去除rRNA的方法进行建库建库另一个要考虑的方面:链特异性与非特异性(stranded or un-stranded)建库过程本文以Illumina的NEBNe...
2019-12-08 23:02:20
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原创 转录组系列——RNA-seq数据分析软件的安装
如果有人看,请跳过纯吐槽:最近脑子比较乱,忙的还不是自己喜欢做的东西,还发生了一些事,所以比较丧。之前还给老板保证了若这一年做不出成果就不毕业了,现在想想,只想对自己呵呵。数据还没挖出来,坑倒先挖了一个。反思一下,还是自己太急于求成,对数据理解的不够深,只会跑跑流程,嗯,那就重头来过吧。顺便治治拖延症了,先给自己立个flag:周更!环境准备我的是Mac,自带Unix环境。用Mac终端神器hom...
2019-12-01 21:46:59
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原创 外网连接内网电脑
需求:实验室有一台服务器,但用的是校园网,想平时可用另一台电脑(Mac)远程连接服务器,跑跑数据啥的原理:校园网是内网,外网看不见内网IP,因此正常用SSH连接不了内网主机。但内网可与外网通信,因此我们可以先用内网主机SSH连接外网,然后在外网主机用反向SSH连接内网。操作步骤:由于我们自己的电脑未必有外网IP,因此我们需要一个固定的外网IP,可搞个云服务器啥的(阿里云,腾讯云等,学生价...
2019-08-10 23:20:38
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原创 Mac个性化配置
vim配置:vim .vimrc #创建.vimrc配置文件编辑.vimrc 1 set nu 2 colorscheme darkblue #darkblue为vim主题,其他Google 3 syntax on ls颜色字体配置:vim ~/.bash_prifile加入以下内容:export LS_OPT...
2019-06-25 23:37:45
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原创 virtualenv的安装与使用
virtualenv的安装与使用virtualenv 的作用:为单个项目创建独立的python虚拟环境virtualenv的使用 :1.通过如下命令安装virtualenv$ sudo pip install virtualenv2.创建虚拟环境:创建默认虚拟环境:$ virtualenv env27此命令表示创建一个名为env27的虚拟环境。每个虚拟环境都包含一个独立的e...
2019-06-13 05:38:16
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空空如也
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