将任务挂到计算节点方法:
第一步:查看服务器节点占用情况:输入pbsnodes,查看自己的服务器节点情况。
可以看到目前是在node02提交了三个任务(jobs):895.coms-cluster.Rwlab、901.coms-cluster.Rwlab、902.coms-cluster.Rwlab
输入qstat可以简单查看任务情况:
常见的两个任务状态:
R:代表任务正在运行。
C:代表任务出错,已被中止,可以去输出文件中查看报错。
其他命令:
qstat:显示所有任务的主要信息。
qstat -f:显示所有任务的详细信息,按照任务ID排列。
qstat -f 895:显示895号任务的详细信息。
pbsnodes:查看所有节点的详细信息。
pbsnodes -l free:查看空闲节点。
qdel 895:删除895号任务。
qstat -u username:查看用户username的任务。
第二步:准备一个.sh文件,内容如下:
上图中红色框框内容为自己名下的.bashrc内容(不同用户内容不同):
使用记事本编辑打开就行。
然后复制红框框中内容到新建的.sh文件中(一般情况下,复制这些就够了,否则全部复制进去):
接下来在.sh文件中写入你的激活环境、处理数据等命令(绿框内容),输入命令后再输入回车,使等待输入符号跳到下一行行首,然后保存退出。
然后回到命令行窗口:输入dos2unix filename.sh,这一步是为了将.sh文件改为服务器可识别的格式。
然后输入 chmod 777 filename.sh(赋予文件全部权限)
然后输入echo filename.sh | qsub -l host=node01.local -l ncpus=4或者qsub -l host=node01.local -l ncpus=4 tt.sh(-l host=可以选择将任务交给哪个节点运行,可查看节点现有任务数(通过这个命令pbsnodes)自行选择。)(-l ncpus=可以设置使用多少CPU,越大运行的越快,根据自己的节点情况设置。)(这两个参数按需设置,但是注意要每个参数前都要加上-l。)