服务器集群命令qsub(centos6.5 )

将任务挂到计算节点方法:

第一步:查看服务器节点占用情况:输入pbsnodes,查看自己的服务器节点情况。

可以看到目前是在node02提交了三个任务(jobs):895.coms-cluster.Rwlab、901.coms-cluster.Rwlab、902.coms-cluster.Rwlab

输入qstat可以简单查看任务情况:

常见的两个任务状态:

R:代表任务正在运行。

C:代表任务出错,已被中止,可以去输出文件中查看报错。

其他命令:

qstat:显示所有任务的主要信息。

qstat -f:显示所有任务的详细信息,按照任务ID排列。

qstat -f 895:显示895号任务的详细信息。

pbsnodes:查看所有节点的详细信息。

pbsnodes -l free:查看空闲节点。

qdel 895:删除895号任务。

qstat -u username:查看用户username的任务。

第二步:准备一个.sh文件,内容如下:

 上图中红色框框内容为自己名下的.bashrc内容(不同用户内容不同):

使用记事本编辑打开就行。

然后复制红框框中内容到新建的.sh文件中(一般情况下,复制这些就够了,否则全部复制进去):

 接下来在.sh文件中写入你的激活环境、处理数据等命令(绿框内容),输入命令后再输入回车,使等待输入符号跳到下一行行首,然后保存退出。

然后回到命令行窗口:输入dos2unix filename.sh,这一步是为了将.sh文件改为服务器可识别的格式。

然后输入 chmod 777 filename.sh(赋予文件全部权限)

然后输入echo filename.sh | qsub -l host=node01.local -l ncpus=4或者qsub -l host=node01.local -l ncpus=4 tt.sh(-l host=可以选择将任务交给哪个节点运行,可查看节点现有任务数(通过这个命令pbsnodes)自行选择。)(-l ncpus=可以设置使用多少CPU,越大运行的越快,根据自己的节点情况设置。)(这两个参数按需设置,但是注意要每个参数前都要加上-l。

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