EngzSinger-CSDN博客

原创 TypeError: No registered converter was able to produce a C++ rvalue of type class

最近使用RDKit出现TypeError: No registered converter was able to produce a C++ rvalue of type class std::basic_string<wchar_t,struct std::cahr_traits<wchar_t>,class std::allocator<w_char_t> > from this Python object oftype float，发现RDKit的GitHub网站

2021-05-12 20:15:42 5459

原创使用Anaconda安装RDKit

1. Anaconda和RDkit介绍Anaconda 是开源跨平台的软件包管理器，能够创建虚拟的Python执行环境，解决依赖库版本冲突的问题。RDkit是开源的化学信息学依赖库，基于C++编写开发，提供Python的接口，在化学模拟计算方面领域被广泛使用。使用Anaconda安装是目前最快捷的RDKit安装方式。2. 如何安装conda能够直接安装依赖库，或者创建虚拟环境。# 在现有环境下安装conda install -c conda-forge rdkit# 创建新的环境并安装co

2021-04-27 10:48:33 4744 2

原创微信群红包模拟器-怎样抢最大的红包

1.前言微信红包我们天天都在抢，既然是抢红包，我们当然希望是能抢到越多越好，最好是能成为运气王，睥睨群芳。那么怎么才能成为运气王，靠玄学还是靠技术？只要我们足够闲，手机足够多，发出大量的红包，最终能发现其中的统计规律，可以大胆的指出，次序与总人数成黄金分割比的那一位获得运气王的几率最大。2.微信红包模拟器当然如果知道了微信红包分配的算法，我们也可以自己写一个红包模拟器来分发红包，获得统计规律。恋猫大鲤鱼在他的博客中介绍了微信红包的随机分配策略。每次抢红包直接随机，随机的范围是[1, 剩余红包金额均

2021-03-07 00:22:32 1544

原创 gdb调试时出现glibc detected *** free(): invalid pointer: 0x000000000060101c

程序的内存空间分为全局变量区，栈空间，堆空间等多部分，通常栈空间都不大，几M的大小，开一个长度为几十万的整型数组，栈空间就受不了，要告诉你stackflow了。使用malloc函数动态申请堆空间内存会是一个好的解决方案，但要时刻牢记配套的free对动态内存进行释放#edfine ARRAYLENGTH 100000int *ia = (int*) malloc(sizeof(int)*ARRAYLENGTH);free(ia);ia = NULL;在堆上申请二维数组的内存空间，也比较简单in

2020-11-21 17:00:28 1205

原创段错误（SIGSEGV）与总线错误（SIGBUS）

段错误（SIGSEGV）与总线错误（SIGBUS）前言最近整理组里的历史代码，发现有一段程序运行有问题，喜提Segmentation fault (core dumped)，这个问题一般是访问非法内存造成的，但是使用gdb进行调试时，发现出现了没见过的错误SIGBUS。Program received signal SIGBUS, Bus error.0x0000000000402007 in main () at energy-xtc.c:128128 HBN[l][k] = sta

2020-11-11 16:40:22 5701

原创 PBS排队不运行--网络信息服务器NIS

文章内容引子网络信息服务为什么要有NISNIS 的基本构架NIS服务的基本流程引子前几天困扰我的问题终于破案了，n01节点的NIS服务挂了，导致用户engzsinger无法登录到该节点上，而提交PBS任务时，我指定的是提交到任意计算节点即#PBS -l nodes=1:ppn=24，这个设置导致默认提交到按顺序的第一个节点n01，而此时节点并没有接受任务，还处于空闲状态，所以下一个任务继续分配到这个节点上。总体表现就是大量任务阻塞，同时大量的计算节点处于空闲状态，又没有直接报错。然而上述只是猜想，到底

2020-08-23 14:46:33 1412

原创 PBS任务只排队，不运行

PBS调度问题问题描述网上常见的解答调试过程任务列表查询任务调度系统查看单个任务的详细信息主要原因分析问题描述自上次重启之后，pbs队列系统再次出现同样的问题，任务能够正常提交，并进入队列系统，但是始终都处于排队状态，即使有大量的空闲节点。网上常见的解答关于这个问题，网上也有大量的讨论，其中说的比较多的解决方案就是更改时区，但是这个解答好像并不适用于我的情况。链接中提到的是任务提交失败，修改时区后能正常提交任务，但是提交后的任务仍不能自动调度，只能通过qrun来手动调度。调试过程因为这几天输入

2020-08-23 01:00:38 9291

原创高斯输出文件批量读取能量

批量读取能量问题背景解决办法后记问题背景在量化计算时，能量是比较重要的概念，而在高斯的输出文件中能量数值往往藏在巨大的文本文件.log中。根据计算任务的大小，.log文件大小也有变化，不过日常计算中获得的文件基本大于十万行，按行查找显然不现实。Linux的一大好处就是强大的文本文件处理能力，根据计算软件的设定，能量数值出现的行内有特别的标注SCF Done，使用vi打开.log文件，底行模式下输入/SCF Done回车即能瞬间找到目标值。vi打开查找的办法还不够简便，因为要重复进行文件打开和关闭的

2020-08-20 01:34:47 3877 3

原创 pbs任务调度系统

问题最近服务器突然出现pbs队列光排队，不运行的问题。初步查看[root@master ~]# ps -e | grep pbs_ 5521 ? 00:00:48 pbs_mom20483 pts/3 00:00:00 pbs_mom20488 pts/3 00:00:00 pbs_mom21055 ? 00:00:00 pbs_server正常运行时，应该是pbs_server 和pbs_sched都在服务中，其中pbs_server 是资源管

2020-08-18 23:00:20 2641

原创 pbsnodes查看计算节点格式化输出脚本

自定义pbsnodes脚本背景torquepbsnodes存在的问题脚本编写目标脚本实现脚本运行的输出信息写在后面背景torque集群系统可以看成一台计算机，允许多个用户同时使用，资源的分配成为不可回避的问题。开源软件torque为计算机集群资源管理提供了便利。用户通过特定格式的输入文本（通常称为pbs文件）进行任务提交，系统根据用户的需求与现有计算资源，进行任务调度。用户在编写pbs文件时，往往想要预先知道计算资源使用情况，以进行合理的资源请求。torque也为用户提供了pbsnodes命令以查看

2020-08-17 23:16:27 4683

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