批量DICOM转jpg格式


import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.misc
import pandas as pd
import numpy as np
import os
import tensorflow as tf


def Dcm2jpg(file_path):
    #获取所有图片名称
    c = []
    names = os.listdir(file_path)  #路径
    #将文件夹中的文件名称与后边的 .dcm分开
    for name in names:
        index = name.rfind('.')
        name = name[:index]
        c.append(name)

    for files in c :
        picture_path = "./Dicomdataset/4.000000-Ax T2 brain-74802/"+files+".dcm"
        out_path = "./jpgdata/"+files+".jpg"
        # ds = pydicom.read_file(picture_path)
        # img = ds.pixel_array # 提取图像信息
        # 读取dicom文件
        dcm = pydicom.read_file(picture_path)
        img = dcm.pixel_array # 提取图像信息
        # 获取图像唯一标识符UID
        uid = dcm.SOPInstanceUID
        # 获取像素矩阵
        img_arr = dcm.pixel_array
        # 打印矩阵大小
        print(img_arr.shape)
        # 获取像素点个数
        lens = img_arr.shape[0]*img_arr.shape[1]
        # 获取像素点的最大值和最小值
        arr_temp = np.reshape(img_arr,(lens,))
        max_val = max(arr_temp)
        min_val = min(arr_temp)
        # 图像归一化
        img_arr = (img_arr-min_val)/(max_val-min_val)
        # 绘制图像并保存
        plt.figure(figsize=(12,12),dpi=250) # 图像大小可以根据文件不同进行设置
        plt.imshow(img_arr,cmap=plt.cm.bone)
        plt.title("UID:{}".format(uid))
        scipy.misc.imsave(out_path,img)

    print('all is changed')

Dcm2jpg('./Dicomdataset/4.000000-Ax T2 brain-74802/')

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