基于GC - MS的代谢组学研究揭示:SD大鼠和Wistar大鼠之间存在系统的代谢差异及乙醇灌胃反应差异

Author: Xianfu Gao，Aihua Zhao，Mingmei Zhou，Jingchao Lin，Yunping Qiu，Mingming Su，Wei Jia

写在前面：

大鼠被誉为精密的生物研究工具，被广泛用于内分泌、药物、行为学、老年病学、肿瘤、感染性疾病、心血管疾病及中医药等方面的研究，并具有多个品种、品系，可供不同实验选用。在分类上主要包含封闭群大鼠和近交系大鼠两大类。Sprague-Dawley（SD）大鼠和Wistar大鼠属于封闭群大鼠的类别。封闭群大鼠指不以近交形式，也不与群外动物杂交而繁衍的大鼠动物群，保持群体的一般特性，又保持动物的杂合性。

让小编带大家来分享一篇经典的使用大鼠作为研究对象的代谢组学技术方面的文献。本次分享的文献（谱领技术人员完成）主要针对封闭群大鼠中的SD大鼠和Wistar大鼠进行代谢差异研究。Wistar大鼠对各种营养物质更敏感，适用于各种营养、代谢性疾病研究。其垂体肾上腺系统发达，应激反应灵敏，因此也适用于神经－内分泌实验研究。还可用于药物、肿瘤、传染病、关节炎和肝胆外科等医学研究领域及药理、毒理和生物制品等研究。SD大鼠由Wistar大鼠培育而成，其性情较Wistar大鼠更为凶猛，且比Wistar大鼠具有更强的适应性和抗病能力，因此也更为受到动物实验的青睐，也是较为重要的实验大鼠品种。常用于营养学、内分泌学和毒理学研究。

让我们来看看本篇文献的设计思路、实验方法和结果：

SD大鼠和Wistar大鼠是具有相似遗传背景的常用实验大鼠，在实际的科研中研究人员们认为两种大鼠是可互换的。在这篇文章中，研究者利用基于气相色谱-质谱联用（GC-MS）的代谢组学技术，分析了SD大鼠和Wistar大鼠在不同扰动，如：禁食、喂饲和连续急性乙醇干预影响下的系统代谢差异。实验揭示：两种大鼠的代谢差异包含若干代谢途径的差异和肠道共生微生物区系的差异。实验结果表明，与Wistar大鼠相比，SD大鼠在禁食和摄食状态下表现出更高的个体化代谢变异，以适应环境变化，连续乙醇灌胃对SD大鼠造成的肝损伤要弱一些，SD大鼠表现出更强的适应和恢复能力，以适应连续乙醇灌胃扰动，恢复原有的代谢特征。总的来说，作者通过基于GC-MS代谢组学的尿样分析研究证明：SD大鼠和Wistar大鼠之间存在内源代谢差异。本结果对于今后使用这类动物进行各类的实验设计有参考价值。

文献解读：

引言

实验动物的遗传和生理多样性为药理学、毒理学和营养学研究带来越来越多的挑战，研究者们关心如何选择适合的研究对象，如何以最低的成本获得最优的研究结果。因此有研究者记录了常用的具有相似遗传背景的不同的实验动物之间对药物、营养素和压力的易感性的差异。已知各种内在生理因素和外部影响会影响体液中的代谢物组成，内在生理因素包括物种、品系、遗传修饰、性别、年龄、生理节律和个体间变异，外部影响包括昼夜变化、压力和肠道微生物群落。SD大鼠和Wistar大鼠在代谢和遗传上是非常相似，是实验室常用的啮齿动物。在此之前，Holmes等人（2000）使用基于核磁共振（NMR）技术的代谢组学技术研究两种大鼠的代谢差异，通过主成分分析（PCA）发现SD大鼠和Wistar大鼠尿液中的代谢物存在差异，同时又使用概率神经网络理论分析，发现了这两种大鼠的代谢特征差异明显。

在平台的选择上，迄今为止，大多数此类研究是使用基于NMR的代谢组学方法进行的，该方法主要由Nicholson及其同事开创。然而，关于SD大鼠和Wistar大鼠之间代谢差异的研究仅有基于NMR的代谢组学技术来开展的。相关研究者认为基于替代技术平台探索SD大鼠和Wistar大鼠之间的差异的研究也是至关重要的，并可为NMR技术的研究结果提供补充信息。质谱分析，特别是与先进的色谱分离仪器相结合，因为具有更宽的动态范围，可重复的定量能力，以及分析显著分子复杂性的样品的能力，所以是代谢组学研究的有力工具。气相色谱与质谱联用（GC- MS）的灵敏度和分辨率比传统的核磁共振方法更好，显然是一种可靠的方法，相关文献报道，其与液相色谱-质谱联用（LC - MS）相比，对候选生物标志物的结构鉴定具有更好的可靠性。迄今，非靶向GC - MS分析已成功应用于尿液，血清样品和组织提取物的代谢组学分析。

至于研究意义，理解SD大鼠和Wistar大鼠之间的代谢差异及具体差异代谢物有助于帮助研究者增进对这两种大鼠各自的特征的认识及改进后续的数据解读。本篇文献中的研究是利用GC-MS代谢组学技术比较禁食和摄食状态中的两种大鼠的代谢差异，并比较SD大鼠和Wistar大鼠对外部干预（急性乙醇暴露）的不同反应。 该研究还观察了两种大鼠对生活环境突变的压力反应，及他们各自的内源性的独特变化。同时还测定血清和肝组织的生理参数，以支持急性乙醇干预实验中代谢组学的结果。

实验材料和方法

实验动物

8周龄的雄性SD和Wistar大鼠购自上海实验动物有限公司（中国），并分别饲养在不锈钢标准笼中（每笼5只SD大鼠或Wistar大鼠），在培养过程中为大鼠提供经过认证的标准大鼠饮食和可以自由饮用的水。在环境受控的大鼠培养室中维持恒定的12小时光/暗循环，室内的恒定为温度为23±1℃，湿度为60±5％。
适应1周后，将大鼠分组以进行以下实验。
另外，除非另有说明，否则所有大鼠都饲养在提供标准饮食可随意饮用的水的标准笼中。参照《中国实验动物护理和使用指南》的原则和程序进行实验动物护理和使用。
实验设计如图1（Figure 1所示。）

实验的设计

实验的设计I ：禁食的和喂食的状态下SD大鼠和 Wistar大鼠的比较

如图1（Figure 1实验一）所示：（A）将已经在代谢笼中适应一周的两种大鼠各20只，分别转入代谢笼。从第1天的第18小时到第2天的第9小时处于禁食状态，水可以自由饮用。在第3天到第4天的相同的时间，重复相同的禁食过程，在这个过程中两种大鼠也是只能喝水。收集两种大鼠的尿样，来进行GC-MS分析，以确定禁食期间的大鼠夜尿中的代谢物成分。（B）从第五天的第18个小时到第6天的第9个小时，在代谢笼中放入可随意取用的食物和水。收集尿液来进行GC-MS分析,以确定喂饲状态下的大鼠夜尿成分。

Figure 1: Flowchart of experiment designs in this study. All rats could
drink water freely during the whole experiment. Key: 8 w 8-week old, SC
standard cage, MC metabolism cage; 18 h(9 h), 18:00 (9:00); d1(d2,…,d13), the
1st (or 2ed,…,13th) experimental day after the initial 1 week of adaption in
standard cages

实验的设计II：急性乙醇灌胃干预下SD大鼠和 Wistar大鼠的系统比较

如图1（Figure 1实验二）所示：在之后的第6和第7天两天，将实验的设计I中的雄性SD大鼠和Wistar大鼠各20只转入标准饲养笼中两天，并提供可以自由取用的食物和水。之后的第8到第13天中，SD大鼠和Wistar大鼠被各分为两组，每组有同种的10只大鼠，共4组。同种大鼠中有一组在第8天的第18小时到第9天的第9小时之间用乙醇灌胃，具体的方法是：以8ml 50%的乙醇每千克体重的量灌胃两次，两次的灌胃间隔1小时。相同的灌胃的过程连续5天重复进行。对照组大鼠（每一种对照组含10只）以相同的方式用蒸馏水灌胃。在每天灌胃处理后，立即将大鼠放入代谢笼，并收集每天的第18个小时到下一天的第9个小时的夜尿样品以进行GC-MS分析。 在第1