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RSS订阅原创 怎么做好多重比对（Multiple sequence alignment）？
需要用到的软件MAFFT：多重比对，conda下可以直接安装；也可以通过在线网站https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/AliView：可视化比对结果，http://www.ormbunkar.se/aliview/BMGE：用于移除比对效果差的区域，conda下直接安装MAFFT多重比对和Aliview的可视化下面介绍command lind 和 online两种方法。commandmafft --auto seqence.fasta > s
2021-07-11 17:05:38
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原创 Seqkit-通过gtf/gff提取基因序列
gff/gtf 注释文件包含了基因的位置及结构信息，但是如何通过位置信息快速生成fa文件呢？强推Seqtik，一行代码解决问题！seqkit安装通过conda直接安装conda install seqkit -c biocodna使用seqkit集众多功能于一体，今天只接受subseq，用于提取基因Usage: seqkit subseq [flags]Flags: --bed string by tab-delimited BED file
2021-06-22 00:32:11
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原创 拟南芥栽培方案
1. 种子表面消毒1） 取约40粒种子置于1.5mL离心管中，加入70% 1mL酒精震荡1~2min；2） 去上清，加入10% NaClO 1mL，浸泡约20min，期间摇床28 ℃ 200 rpm震荡；3） 去除漂白液，无菌水冲洗3~4次。2. 种子铺板培养1） 在已消毒的种子中，加入0.2%Agar 500 µL并吸打均匀；2） 将吸打均匀的种子放到MS solid medium中，布置均匀；3） 盖盖，封条，期间必须保持水平；4） 4℃春化两天；5） 放置于23℃恒温箱，待长出6片叶
2021-06-01 18:13:41
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原创 R语言入门
安装R语言开源，安装很简单，此处带过。界面R语言的使用简介赋值命令赋值符号为 <- 或 = ，但是建议使用<-x <- 10 #赋值10给变量xR语言的数据类型R是一种基于对象(object)的语言，在R中看到的一切事物都是对象。对象有4种基本类型：数值型（numeric） 30;3.14字符型（character） “dog”逻辑型（logical） True/False 或 T/F复数型（complex） 1+2i查看对象
2020-09-21 15:49:12
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原创 转录组问题汇总
转录组测序不同重复之间的相关性多少合适？测序的深度如何把握？p > 0.05 ；相关系数r>0.95测序深度，是测序量除以基因组的长度，例如测序深度10，就相当于测了10次全基因组，50就是测了50次。测序reads数和测序碱基数之间如何换算？“单端测序” :数据量=reads 长度 * reads个数（reads长度很容易得知，reads数目可以用￥wc -| file.fastq统计出来的结果除以4，因为1个reads在fastq文件里通常是用4行信息描述。）“
2020-08-10 14:21:53
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原创 RNA-seq图表分析
质量测序基于 fastqc 快速地对测序数据进行质量评估,得到两个文件，一个是html的网页文件，一个是zip压缩文件。html文件就是我们质量评估的报表。序列测序质量统计此图中的横轴是测序序列第1 个碱基到第151个碱基，纵轴是质量得分，即20表示0.01的错误率，30表示0.001的错误率。图中红线表示中值，图中蓝色的细线是各个位置的平均值的连线每条序列的测序质量统计序列长度为151bp，那么这151个位置每个位置Q值的平均值就是这条reads的质量值。图中的横轴0-40表示Q值
2020-08-03 18:43:37
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空空如也
空空如也
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