安装dnaPiPeTE过程中遇见的问题

安装dnaPiPeTE过程中遇见的问题

nym 2021-09-04

./aligns/KmerAlignCore.cc:6:34: fatal error: aligns/KmerAlignCore.h: No such file or directory #include "aligns/KmerAlignCore.h”

在进入到这个文件夹后发现，是存在有KmerAlignCore.h这个文件的，这个问题是因为在编译Trinty2.5.1软件中的Chrysalis部分过程中，编译器版本问题导致的，解决方法：

#进入到dnaPipeTE/bin/trinityrnaseq-Trinity-v2.5.1/Chrysalis目录中,修改Chrysalis的Makefile文件
cd ~/biosoft/dnaPipeTE/bin/trinityrnaseq-Trinity-v2.5.1/Chrysalis
vim Makefile
#在文件第311line后添加
  ifeq ($(GPP_MAJOR_VERSION),7)
       SYS_INCS        = -iquote . $(XERCES_INC)
  endif
#保存后退出，再返回重新编译Trinity
cd ~/biosoft/dnaPipeTE/bin/trinityrnaseq-Trinity-v2.5.1
make
#此方法可以解决aligns/KmerAlignCore.h问题，但不确定是否专业。

Testing RepeatMasker Libraries… RepeatMasker.lib doesn’t include the Repbase sequences! Follow instruction to install RepeatMasker libraries on https://github.com/clemgoub/dnaPipeTE 没有找到库文件

这个问题是因为使用init.sh安装时下载的repbase有问题，需要自己下载正确格式的”RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz“文件并解压
如果有报错

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

也是因为RepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz下载的有问题,使用tar无法解压

cd ~/biosoft/dnaPipeTE/bin/RepeatMasker
tar -xzvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz
#随后对RepeatMasker重新进行编译
./configure