基因预测软件：【BRAKER3】软件的安装

基因预测软件：【BRAKER3】软件的安装

nym 2023-04-28

软件介绍

BRAKER3是BRAKER套件中的最新管道。它使RNA-seq和蛋白质数据能够在全自动化管道中使用GeneMark-ETP和AUGUSTUS训练和预测高度可靠的基因。该流水线的结果是两个基因预测工具的组合基因集，其中只包含有高外部证据支持的基因。

BRAKER3与BRAKER2安装和pipeline略有不同。

环境配置

1.perl模块的安装

cpan File::Spec::Functions
cpan Hash::Merge
cpan List::Util
cpan MCE::Mutex
cpan Module::Load::Conditional
cpan Parallel::ForkManager
cpan POSIX
cpan Scalar::Util::Numeric
cpan YAML
cpan Math::Utils
cpan File::HomeDir
cpan threads
cpan YAML::XS
cpan Data::Dumper
cpan Thread::Queue

2. 系统环境的配置

sudo apt-get install libc-bin

软件配置

1.BRAKER安装

git clone https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER.git
cd BRAKER/scripts
chmod a+x *.pl *.py

添加环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/BRAKER/scripts"

2.GeneMark-ETP

git clone https://github.com/gatech-genemark/GeneMark-ETP.git

添加环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：

export PATH="$PATH:~/biosoft/GeneMark-ETP/bin"
export MAKEHUB_PATH=~/biosoft/GeneMark-ETP/bin
cd GeneMark-ETP

#bam2hints

cd tools
mkdir -p src
cd src
git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools.git
cd bamtools/
mkdir -p build
cd build
cmake ..
make
make install

3.Augustus

3.1 环境配置，参见（https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus/blob/master/docs/INSTALL.md#install-dependencies）
建议将所需要的环境使用管理员权限配置，如果不配置的话编译会报错。

3.2 安装

git clone http://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus
make augustus
make auxprogs

添加环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：

export PATH="$PATH:~/biosoft/Augustus/bin"
export PATH="$PATH:~/biosoft/Augustus/scripts"

export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=~/biosoft/Augustus/config
export AUGUSTUS_BIN_PATH=/home~/biosoft/Augustus/bin
export AUGUSTUS_SCRIPTS_PATH=~/biosoft/Augustus/scripts

3.3 报错（原因：3.1过程中环境配置问题）
#报错：…/include/randseqaccess.hh:21:10: fatal error: mysql++/mysql++.h: 没有那个文件或目录
add MYSQL = false to common.mk
#报错：…/include/sqliteDB.hh:13:10: fatal error: sqlite3.h: 没有那个文件或目录
sudo apt install libsqlite3-dev
#报错：bam2hints.cc:16:10: fatal error: api/BamReader.h: 没有那个文件或目录
sudo apt install libbamtools-dev zlib1g-dev
安装后使用
make clean all

4.Python3

5.Bamtools

6.NCBI BLAST+ or DIAMOND

7.ProtHint

git clone https://github.com/gatech-genemark/ProtHint.git

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/ProtHint/bin"

8.StringTie2

git clone https://github.com/gpertea/stringtie
cd stringtie
make release

9.BEDTools（GeneMark-ETP/tools已安装）

10.GffRead（GeneMark-ETP/tools已安装）

wget https://github.com/gpertea/gffread/releases/download/v0.12.7/gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
tar xzf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64
make

11.TSEBRA(BRAKER安装教程中未提及，但运行test1.sh时显示环境缺失)

git clone https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/TSEBRA/bin"

Optional tools

1.Samtools(略)

2.Biopython（略）

3.cdbfasta（略）

4.Spaln

git clone https://github.com/ogotoh/spaln.git
cd src
./configure
make
make install
make clearall

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/spaln/bin"

5.GUSHR

git clone https://github.com/Gaius-Augustus/GUSHR.git

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/GUSHR"
需配置java环境（略）

6.Tools from UCSC(twoBitInfo&faToTwoBit)

mkdir UCSCTOOLS
cd UCSCTOOLS
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64.v385/twoBitInfo
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64.v385/faToTwoBit
chmod a+x *

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/UCSCTOOLS"

7.MakeHub

git clone https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub.git

添加到环境变量
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：

export PATH="$PATH:~/biosoft/MakeHub"
export MAKEHUB_PATH=~/biosoft/MakeHub

8.SRA Toolkit

wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar -vxzf sratoolkit.tar.gz

添加到环境变量中
vim ~/.bashrc
文件末尾添加：
export PATH="$PATH:~/biosoft/sratoolkit.3.0.1-ubuntu64/bin"
#确认
which fastq-dump
#输出结果为：
~/biosoft/sratoolkit.3.0.1-ubuntu64/bin/fastq-dump
#test
fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728
#输出结果为：

Read 2 spots for SRR390728
Written 2 spots for SRR390728
@SRR390728.1 1 length=72
CATTCTTCACGTAGTTCTCGAGCCTTGGTTTTCAGCGATGGAGAATGACTTTGACAAGCTGAGAGAAGNTNC
+SRR390728.1 1 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;;665142;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;96&&&&(
@SRR390728.2 2 length=72
AAGTAGGTCTCGTCTGTGTTTTCTACGAGCTTGTGTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGGGGGACTGGGT
+SRR390728.2 2 length=72
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;3;393.1+4&&5&&;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<9;<;;;;;464262

9.HISAT2（GeneMark-ETP/tools已安装）

BRAKER3软件测试

cd ~/biosoft/BRAKER/example
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/Braker/RNAseq.bam
cd ~/biosoft/BRAKER/example/tests
./test1.sh
./test2.sh
./test3.sh

#运行以上三个脚本后，查看test1.log、test2.log、test3.log有无环境缺失和报错。