cfDNA的5-羟甲基胞嘧啶谱高度预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者的R-CHOP治疗反应

文章链接：https://link.springer.com/article/10.1186/s13148-020-00973-8#availability-of-data-and-materials
DOI：https://doi.org/10.1186/s13148-020-00973-8
期刊：Clinical Epigenetics（医学2区）
发布时间：2021年2月11日
补充文件： https://doi.org/10.1186/s1314 8‑020‑00973 ‑8.

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1. 文章概述

1.1 背景

尽管R - CHOP(利妥昔单抗、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和强的松)仍是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的标准化疗方案，但并不是所有患者都对该方案有反应，也没有有效的方法来预测治疗反应。

1.2方法

我们利用5hmC - Seal对86名接受R - CHOP化疗前的DLBCL患者的血浆细胞游离DNA (cfDNA)生成全基因组5hmC。为了研究5hmC改良与疗效之间的相关性，我们将患者分为训练队列(n = 56)和验证队列(n = 30)，并从训练队列中开发了一个基于5hmC的logistic回归模型，以预测验证队列中的治疗反应。

1.3结果

在这项研究中，我们确定了13个与治疗反应相关的5hmC标记物。logistic回归模型的预测性能达到0.82的敏感性(Sn)和0.75的特异性(Sp),AUC = 0.78，优于现有的临床指标。

1.4结论

研究结果表明，在R - CHOP治疗前cfDNA中的5hmC修饰与治疗反应相关，5hmC - Seal可能作为一种临床适用的、微创的方法来预测DLBCL患者的R - CHOP治疗反应。

2. 背景详述

弥漫大B细胞淋巴瘤(弥漫大B细胞淋巴瘤，DLBCL)是侵袭性淋巴组织肿瘤的主要类型，约占非霍奇金淋巴瘤的30%。虽然DLBCL患者多为老年患者，但在所有年龄的患者中均有发现。

自从十年前利妥昔单抗（R）加入环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松（CHOP）化疗方案以来，DLBCL患者的总体生存率显著提高。
然而，30-50%的患者对该标准治疗并不敏感，现有方法无法准确或有效地预测R-CHOP治疗前的治疗反应。

最近的研究表明，凋亡抑制剂survivin、活化诱导胞苷脱氨酶、血浆miRNA、外泌体miRNA和基因多态性的检测以及免疫微环境中CD3和FoxP3的存在，均为DLBCL患者治疗疗效的潜在指标。然而，这些预测因子显示出的矛盾结果尚未得到很好的解决。因此，需要一种准确有效的方法来预测R-CHOP方案的疗效。

DNA的5-甲基胞嘧啶(5mCs)是一种重要的表观遗传特征，在基因表达和肿瘤发展中起着重要作用。Kristensen等人发现DLBCL患者cfDNA中DAPK1的甲基化可以用来评估R-CHOP治疗的效果。在人类基因组中，cfDNA中的5-甲基胞嘧啶(5mc)是动态和可逆的，在活跃的dna去甲基化过程中，可通过TET酶被氧化成5-羟甲基胞嘧啶(5hmc)。因此，5hmC作为DNA去甲基化(5mC)的氧化产物，也可用于评价R-CHOP治疗的效果。最近，一项研究也表明5hmC与DLBCL的预后相关。然而，其在预测R-CHOP方案对DLBCL患者治疗反应中的作用尚未确定。

在本研究中，我们使用5hmC- seal技术获取86名DLBCL患者接受R-CHOP化疗前血浆cfDNA的全基因组5hmC。我们的结果表明，R-CHOP治疗有应答者和无应答者具有不同的5hmC谱，通过生物信息学工具和机器学习算法选择的5hmC标记物可以用于预测R-CHOP治疗在DLBCL患者中的治疗反应。

3. 方法

本研究旨在通过高效的5hmC-Seal技术，发现预测R-CHOP方案疗效的5hmC标志物。
==在被招募的86例患者中，PR和CR患者被分组为对R-CHOP治疗有反应(n = 57)的和无反应(n = 29)。我们将86名患者分成训练和验证队列。本研究第一部分的目的是在这两组训练队列中筛选具有差异5hmC修饰的候选基因。该研究第二部分的目的是在验证队列中使用第一部分开发的模型预测治疗结果(图1)。

图1研究设计概述。在诊断时共收集了86个cfDNA样本，这些样本来自于R - CHOP或R - CHOP样治疗前的DLBCL患者。根据随访治疗结果，将患者分为反应组(PR & CR)和无反应组(PD & SD)。训练队列训练logistic回归模型，用于预测验证队列中的治疗反应

3.1 临床标本采集及cfDNA制备

将DLBCL患者的8毫升外周血收集到无细胞DNA收集Tubes（罗氏）中。24 h内，1350×g 4°C离心12 min, 13,500×g 4°C离心12 min，两次制备血浆。然后，将血浆样品立即保存在- 80°C。使用Quick-cfDNA血清和血浆试剂盒(ZYMO)提取血浆cfDNA，保存在−80°C。所有cfDNA样品在文库制备前均经核酸电泳验证