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RSS订阅原创 吉布斯自由能
吉布斯自由能（G）是热力学中的一个重要概念，用来描述一个系统在恒温、恒压条件下可以进行的最大非体积功，即在化学反应或物理变化中能够用于做功的能量。
2024-08-12 10:47:47
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原创 lammps区域region运算
分别使用group命令区分原子组，然后对group进行substract运算。region不支持substract运算。
2024-08-09 10:08:21
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原创 lammps variable命令
在LAMMPS中，variable命令用于定义变量，这些变量可以用于控制模拟过程中的各种参数和设置。variable命令可以定义多种类型的变量，包括常量、公式、循环变量、文件变量等。以下是variable。
2024-08-07 16:57:33
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转载 linux处理文件----删除文件n行
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。原文链接：https://blog.csdn.net/Xminyang/article/details/107848109。目的是确定要删除行的具体位置。使用cat命令查看前/后N行。4 使用sed删除前N行。3 使用sed删除首行。5 使用sed删除尾行。
2024-07-13 15:58:09
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转载 python文件只读只写
如果以“r+”模式打开，但是先写后读，那么写入的内容会覆盖原内容，读取时从写结束位置开始读。如果原文档内容大于新写入的，那么读到的内容为原文档剩下的内容。打开文档即清空原内容，从文档开头写起，写完后光标自动移到文档末尾，此时进行读取，内容为空。追加在原文档末尾，不会清空原内容，写完后光标移到文档末尾，此时进行读取，内容为空。如果以“a+”模式打开，先进行读操作，读到的内容也是为空，因为打开即把光标定位在文档末尾。如果以“w+”模式打开，先进行读操作，读到的内容也是为空，因为打开即被清空了。
2024-07-13 09:30:27
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原创 python 文件读写模式
'a' : 追加模式------打开时不清空原文档，光标直接到文档最后。'w' : 只写模式------打开时自动清空原文档。'r' : 只读模式。
2024-07-13 09:28:31
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原创 linux系统文件处理---将文件每隔m行，删除n行
工作原理：n++ 表示每次处理一行后增加计数器的值，%（m+n） 用于让计数器每m+n行循环重置。输入：awk 'n++%(3)<2' file.txt > newfile.txt。m+n：将整个文件，按照每n+m行分为一组。m：在每组中，保留前m行，删除后n行。
2024-07-08 15:33:53
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原创 lammps已经运算结束，有数据忘记算：rerun 命令
2、加上需要补充计算的数据的命令（fix 、compute)1、模拟运算的所有文件（模型 、in文件、力场文件）2、模拟计算所得到的dump文件（原子轨迹文件）1、删除or注释掉 输出dump文件的那一行命令。3、把run命令改成rerun命令。
2024-06-27 21:48:20
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原创 多环芳烃热解第一步的反应
1、H-addition ：C-C键断裂，加上氢原子。2、H abstraction by H :生成氢气。3、dehydrogenation :脱氢。
2024-06-04 09:48:11
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原创 lammps自带工具msi2lmp的使用详解
输入make编译安装此工具，生成msi2lmp.exe运行文件。（因为msi2lmp这个工具只能处理cvff等少数几个力场，其实此时的力场是无所谓的，后面的in文件或者reaxff的力场文件都可以再施加你所需要的立场，这里只需要把模型文件弄出来就行）（ -i 是为了忽略缺失化学键等信息的报错直接生成.data文件，注意这里我们只需要吧原子坐标的信息弄下来，所以可以忽略这种报错）msi2lmp工具的用途：将Material Studio中建好的模型转化成能够运行的.data文件。2、计算结果输出选择。
2024-05-31 19:58:48
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原创 lammps 确定碳烟颗粒种碳氢原子比例---Python实现
3、计算所有原子与soot列表内新加入原子的距离。#一直循环，直到soot列表内的元素不再变化。1、确定一个基准原子，计算所有原子与它的距离。#一直循环，直到soot列表内的元素不再变化。#确定一个基准原子，计算所有原子与它的距离。4、把所有距离小于2的原子加入soot列表。#计算所有原子与soot列表内原子的距离。#把所有距离小于2的原子加入soot列表。2、把距离小于2 的原子加入soot列表。#把距离小于2 的原子加入soot列表。
2024-05-30 08:22:11
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原创 lammps统计六元环（非苯环）个数--Python实现
2、六个碳原子的集合中，每个碳原子彼此之间都只成两个C-C键的情况。只有一种可能————碳原子之间首尾相连连成六元环。3、哪一个合集中的六个原子满足彼此之间都恰好成两个键，则这一个合集能够组成一个苯环。2、在列表中随机取六个原子，建立一个小的合集，穷尽这种合集（排列组合C6/n）1、找出距离目标原子距离
2024-05-29 20:08:56
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原创 Python while循环及break,continue的应用
while循环: 循环不断的运行，直到while指定的条件不满足为止。此外 while也可以用来对列表、字典中的元素进行循环-----while list: (表示对list中的每一个元素进行循环)for循环: 针对一个集合中的元素，运行同一个代码模块，直到集合中的每一个元素都运行完。
2024-05-25 11:29:59
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原创 Python 模块中储存函数及调用方法
模块：编写一个 function.py文件(任意文件名），里面集中放置项目中你所需要用到的函数。在同一个文件夹中创建运行文件：xxx.py。
2024-05-24 10:29:37
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原创 Anaconda详细安装教程(包括windows系统与linux系统）
1、打开清华开源网站镜像站选一个最新一两年的版本下载（过早的版本，conda下载后无法更新安装数据包）2、运行安装程序，一路下一步/同意。用户选择all user，选择add environment3、如果没有add environment,需要手动添加环境变量打开我的电脑——属性——高级系统设置——环境变量——系统环境变量添加anaconda三个文件夹你所安装存放的路径4、测试是否安装成功测试cmd输入conda--version,出现conda版本号为安装成功。
2024-05-23 09:14:51
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原创 python if语句的基本使用---学习记录
if number: #if语句如果列表不包含元素则输出 False,如果包含元素则输出位Ture。#布尔表达式:只有Ture和False两个值 switch=Ture switch2=False。#从上到下只要遇到满足的就执行那一个，后面其他的都不用执行----单个判断模块。#if条件语句---------核心值 Ture /False。#从上到下，每一个if模块都去执行----多个判断模块。#if-elif-else 模式。#if语句判断列表是不是空列表。# if-if-if模式。
2024-05-22 17:24:16
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原创 windows下Ubuntu子系统安装lammps
/configure --prefix=/home/yl/fftw #注意把文件夹名字改成你自己的文件夹。3、在mpich解压文件夹下输入：make＋make install 进行编译。5、which mpirun 核对mpirun路径是否正确，环境变量是否生效。4、给mpirun添加环境变量 vim ~/.bashrc。make（tip：make -j 核心数 可多cpu并行编译）（把路径添加到path前面，在赋值给path）一、系统设置开启开发者模式。在当前shell中键入。
2024-05-22 15:39:01
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原创 python 列表的修改、历遍、切片 ：list()相关函数----学习记录
number_new=number #这种方法使得同一个列表的值指向number/number_new两个变量，列表值发生变化，两个变量的值都会发生变化。list.pop(1) #删除列表第二个元素。print(number[1:4])#输出列表第2-第4个元素。number=list(range(1,6))#方法一。print(number[:])#输出全部列表元素。print(number[1:])#输出到结尾。print(number[:4])#从头开始。
2024-05-22 14:27:07
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空空如也
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