ITK5.2+RTK2.3+VS2019在Windows10下的安装配置教程
写在前面
RTK是全称ReconstructionToolkit,是用于锥形束CT重建的、开源的工具箱,其安装配置对计算机环境要求较多,本文是根据网上的资料以及个人经验对RTK安装配置的一个总结,一些参考的其他博主的教程已经在文中列出,本文错误之处还请各位读者指教。
安装配置的顺序是Visual studio 2019、CMake、Cuda、Git、fftw(非必须)、ITK、RTK。
在安装之前,建议阅读一下文末的注意事项,防止错误发生。
安装前准备
以下是需要提前准备的文件,下载链接中的版本可能已经更新,我安装时所使用的版本已放在云端附下载地址。
- Visual studio 2019 下载地址
- CMake-3.20下载地址
- InsightToolkit(ITK)-5.2.1下载地址
- RTK-2.3.0下载地址
- Git-2.35.1.2下载地址
- Cuda v11.4下载地址
- fftw-3.3.5下载地址
安装过程
1、Visual studio 2019安装
Visual studio 2019直接从官网下载安装即可,安装时记得勾选“使用C++的桌面开发”。
2、CMake安装
Cmake用于编译ITK和RTK,这是安装配置时最容易出错的地方。
(1)从官网下载适合自己计算机系统的版本,我用的是Windows x64版本。
(2)双击进行安装,按默认方式一直 “Next” ,直到下图中的页面。
(3)按图中方式选择选项,然后继续默认 “Next” ,直到安装完成。
(4)安装之后进行重启,重启之后可用“命令提示符”输入CMake查看是否安装成功,安装成功的页面如下。
3、Cuda安装
RTK在CT重建过程中会用到Cuda进行加速
此部分的安装配置参考了博主“电脑玩家鲍勃”的教程,详细并亲测可用。
教程地址
4、Git安装
Git主要是在编译RTK的时候进行一些库的克隆,不安装的话极有可能报错。
从官网直接下载安装即可,全部默认操作。
5、fftw安装
FFTW用于傅里叶变换计算,该过程的安装参考了博主“伍心”参考地址的文章,并进行了进一步总结。
(1)在硬盘中创建"FFTW"文件夹(文件地址自定),并将下载好的压缩包解压到此处,如下图。
(2)打开VS 2019下的命令提示符,根据所下载的fftw版本选择合适的选项,64位选x64(图中所选),32位选x86。
(3)先定位 “FFTW” 文件夹的盘符,然后再打开到具体文件夹,如下图所示。
(4)逐条输入并执行以下命令。
lib /machine:x64 /def:libfftw3-3.def
lib /machine:x64 /def:libfftw3f-3.def
lib /machine:x64 /def:libfftw3l-3.def
(5)完成后关闭退出。
6、ITK安装
ITK( Insight Segmentation and RegistrationToolkit)是美国国家卫生院下属的国立医学图书馆开发的一款医学图像处理软件包,RTK的很多功能都要依赖ITK,因此可以将RTK看成是ITK的子模块。
(1)解压网上下载的ITK压缩包。
(2)创建相关文件夹,即 …/ITK/Build 和 …/ITK/Bin ,为下一步编译做准备。
(3)打开Cmake进行编译,输入要编译的源文件地址和编译好后的输出地址(框中两个地址一个是源文件地址,一个是编译后地址),图中仅作参考。
(5)选择好路径后点击“configure”进行编译,根据自己的具体情况选择如下选项。我的环境是VS2019+X64,其他选项默认,然后 “Finish” 下一步。
(6)等待编译过程结束
结束后搜索 “CMAKE_INSTALL_PREFIX” 选项,设置路径为…\ITK\Bin (如图);
然后勾选 “BUILD_SHARED_LIBS” 选项(如图);
勾选 “FFTW” 相关选项(如图);
勾选 “ITKReview” 模块(如图);
然后继续点击“configure”进行编译。
(7)期间会提示编译完成,但是还有红色选项,此时只需要再次点击“configure”按钮,直到完全没有红色选项视为编译结束。
注意:此处如果没选CUFFTW选项,则可能会提示要求输入FFTW的相关文件地址,参考以下这张图片进行输入,仔细对比避免错误!
(8)点击 “Generate” 按钮进行生成,完成后点击 “Open Project” 按钮,VS2019将自动启动并打开生成的项目。
在VS2019中左下角等待其作业完成(如图),主要是为了防止不必要的错误
(9)在VS2019中,鼠标单击选中 “ALL_BUILD” ,然后点击生成菜单中的 “生成ALL_BUILD” 进行生成,任务结束后会显示生成结果(如图),正常情况下没有失败项目,但是可能会有警告。
(10)点击 “INSTALL” ,然后在生成下拉菜单中选择 “仅用于项目”→“仅生成INSTALL”。
此步骤参考了博主“亦我飞也”的内容参考地址
(11)将库文件…\ITK\Bin\bin 和 …\ITK\Build\bin\Debug 下的所有 .dll 文件复制粘贴到 C:\Windows\System32 和 C:\Windows\SysWOW64 目录下(相同的替换即可)。
(12)在“高级系统设置”的“系统变量”的path中添加Build文件夹的地址,如图所示。
至此,ITK安装结束!
(7)RTK安装
RTK的安装需要在ITK安装之后进行。
(1)同ITK安装方式一致,先对下载好的RTK压缩包解压,然后在合适的位置建立后续需要的文件夹。
(2)打开CMake,路径地址参考图中(图中没有将“Where to build the binaries”的地址放到D:\ITK_RTK\Build中,建议还是放D:\ITK_RTK\Build中),然后点击“configure”进行编译。
(3)如果报错提示“Could not find a package configuration file provided by “ITK” (requestedversion 4.2.0) with any of the following names:”则将下图白色框中的路径地址修改为Build所在的地址,如果没报错,则忽略此步,继续编译直到红色消失。
(4)编译完成后点击 “Generate” 生成,此时会有警告:CMake
Warning (dev) in src/CMakeLists.txt:
Policy CMP0104 is not set: CMAKE_CUDA_ARCHITECTURES now detected for NVCC,
empty CUDA_ARCHITECTURES not allowed. Run "cmake --help-policy CMP0104"
for policy details. Use the cmake_policy command to set the policy and
suppress this warning.
CMP0104警告,目前没找到解决方法,但是貌似不影响后续步骤,有知道解决方法的大佬还请指教
(5)点击 “Open Project” 按钮,CMake自动打开VS2019,依然像先前ITK那样生成 “ALL_BUILD” 。
(6)生成结束后,显示成功个数。
(7)此时,可以选择一个项目进行测试;
例如测试 rtkfdkCudatest ,选中项目名,右键选择 “设为启动项目” ,然后点击 “本地Windows调试器” 。
(8)测试结果如下。
至此,RTK安装配置全部结束。
注意事项
为避免一些未知报错,以下注意事项是在安装配置过程中的一些经验,读者在安装过程中应尽可能遵守。
(1)安装前退出杀毒软件,杀软可能会误报阻止某些任务导致配置错误
(2)安装过程中提示重启的要重启
(3)保证网络绝对畅通
(4)CMake编译输入地址时,避免复制粘贴,放置出现空格其他字符干扰CMake识别路径,可以使用路径框后边的按钮打开文件选择框进行选择路径地址。
(5)CUDA的安装配置不正确会导致后续一系列的错误,所以保证CUDA的正确配置。
(6)VS2019安装时要勾选“使用C++的桌面开发”选项
(7)配置过程中可能会报找不到lib或dll的错误,可能是文件存放的位置不对或者确实缺少,可以搜索本地文件或者从网上下载,然后放到合适的地方。
(8)文件地址中尽量不要出现中文名,在自己安装过程中文件地址不需要必须与上述教程保持一致。