neo4j导入protege的owl文件

本文主要讨论，neo4j导入 rdf/xml文件 和 rdf文件 的区别

注：1. owl文件用的是protege导出的

       2.参考某乎：:如何将owl/RDF文件导入neo4j

       3.本文主要对比两种导入方式的不同之处

一.前言

    Protégé软件是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java语言开发的本体编辑和知识获取软件，或者说是本体开发工具
    Neo4j是一个高性能的图形数据库，也可以被看作是一个高性能的图引擎
    protege里的本体也能以图的形式表现，希望将protege的本体在neo4j里展示

二. protege导出owl文件

    参考的某乎相关教程，neo4j的导入命令中的owl文件格式为 ‘RDF/XML’，此处姑且直接导出该类型文件（其他类型文件未测试）

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踏踏的creature.owl文件：
（如果需要，可以直接用我这个~
链接：https://pan.baidu.com/s/1XkG3GE4RwoMCWwo8qy1u1w
提取码：mgb2）
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三. neo4j导入owl文件

3.1 下载相关jar包，用于neo4j使用owl文件

1.下载扩展neosemantics jar包，将jar复制到neo4j/plugins目录下
    注：neosemantics jar包必须与Neo4J版本相匹配！
    github链接-选择版本
2.修改配置文件:
    在neo4j/neo4j.conf文件中添加以下内容：
    dbms.unmanaged_extension_classes=semantics.extension=/rdf
3.重新启动 neo4j
4.访问web端neo4j并登录，查看列表中是否包含可扩展的rdf、owl
    在查询语句输入栏输入语句：call dbms.procedures()
（下图仅供参考—踏踏也不确定哪个是最主要的，反正塔塔 stop后start，就出来了一堆semantics开头的东东。。。）

3.2 两种导入方法对比

3.2.1 方法一：直接导入owl文件（不可取！）

(此owl文件是protege导出的RDF/XML格式的owl文件）

①导入：neo4j输入命令：

CALL semantics.liteOntoImport('file:///C:/Users/user/Desktop/creature.owl', 'RDF/XML')  

(中文的owl本体文件也可以哦~）

  结果：只成功加载了19个元素

②查询所有节点：

match(n) return n

（双击可查看折叠的关系链~）
由图可知，直接导入protege的RDF/XML格式的文件不可取—>无实例

3.2.1 方法二：将owl文件通过jar包转换成rdf文件，再导入

①转换：
  1>owl文件还是上述creature.owl文件（protege导出的）
  2>jar包：rdf2rdf-1.0.1-2.3.1.jar下载

若链接失效，可以从网盘下载，提取码：njhc

  3>将jar包与owl文件放在同一目录下
  4> 进入owl文件所在目录，进入cmd,输入并执行命令：

java -jar rdf2rdf-1.0.1-2.3.1.jar creature.owl creature.turtle

②导入neo4j:
(此处，踏踏先将neo4j stop了，把自己的第二个图数据库(E:\neo4j-community-3.5.26\data\databases 下可以自己添加图数据库哦，具体请百度 ）删了，重新启动的neo4j)

在neo4j里先输入：

CREATE INDEX ON:Resource(uri)

再输入：

CALL semantics.importRDF('file:///C:/Users/user/Desktop/creature.turtle', 'RDF/XML',{})

导入成功：
③neo4j中具体内容：
查询所有节点：

match(n) return n

由图可知，导入结果依然不理想，虽然能将实例导入，但是原owl文件的实例与所属类的关系不存在了，实例的属性信息不存在，会多出几个不被需要的节点

3.3 对比小结

    综上，还是第二种方法更可靠一些，但也并不完美，还需人工操作neo4j以达到预期图库
    掌握了规律会使工作更流畅哦~
    如有更好更完美的导入方式，欢迎评论哦~ 踏踏不胜感激~

四. 本次使用的cypher语句（菜鸟使用neo4j）

①清空所有数据

MATCH (n)
OPTIONAL MATCH (n)-[r]-()
DELETE n,r

②查询整个图形数据库

 match(n) return n

③导入owl文件
方法一：

CALL semantics.liteOntoImport('file:///C:/Users/user/Desktop/creature.owl', 'RDF/XML')  

方法二：

CREATE INDEX ON:Resource(uri)

CALL semantics.importRDF('file:///C:/Users/user/Desktop/creature.turtle', 'RDF/XML',{})