brianyjh-Linux学习日记02

今日的工作：

• 完成R语言部分的对接
• 使用R包’rsubread’将对比对后的reads数据比对到具体基因上
• 完成差异表达量的计算，构建矩阵（perl）

遇到的问题

还是共享包的问题

昨天在准备使用samtools的时候，遇到了共享库未成功安装/检索连接的问题，今天准备用R的时候也还是遇到了——libreadline这个共享库未成功检索到的难题。
我按照昨天的教程重新安装了’libreadline’，结果问题并没有解决，于是想到可能是我安装的是更新的版本，需要像昨天一样做一个连接。
但是我翻遍了lib或者lib*都没有找到libreadline的目录。
于是只能用’whereis’或者’which’，一开始用的是which发现它能搜的范围其实很小，所以没搜到，最后用whereis搜到，于是切到了libreadline目录，进行了连接。

whereis libreadline
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so
cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so
sudo ln -s libreadline.so.7.0 libreadline.so.6

R包的安装：

R包的安装有两种，一个是CRAN，另一个是Bioconductor
CRAN — `install.packages(‘ggplot’)
Bioconductor— BiocManager::install(‘edgeR’)