brianyjh-Linux学习日记01

今日的工作：

完成24个转录组数据的比对（到参考基因组）
1.处理参考基因组，黑盒模型——hisat2
2.hisat2比对出sam
3.samtools 转sam为bam
4.生成bam index方便后续IGV软件操作

熟悉：htop，hisat

问题：

samtools: error while loading shared libraries: libncurses.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
原因是没有安装 依赖库：libncurses
按照网络教程来安装：

 sudo apt-get install lib32ncurses5

结果报错：

E: The package mega-cc needs to be reinstalled, but I can't find an archive for it

一查说是这个mega-cc软件包安装出错，所以需要删除

cp /var/lib/dpkg/status status.bkp
chmod 777 /var/lib/dpkg/status

于是恢复

随后运行程序还是报错

error while loading shared libraries: libncurses.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

瞥一眼看到 var/lib32里面其实是安装了更新的版本的libncursesw.so.6.1
于是连接

sudo ln -s /usr/lib32/libncursesw.so.6.1 /usr/lib/libncurses.so.5

后面发现还是没用
一查发现对于不同的发行版，libncurses的安装是不一样的
于是查了下Debian的libncurses安装方法：

sudo apt-get install libncurses5

于是安装成功