医学图像分析工具05：ANTs || 影像分割与模板构建 影像配准

ANTs（Advanced Normalization Tools）是一款强大的开源工具包，专注于高精度的医学影像处理和配准（registration）。作为神经影像学领域的重要工具，ANTs 被广泛应用于脑影像、肿瘤学以及多模态影像研究中，尤其是当高精度和灵活性至关重要时。

本教程将为你详细介绍 ANTs 的功能、安装方法，以及如何使用它进行医学影像处理和配准。

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ANTs 是什么？为什么值得学习？

ANTs 是由宾夕法尼亚大学开发的一款开源影像处理工具，广泛用于处理和分析 MRI、CT 等三维医学影像数据。它以其高精度、灵活性和可扩展性而著称，被多个顶级医学和神经科学研究机构所采用。

官网与资源：

• 官网：https://antsx.github.io/ANTs/
• 文档：ANTs 官方文档
• GitHub：ANTs GitHub 仓库

ANTs 的亮点：

• 强大的影像配准能力：支持线性和非线性配准，提供高精度的图像对齐。
• 多模态影像支持：适用于 T1、T2、DWI、CT 等不同模态影像的处理。
• 功能全面：涵盖影像配准、分割、模板构建以及形态学分析。
• 开源免费：灵活扩展，与其他工具（如 FSL、FreeSurfer）无缝协作。

应用场景：

• 脑部模板配准
• 跨模态影像对齐（如 CT 与 MRI 的配准）
• 病变分割与量化分析
• 大样本组学数据处理

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ANTs 的功能和应用场景

ANTs 提供了一整套影像处理工具，以下是其主要功能及实际应用场景：

1. 医学影像配准

• 线性配准（Linear Registration）：使用刚体或仿射变换对影像进行配准。
• 非线性配准（Non-linear Registration）：通过非线性算法实现高精度影像对齐。
• 多模态配准：将不同模态（如 T1 与 T2）的影像对齐，用于联合分析。

2. 模板构建

ANTs 支持构建自定义的影像模板，可用于群体分析和标准化处理。模板构建适用于大规模影像数据的研究。

3. 图像分割

ANTs 提供基于概率模型和分区算法的分割工具，可用于提取脑组织（灰质、白质、脑脊液）或特定解剖结构。

4. 形态学分析

ANTs 支持计算形变场（Deformation Field），用于研究大脑形态学变化和解剖学特征。

5. 高级统计分析

结合 ANTsR（ANTs 的 R 接口），用户可以进行基于形态学和配准结果的统计学分析。

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如何安装 ANTs？

1. 使用 ANTs 的预编译版本

访问 ANTs GitHub Release 页面，下载适合您的操作系统的预编译二进制文件。

安装步骤：

1. 下载文件并解压到本地目录。

2. 添加 ANTs 二进制文件到环境变量（以 Linux 为例）：

   export PATH=/path/to/ants/bin:$PATH
   

3. 测试安装是否成功：

   antsRegistration --version
   

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2. 从源码编译 ANTs

如果需要自定义或最新的开发版本，可以从源码编译：

安装步骤：

1. 克隆 GitHub 仓库：

   git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
   cd ANTs
   

2. 使用 CMake 编译：

   mkdir build && cd build
   cmake ..
   make -j4
   

3. 编译完成后，将 build/bin 添加到环境变量。

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3. ANTsR 或 ANTsPy

也可以基于R或者Python安装其对应的接口：

• ANTsR ：适用于 R 环境的 ANTs 接口。安装方法：

  install.packages("ANTsR")
  

• ANTsPy ：适用于 Python 环境的 ANTs 接口。安装方法：

  pip install antspyx
  

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ANTs 的典型使用流程

以下是使用 ANTs 进行影像处理的常见工作流程：

1. 图像配准

刚体配准（Rigid Registration）

用于对齐两个图像的空间位置。

antsRegistration --dimensionality 3 \
                 --float 0 \
                 --output [output_prefix_,output_prefix_Warped.nii.gz] \
                 --interpolation Linear \
                 --winsorize-image-intensities [0.005,0.995] \
                 --use-histogram-matching 0 \
                 --initial-moving-transform [fixed.nii.gz,moving.nii.gz,1] \
                 --transform Rigid[0.1] \
                 --metric MI[fixed.nii.gz,moving.nii.gz,1,32,Regular,0.25] \
                 --convergence [1000x500x250x100,1e-6,10] \
                 --shrink-factors 8x4x2x1 \
                 --smoothing-sigmas 3x2x1x0vox

仿射配准（Affine Registration）

在刚体配准的基础上，加入尺度和旋转变换：

--transform Affine[0.1]

非线性配准

非线性配准提供最高精度，用于复杂形变对齐：

--transform SyN[0.1,3,0]

2. 模板构建

使用多个个体的影像生成群体模板：

antsMultivariateTemplateConstruction2.sh \
  -d 3 \
  -o template_output_prefix \
  -i 4 \
  -g 0.25 \
  -c 2 \
  subject1.nii.gz subject2.nii.gz subject3.nii.gz

3. 图像分割

分割灰质、白质和脑脊液：

Atropos -d 3 \
        -a input_image.nii.gz \
        -x brain_mask.nii.gz \
        -o [segmented_output_,segmented_probability_%02d.nii.gz] \
        -i kmeans[3] \
        -c [5,0.0001] \
        -m [0.1,1x1x1]

4. 形态学分析

计算影像之间的形变场：

antsApplyTransforms -d 3 \
                    -i moving_image.nii.gz \
                    -r fixed_image.nii.gz \
                    -o output_image.nii.gz \
                    -t [AffineTransform.mat,1] \
                    -t NonlinearTransform.nii.gz