linux中R4.2.0安装immunarch包

一、包的简介

immunarch包是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包，主要任务进行免疫测序数据分析工作。

二、包安装过程中存在的问题

Matrix包的安装报错：需要进行更新，但是直接安装R语言的版本不支持安装

因此，我们需要先移除Matrix包，利用remove.packages('Matrix')函数处理。之后，我们通过网站Index of /src/contrib/Archive/Matrix下载Matrix_1.6-0.tar.gz包，并上传到服务器上，在R4.2.0中利用install.packages('路径/Matrix_1.6-0.tar.gz'，dependencies=TRUE)命令进行安装。注意：路径要填写上传服务器的路径。例如：

还有以下包需要安装：

值得注意的是，直接安装nloptr包会导致CMake报错，需要大于3.2以上。本作者使用的cmake版本是2.8.12.2，可利用命令cmake --version在服务器终端查询。为了避免后续再装其他R包时CMake版本过高，本文再安装的时候采用降低R语言相关的包的版本去实现，并规避错误。

install.packages('/home2/zhangnan/nloptr_1.2.2.2.tar.gz',dependencies=TRUE)，安装成功之后，再安装immunarch包。

三、immunarch包的安装

install.packages('immunarch')可成功安装，成功结果如下：
相关下载的包可进行提供：

链接：https://pan.baidu.com/s/186zjqzlZ2nAgfQDV1wuwEg?pwd=zswd 
提取码：zswd