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RSS订阅原创 【ggplot2--y轴自定义比例缩放】
按照scale_y_continuous()的trans参数的官方介绍，它是一个transformation object，需要一个transform，一个inverse，还有一个方法来产生breaks and labels.做一个log10的图像，由于上述代码需要保证trans函数的计算结果也要和x相同符号，用了一个简单的方法就是把log10(x)小于0的部分砍掉，而代码中的。乍一看，转换效果应该还挺明显的吧。但是仔细考虑一下，其实，左下角的那部分被砍掉的，其实更能将0附近的小数部分区分地更加明显。
2024-01-09 15:30:04
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原创 计算共表达蛋白编码基因
题目回顾计算与差异表达lncRNA共表达的蛋白编码基因（同时用斯皮尔曼相关及皮尔森相关），比较两种方法得到的显著共表达蛋白编码基因列表的差异。在计算共表达蛋白编码基因之前，我们已经得到了差异表达的lncRNA和蛋白编码基因，并且已经区分了上调基因和下调基因。##---读入文件---##setwd("D:/QQ/1903786521/FileRecv")pro.count <- read.table("pro_counts.txt",header = TRUE,row.names = 1,st
2021-10-01 08:25:38
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原创 识别差异表达蛋白编码基因
识别差异表达蛋白编码基因题目回顾1.识别差异表达蛋白编码基因2.绘制火山图3.绘制热图题目回顾1.利用T检验结合FC的方法识别差异表达蛋白编码基因及lncRNA（ESC与CM之间的差异）注：考虑数据的预处理（例如 删除全部样本低表达基因，log转化）。（结果文件，基因ID ESC均值 CM均值 FC P值 FDR值）2.绘制差异表达蛋白编码基因及lncRNA火山图（ggplot2）3.利用差异表达mRNA的表达谱进行聚类分析（pheatmap）1.识别差异表达蛋白编码基因利用T检验结合F
2021-09-18 22:31:22
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原创 DESeq2包的安装
DESeq2包的安装心路历程1.缺少RTools1.1RTools下载1.2RTools40环境配置1.2.1创建一个Renviron文件：1.2.2然后在文件里面写：1.2.3保存Renviron，关闭RStudio重新打开1.2.4输入下方语句，检查是否配置成功2.使用BiocManager2.1安装BiocManager2.2操作超时2.3无网络连接？3.其他包的安装3.1包下载3.2包安装如果有幸被哪位大神看到并且被发现了**错误**，==欢迎指出==~心路历程直接install呀，刚刚装好了p
2021-03-20 22:14:54
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空空如也
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