DESeq2包的安装
心路历程
出错好多好多次,自以为把能踩的坑踩完了。
一开始,天真的我:直接install呀,刚刚装好了pheatmap,不过如此嘛~
install.packages("DESeq2")
然后发现出错了
0.关于R的版本
最好是4.0.4,更新R之前有过失败经历,但不确定这是否是必须步骤。
提供一种简便更新方式:
打开R(不是RStudio)
install.packages("installr")
#然后选择镜像
library(installr)
updateR()
后面就正常安装,一般不会有啥问题。
1.缺少RTools
报错信息:
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
解决方式:
1.1RTools下载
来这里,找到适合自己电脑的版本下载安装。
这里注意安装时需要找到一个路径“…R/win-library/4.0”
具体的路径因人而异,可以在warning最后一行找到。
如果这就顺利安装可以正常使用了,那是自然时极好的,但有些事情它就是不会顺心如意呀 ( ̄▽ ̄)"
1.2RTools40环境配置
好多关于环境变量设置的文章都会提到一个“…Rtools/bin”的路径,但是这个只适用于之前的版本,当你打开文件夹,会发现Rtools40下并没有一个叫“bin”的文件夹。
解决方法:
1.2.1创建一个Renviron文件:
file.edit('~/.Renviron')
1.2.2然后在文件里面写:
PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"
1.2.3保存Renviron,关闭RStudio重新打开
1.2.4输入下方语句,检查是否配置成功
Sys.which("make")
若出现类似
make
“C:\Users\22793\DOCUME~1\R\win-library\4.0\rtools40\usr\bin\make.exe”
这种,说明配置成功。
参考RTools40的环境配置,rtool40安装
完成之后,如果不可以直接install安装,请继续阅读。
2.使用BiocManager
rtools没什么问题了,但是DESeq2还是不能安装
报错信息:
Warning in install.packages :
package ‘DESeq2’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
解决方式:
2.1安装BiocManager
先安装BiocManager,然后用这个安装DESeq2
话说这个BiocManager似乎真挺有用的,好几个包都可以通过这个安装
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")
2.2操作超时
若出现操作超时的错误提示,再试一次,它真的因网速或者其他偶然因素而超时的概率还是蛮大的。
完成DESeq2安装之后可以library一下,如果成功了就可以了,如果没有成功,请继续阅读。
2.3无网络连接?
报错信息:
Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
关掉RStudio,重开一次试试(不明原因,但这么干之后解决了)
2.4 a/s/n?
安装过程中可能出现一道三个选项的选择题,我个人是选择了a(all)。
3.其他包的安装
大体意思就是,你要用DESeq2,但是你得先安装好其他的一些包,一般情况下RStudio会自动把这些包安装好,但是这些包没能正确安装,此时就需要你亲自动手了。
报错信息:
Warning messages:
1: In install.packages(…) :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(…) :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
3.1包下载
默认安装的RCurl和XML是最新版的,可能会有些…问题,我们可以用稳定版的,手动安装。
RCurl包的下载:
XML包的下载:
3.2包安装
下载之后记住保存在哪里了,为方便的话可以直接打开文件夹,复制下路径
然后用RStudio手动安装
从菜单栏的tools中找install.Packages…
install from: 选Package Archive File
Browse这栏填路径,就是刚刚复制的路径,也可以从文件夹中一层一层地找。
然后install就好啦~
这俩包安装完之后library一下
然后DESeq2就没有什么问题了。
写在最后
感谢 阿绫 贡献自己的电脑,让我有机会把自己的坎坷经历重演一遍,由此更详细地记录下自己的心路历程。
感谢 某学委 提供RCurl和XML的安装包get方式。
如果有幸被哪位大神看到并且被发现了错误,欢迎指出~