windows10下搭建ClearMap环境

windows10下搭建ClearMap环境

一、.ClearMap简介
ClearMap是一个工具箱，用于分析和记录已清除组织中的体积数据。
https://github.com/ChristophKirst/ClearMap2
二、安装

1.git clone clearmap到所建目录
在D盘新建目录ClearMap,采用ubuntu终端git clone文件到ClearMap目录下；

git clone https://github.com/ChristophKirst/ClearMap2.git

此时，D:\ClearMap\ClearMap。
2.用clearmap.yml文件创建ClearMap conda enviroment

• ClearMap.yml文件下载链接：
  https://christophkirst.github.io/ClearMap2Documentation/html/_downloads/485bb8f940eaf729611aabd5944a1d83/ClearMap.yml
  将下载文件保存到D盘下，即D:\ClearMap.yml.
• 在cmd终端执行以下命令创建ClearMap环境：

conda env create -f ClearMap.yml

如果提示不能识别“conda”,则需要conda，参考：
https://www.jianshu.com/p/920a6e18cfd6
安装成功后即可执行上述code，运行后出现failed错误：

Collecting package metadata:failed
Solving environment:failed
Resolve Package Not Found:-graph-tool

（1）解决方法：将D:\miniconda\Library/bin下面的所有文件复制到D:\miniconda\DLLs目录下，显示：

Collecting package metadata:done

第一个failed成功解决。
（2）解决方法：根据提示，将ClearMap.xml文件中的-graph-tool注释掉，运行OK,显示：

Solving environment:done
激活环境：comda activate clearmap
停用环境：conda deactivate

**conda常用命令：

conda --version  #查看conda版本号
conda info--envs  #检测安装的环境变量
conda activate ccolearmap  #进入环境clearmap
conda deactivate  #退出环境
conda list  #列出clearmap中的包

3.在python控制台运行
建议在spyder的控制台运行：

import ClearMap

在cmd 终端执行以下代码打开spyder(Clearmap):

activate ClearMap #进入 ClearMap环境
(ClearMap) C:\Users\xxshi>spyder
qt.qpa.plugin: Could not find the Qt platform plugin "windows" in ""
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.


(ClearMap) C:\Users\xxshi>

出现QT相关错误，即 pyqt5与spyder版本不兼容，采用pip3 list查看版本，pyqt5版本为5.12.3，执行

pip uninstall pyqt5
pip install pyqt5==5.10.1

可以正常打开spyder

(ClearMap) C:\Users\xxshi>spyder

可以看到窗口右下角显示conda:ClearMap,即spyder采用ClearMap环境。

参考：
https://christophkirst.github.io/ClearMap2Documentation/html/installation.html
http://christophkirst.github.io/ClearMap/build/html/api/ClearMap.IO.html
https://www.cnblogs.com/Zhouzg-2018/p/9621149.html
IO工具箱例子测试：
http://christophkirst.github.io/ClearMap/build/html/api/ClearMap.IO.html