Linux R python基础操作命令

Linux基础操作命令

Linux ubuntu 对某个用户 开 某个文件夹 写权限

setfacl -m u:username:rwx myfolder

Linux ubuntu 对某个用户 开 某个文件夹 写权限，递归开放下面所有的子文件

setfacl -R -m u:username:rwx myfolder

不挂断执行.sh文件

nohup sh xxx.sh &>out.log &

运行sh文件（sh不行就尝试用bash）

sh/bash xxx.sh

通过查找用户名或者pid，看到当前服务器下的各种信息
user pid %cpu %mem……

ps -aux | grep username
ps aux | grep [your_PID]

统计总的文件夹大小，排序

du -s * | sort -nr

统计当前路径下文件夹大小，max-depth定义搜索的文件夹的深度 ；

du -h --max-depth=2 ./

rm 删除文件

rm -i text.txt #参数 i 的含义：在删除前让你确认是否删除，不加参数i就会直接删除。
rm -r ven # -r是因为 ven是个文件夹

Linux统计文件夹下的文件数目

ls -l | grep “^-” | wc -l

ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注意这里的文件是指目录、链接、设备文件等)，每一行对应一个文件或目录，ls
-lR是列出所有文件，包括子目录。

grep “^-” 过滤ls的输出信息，只保留一般文件，只保留目录是grep “^d”。

wc -l 统计输出信息的行数，统计结果就是输出信息的行数，一行信息对应一个文件，所以就是文件的个数。

显示NVIDIA当前GPU使用情况

nvidia-smi

周期性输出GPU使用情况，如我们设置为每 10s 显示一次显存的情况：

watch -n 10 nvidia-smi

查询版本及系统和库等信息

SessionInfo()

查看服务

htop
top

不挂断运行命令，支持后台运行，关闭终端后，程序也会继续运行

nohup
nohup ls >ls.log 2>&1 #标准输出重定向到ls.log,而错误又重定向到标准输出

查看已安装的环境

conda env list

linux 打开文件

vi 文件名

按ESC键，跳到命令模式，然后进行保存退出或不保存退出操作：

不保存，并退出vi — :q
不保存，并强制退出vi—:q!
保存，并退出vi—:wq

下载文件到当前路径

wget 链接

返回home目录

cd或cd ~

清空当前命令行输入快捷键：

ctrl + u

history命令，记录/查找执行过的命令

history
history n # n为数字，列出最近的n条命令
history | grep de #查找命令中带有"de"的执行过的命令

查看端口是否被占用

lsof -i:port
lsof -i:8888 # 查看8888端口是否被占用

conda search xxx
conda list | grep xxx

docker

查看docker

docker ps -a

从本地将文件上传到docker

1、可以将本地文件通过xshell的xftp上传到宿主机
2、宿主机和docker之前文件copy

2.1从宿主机复制内容到容器：

docker cp host_path containerID:container_path

例子：docker cp /home/user/master.zip ad673741:/home/docker-user/master
/home/user/master.zip:是上传到服务器的路径下的文件,containerID可通过docker ps -a 查看

在docker里安装上传到docker的R包，本地安装

devtools::install_local("/home/user/master.zip")

master.zip 是从GitHub上下载的R包来进行本地安装

R

查看当前R语言环境的路径

.libPaths()

查看已安装的包：

installed.packages()[,c(‘Package’,’Version’,’LibPath’)]

加载R包并查询版本及系统和库等信息

library(packages)
sessionInfo

在R命令中查看当前路径

getwd()

查看路径下的文件

 list.files()
 list.files("./")  
list.files("../")  

查看路径下的所有路径和文件

list.dirs()

读取csv文件，并查看文件的列名等

test <- read.csv("sites.csv")
colnames(test) #获取列名
print(nrow(label))
print(ncol(test)

R不同包相同函数名问题（屏蔽警告，使用不同包下相同函数名解决方案）

suppressPackageStartupMessages(library(packages))

timeout for utils::download.file() in R 的解决方案

getOption('timeout')
options(timeout=100)

jupyter lab中的python命令

在 jupyter lab的cell中也能输入命令
！命令行交互
查看当前python路径

方法一：
! which python
方法二：
import sys
sys.executable

当前ipynb路径下有什么文件

! ls

python 用pip+清华源，比conda快

查看当前python文件路径下有什么文件

import os
os.listdir('./')