R 安装 Seurat的一些坑

安装SeuratDisk需要Seurat,curl等依赖包
成功安装SeuratDisk的环境:r 4.0.3,python 3.7.11
之前 r3.6.1安装失败,因为Seurat相关依赖包irlba安装失败R (≥ 3.6.2)

  1. 最好先新建环境来安装
  2. 先安装hdf5,conda install -c anaconda hdf5
  3. 再安装Seurat相关依赖包‘irlba’, ‘SDMTools’, ‘plotly’, ‘Hmisc’, ‘metap’
conda install -c anaconda hdf5
install.packages('Seurat') # 失败
install.packages("stringi")
conda install -c conda-forge curl
install.packages('stringr')
install.packages('reshape2')
conda install -c anaconda libcurl
conda install -c conda-forge r-curl
install.packages("Seurat") # 失败
install.packages("SeuratObject")
install.packages('ploty')
install.packages('Seurat')
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")
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