构建GoMartini的方法

1. /home/user/miniconda3/bin/martinize2 -f 1u2g.pdb -x 1u2g-CG.pdb -o 1u2g-CG.top -ignh -p backbone -ff martini3001 -scfix -cys 0.4 -dssp /home/user/miniconda3/bin/mkdssp -govs-include -govs-moltype 1u2g

2. python create_goVirt.py -s 1u2g-CG.pdb -f 1u2g.map --moltype 1u2g --go_eps 12.0 --Natoms 2453，（一个简便方法查看Natoms数目是，打开命令1生成的1u2g-CG.pdb文件，排除CA类型原子就是）

3. sed -i “s/[ nonbond_params ]/#ifdef GO_VIRT\n#include “BB-part-def_VirtGoSites.itp”\n#endif\n\n[ nonbond_params ]/” martini_v3.0.0.itp，该命令要在包含martini_v3.0.0.itp的文件夹下执行

4. echo -e “\n#ifdef GO_VIRT \n#include “go-table_VirtGoSites.itp”\n#endif” >> martini_v3.0.0.itp，同3在同一个文件夹下执行
   注意要把下面4个文件一并放入和martini_v3.0.0.itp同一文件夹下
   go-table_VirtGoSite.itp、BB-part-def_VirtGoSite.itp、1u2g_go-table_VirtGoSite.itp、1u2g_BB-part-def_VirtGoSite.itp