蛋白质结构补全

最新推荐文章于 2024-07-23 13:00:00 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46102564/article/details/136207177
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本文介绍了如何通过ChimeraX和Modeller工具处理PDB库中缺失氨基酸的蛋白质三维结构，详细步骤包括导入文件、设置模型生成选项并输入Modeller许可证key，以便于进一步研究蛋白质的功能。
摘要由CSDN通过智能技术生成

利用分子力学等方法研究蛋白质的结构和功能首先需要一个解析度较高的蛋白质三维晶体结构，研究人员往往从PDB库中搜索下载，但是由于蛋白质本身性质的原因，下载的目标文件往往缺少一些氨基酸结构，为了更好的探究蛋白质的性质，就需要利用一些工具手动补全蛋白质的结构，这里提供使用ChimeraX和Modeller进行补全的方法。

  1. 打开Chimera软件，软件见面如下图所示。
    在这里插入图片Chimera界面描述
  2. 然后导入缺失结构的目标PDB文件
  3. 选择Tools 选择Tools
  4. 选择Sequence > Model Loops
    在这里插入图片描述
  5. 在弹出的界面中，Number of models 选择 3（可以继续增加）；Model更具缺失位置进行选择，本例选择“internal missing structure"；Adjacent flexible residues 选择 1；最后要输入Modeller liscense key，这是最重要的一项，（如果没有该key，可以网络搜索注册），再选完之后，点击OK，进行计算在这里插入图片描述
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