蛋白质突变零样本预测以及稳定性预测工具SPIRED的安装

1、前言

        第一次安装了两天终于解决，结果用完了直接删掉了。结果最近又需要，用了一下午重新摸清楚了，又走了一些弯路。因此需要记录下来便于各位少走弯路。

       该工具是发表在nature communication中的，2024年发表，Chen, Y., et al., An end-to-end framework for the prediction of protein structure and fitness from single sequence. Nature Communications, 2024. 15(1)

2、安装

        这个软件还可以用于结构预测，但是这个功能我不想用因此安装变得简单地太多了。不过也有一些细节。需要注意。不然还需要鼓捣很多天。

1、首先把软件报给下载下来，要是git失败的话，进入网址，下载SPIRED-Fitness的zip文件，再解压缩即可。解压缩的文件名要改成SPIRED-Fitness(不改也行，不改就是SPIRED-Fitness-main了)

git clone https://github.com/Gonglab-THU/SPIRED-Fitness.git
cd SPIRED-Fitness
 

2.创建环境这个没得说 

conda create -n spired_fitness python=3.11
conda activate spired_fitness
 

3.安装包，注意，这里的conda install跟github上的不同，我做了修改！，github上的cpuonly版本的pytorch居然有问题奇怪

# 推荐 conda 安装
conda install pytorch torchvision torchaudio -c pytorch
pip install click==8.1.7
pip install einops==0.7.0
pip install pandas==2.1.4
pip install biopython==1.82
 

4、几乎结束了，下面要开始使用了

使用方式，进入SPIRED-Fitness的目录直接用就行。

但注意我的安装过于简单了，导致其中一个模块没有安装，所以该命令：
bash run_spired.sh -i example_spired/test.fasta -o example_spired
是执行不了的，这个是结构预测的我没安装

# run SPIRED
bash run_spired.sh -i example_spired/test.fasta -o example_spired

# run SPIRED-Fitness
bash run_spired_fitness.sh -i example_fitness/test.fasta -o example_fitness

# run SPIRED-Stab
bash run_spired_stab.sh -i example_stab/test.fasta -o example_stab

5、补充安装之一

如果执行老多SPIRED-Fitness就会发现，首先会自动安装一个东西，之后就开始报错了，原因是——————SPIRED的模型权重没有安装

需要进入An end-to-end framework for the prediction of protein structure and fitness from single sequencehttps://zenodo.org/records/12560926

        这个网站，把model文件夹下载下来

，放到当前文件夹中的model文件夹中，并且解压

6 补充安装之二

再次运行，SPIRED-Fitness仍旧会有报错，这个原因我找了很久！原因是这个github根本就没有提————我们还需要下载ESM蛋白质语言模型的权重！这个是最坑的。因为这个github上根本没说。

运行过一会儿后，他会下一些文件，但是后来会卡住，因为权重文件太大了，有40GB左右！

需要在~/.cache/torch/hub/下新建一个文件夹checkpoints，然后在里面安装如下的权重：
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm2_t33_650M_UR50D.pt         # 650M参数（最常用）
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm2_t36_3B_UR50D.pt          # 3B参数（更高精度）

wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm1v_t33_650M_UR90S_1.pt      # 5个ensemble模型中的第1个
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm1v_t33_650M_UR90S_2.pt
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm1v_t33_650M_UR90S_3.pt
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm1v_t33_650M_UR90S_4.pt
wget https://dl.fbaipublicfiles.com/fair-esm/models/esm1v_t33_650M_UR90S_5.pt      # 需全部下载用于ensemble

一共是这么多！！！！

等全部下载完成之后，就可以正常运行了。

温馨提示！：使用wget的下载速度超快，不需要上VPN的。