酶动力学参数预测工具Catapro的安装与使用-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46207310/article/details/148151097

1、前言

方便自己，帮助他人。

该文章发表在Nature Communication中；该软件输入酶以及其底物即可预测动力学参数。

2、安装方法（操作系统为Linux,需要英伟达独显）

首先，将该软件下载到本地

git clone https://github.com/zchwang/CataPro.git

如果失败进入该github链接，下载ZIP文件，并且解压

创建并且激活环境

conda create -n catapro python=3.10
conda activate catapro

安装PyTorch（需匹配CUDA版本）
conda install pytorch==2.2.2 torchvision==0.17.2 torchaudio==2.2.2 pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia
安装其他基础包
conda install -c conda-forge rdkit -y
pip install transformers pandas "numpy<2" sentencepiece

最近需要进入Catapro的文件夹中，找到models文件夹，将这两个文件

prot_t5_xl_uniref50 and molt5-base-smiles2caption.下载下来，移动到models文件夹里即可。

温馨提示：有些文件是不需要下载的如prot_t5_xl_uniref50中，只要下载下面图中画勾的就行。pytorch_model_600k.bin,pytorch_model_723k.bin不需要下载，这是过程文件。

3、使用方法

准备这样的csv文件

直接进入Catapro的inference文件夹中运行下方的

    python predict.py \
            -inp_fpath samples/sample_inp.csv \
            -model_dpath models \
            -batch_size 64 \
            -device cuda:0 \
            -out_fpath catapro_prediction.csv

即可成功执行，输出的为catapro_prediction.csv

这个结果是不同酶的动力学参数。