新手小吴学习笔记day6

安装和加载R包

安装加载三部曲

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

dplyr五个基础函数

示例：test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

1.mutate(),新增列

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选

(1)按列号筛选
select(test,1)
(2)按列名筛选
select(test, Petal.Length, Petal.Width)

3.filter()筛选行

filter(test, Species == “setosa”)
filter(test, Species %in% c(“setosa”,“versicolor”))

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise()：汇总

对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

dplyr两个实用技能

1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）

test %>%
group_by(Species) %>%
summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

2：count统计某列的unique值
count(test,Species)

dplyr处理关系数据

test1 <- data.frame(x = c(‘b’,‘e’,‘f’,‘x’),
z = c(“A”,“B”,“C”,‘D’))
test2 <- data.frame(x = c(‘a’,‘b’,‘c’,‘d’,‘e’,‘f’),
y = c(1,2,3,4,5,6))

1.內连inner_join,取交集

inner_join(test1, test2, by = “x”)
x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6

2.左连left_join

left_join(test1, test2, by = ‘x’)
x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6
4 x D NA
left_join(test2, test1, by = ‘x’)
x y z
1 a 1 NA
2 b 2 A
3 c 3 NA
4 d 4 NA
5 e 5 B
6 f 6 C

3.全连full_join

full_join( test1, test2, by = ‘x’)

4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

semi_join(x = test1, y = test2, by = ‘x’)
x z
1 b A
2 e B
3 f C

5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

anti_join(x = test2, y = test1, by = ‘x’)
x y
1 a 1
2 c 3
3 d 4

6.简单合并

在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数

test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))

bind_rows(test1, test2)
x y
1 1 10
2 2 20
3 3 30
4 4 40
5 5 50
6 6 60

bind_cols(test1, test3)
x y z
1 1 10 100
2 2 20 200
3 3 30 300
4 4 40 400

代码引用自生信星球学习小组教程（豆豆&花花）