- 博客(228)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 网络药理学：活用Q-Marker质量标志物和中国药典（网药成分筛选同质化现象思考、什么是Q-Marker，其和网药的关系是什么、其和QC成分/指标性成分的关系是什么、如何查询Q-Marker）
在 2021—2022 年 发表的 50 篇复方 NP 论文中，40 篇分布在消化系统、神经系统等不同疾病和相应不同方药（累计 150 余种中药）的论文，均存在仅依赖中药数据库情况、关键成分同质化的现象，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇和木樨草素等广泛分布的化合物排名常位居核心。与之形成对比的是，采用GS-MS、HPLC-Q-TOF-MS/MS等方法，通过实验结合质谱数据库、对照品比对，结合里宾斯基五规则进行物质基础鉴定，则并未出现明显“同质化”现象。
2024-10-31 14:28:29
1002
原创 网络药理学：详解TCMSP数据库（简介和功能介绍。新旧有何区别？数据体量多大，来源和局限性是什么？如何下载整个TCMSP数据库？与其他中药数据库相比？除了OB、DL还有其他推荐筛选成分的标准吗？）
旧TCMSP首页官方介绍如下，同样适用于新TCMSP：Peng Li;Jinan Wang;Wei Zhou;Bohui Li;Chao Huang;Pidong Li;Zihu Guo;Xue Xu;Yan Li;6(1):13.由以上信息，我们知道：TCMSP ，全称是Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology ，中文名是中药系统药理学数据库与分析平台。TCMSP捕捉药物、靶点和疾病之间的关系。该数据库包括。
2024-10-28 20:36:12
1425
4
原创 conda、anaconda、venv、virtualenv、virtualenvwrapper、pyenv、pyenv-win、pyenv-virtualenv、pyenv-virtualenvwr
甚至都不需要下载官方的python解释器，用以上组合就可以实现不同版本的python版本控制和包管理。前者是对于python的版本和虚拟环境的控制（创建、管理等）。后者是对于包的控制（安装、更新和管理所需的库和依赖）。（一般开发用前者就够了，需要更细粒度的控制就用后者）首先我们要区分python的环境管理器和包管理器。本身（后端开发推荐前者，机器学习等推荐后者）当然，也有结合两者的工具。
2024-10-22 17:10:25
891
原创 数据结构与算法：贪心与相关力扣题455.分发饼干、376.摆动序列、53.最大子数组和（贪心+动态规划dp）、122.买卖股票的最佳时机Ⅱ
贪心策略在实现时，经常使用到的技巧：根据某标准建立一个比较器来排序根据某标准建立一个比较器来组成堆。
2024-10-21 22:10:02
1152
原创 计网1：网络分层模型：OSI+TCP/IP、应用层/传输层/网络层有哪些常见协议、HTTP的演化、区别、如何保存用户状态（Session+Cookie被禁用）、从输入url到打开网页共应用了哪些协议？
服务端给特定的用户创建特定的 Session 之后就可以标识这个用户并且跟踪这个用户了（一般情况下，服务器会在一定时间内保存这个 Session，过了时间限制，就会销毁这个 Session）。典型的场景是购物车，当你要添加商品到购物车的时候，系统不知道是哪个用户操作的，因为 HTTP 协议是无状态的。Session 机制的存在就是为了解决这个问题，Session 的主要作用就是通过服务端记录用户的状态。最常用的就是利用 URL 重写把 Session ID 直接附加在 URL 路径的后面。
2024-10-20 19:18:46
700
原创 数据结构与算法：单调栈与相关力扣题739.每日温度、496.下一个更大元素、503.循环单调栈、84.柱状图中最大的矩形（为什么需要数组首尾或尾部加一个0）
单调栈适用于寻找左边或右边下一个比它大/小的元素。维护递增序列的话，就是求左/右下一个比它大的元素。维护递减序列的话，就是求左/右下一个比它小的元素。
2024-10-20 16:40:43
730
原创 数据结构与算法：二叉搜索树相关力扣题：108.将有序数组转换为二叉搜索树、538. 把二叉搜索树转换为累加树
说是转换为二叉搜索树，其实是平衡二叉搜索树。
2024-10-15 10:43:44
311
原创 数据结构与算法：（待更）二叉搜索树相关力扣题python题解：530.BST的最小绝对差、501BST中的众数、701.BST中的插入操作、450.删除BST的节点、669.修剪BST
效率：35ms，击败64.24%果咩……瓦塔西，懒b，不想优化了，狠狠sort就完事了hhh。
2024-10-14 17:35:14
206
原创 java并发编程JUC：三、两阶段终止模式（interrupted、isInterrupted、interrupt、park）、死锁的jconsole检测、乐观锁（版本号机制+CAS实现）+悲观锁
1、isInterrupted + catch里面 interrupt ，正常退出2、interrupted + catch里面 interrupt, 正常退出3、isInterrupted，不能正常退出4、interrupted, 不能正常退出第一和第二种情况是因为interrupt会重置打断标记。第三和第四种情况是因为interrupt打断正在睡眠的线程，会清除打断标记。所以无论这个判断方法是否清除打断标记，标记都是false。
2024-10-11 20:31:58
634
原创 数据结构与算法：二叉树相关力扣题python题解：404.左叶子之和、513.找树左下角的值、112.路经总和、106.从中序与后序遍历序列构造二叉树、654.最大二叉树、700、层序遍历构造二叉树
注意整型变量的值在python中是不可变的，所以这里用了列表效率：16ms，击败71.04%也可以不用列表，直接返回值之和。
2024-10-11 17:54:25
446
原创 数据结构与算法：二叉树相关力扣题java和python题解94、102、226.翻转二叉树、101.对称二叉树、104二叉树的最大深度、111.二叉树的最小深度、257.二叉树的所有路径
效率：0ms，击败100.00%。
2024-10-02 22:18:38
317
原创 10、集合2之Queue+Deque+PriorityQueue（阻塞队列）+ArrayQueue、Set+Hashset+LinkedHashSet+TreeSet、开发时注意事项
BlockingQueue （阻塞队列）是一个接口，继承自 Queue。BlockingQueue阻塞的原因是其支持当队列没有元素时一直阻塞，直到有元素；还支持如果队列已满，一直等到队列可以放入新元素时再放入。
2024-10-01 21:31:52
509
原创 2、Objects类（为什么重写 equals方法必须重写 hashCode方法）、无序性+随机性+不可重复性的区别
可以看到，所有的类都有equals()方法和hashCode()方法。
2024-10-01 20:43:43
272
原创 数据结构与算法：栈和队列的python（deque）实现（附有leetcode题20、1047、150逆兰波表达式、347前k个高频元素题解）
在python中用deque双向队列来表示栈或队列。或者用list来表示栈。
2024-10-01 19:28:16
422
原创 网络药理学：15、（待更）分子动力学模拟MD：水中溶菌酶的分析之RMSD+碳骨架+回旋半径+RMSF+氢键+自由能+DSSP（蛋白质二级结构）
RMSD用于评估蛋白质在模拟过程中相对于初始结构的偏差，即看各个原子在分子动力学模拟中的变化。一般RMSD值越小，那么认为整体体系越稳定。
2024-09-26 19:50:21
863
原创 网络药理学：14、分子动力学模拟MD：水中的溶菌酶（蛋白前置处理、pdb2gmx得到蛋白拓扑文件、添加盒子、溶剂化、离子化、能量最小化、NVT温度平衡、NPT压强平衡、矫正轨迹）
这是一种非常紧凑的格式，但精度有限。注意：如果你和我一样，主机是win11，用wsl2生成的一个ubuntu实例，要将ubuntu实例中的文件拷贝到主机文件夹中，再拖拽到qtgrace打开，否则是打不开的，显示初始空白界面，而且不会报错，并且会影响到后续文件的打开！你可以使用文本编辑器打开PDB文件，查找MET残基的定义（通常是以MET开头的行），并确保原子命名符合标准（如：N, CA, C, O, CB, CG等）。如果输入的PDB文件中有缺失的原子，pdb2gmx 可能会提示你处理这些缺失的原子。
2024-09-26 16:32:19
845
原创 虚拟机：3、WSL2安装Ubuntu+实现GPU直通+解决问题（ping 8.8.8.8和baidu.com失败、未镜像到 WSL）+安装12.5的cuda+主机和子系统互相访问文件
就可以看到多了一个网络连接，该适配器的名字是刚刚虚拟交换机名字。所以我们在搜索栏搜索“启动或关闭Windows功能”，勾选。说明正常安装了ubuntu且是wsl2版本（这里的。子系统就不可以被远程连接，即使是在一个局域网里。记住创建虚拟交换机的名字，在这里我命名为。如果没有出现类似如上内容，说明主机的。实例，且在主机的命令行窗口中用。实例，且在主机的命令行窗口中用。驱动有问题，需要安装或更新。然后打开文件管理器，输入。进度一直为0，可以先运行。在主机的命令行窗口输入。也是可以的，会默认安装。
2024-09-19 21:42:04
354
原创 虚拟机：2、（待更）win11安装VMWare和Centos7、查看电脑配置（CPU核心数+线程数）\macos用multipass安装ubuntu20.04虚拟机并用xquartz配置图形化界面
本人是win11电脑，安装Centos7虚拟机注意如果一开始配置时忘记配置网络等，在初始化同意协议那一步还可以配置。
2024-09-19 20:12:05
472
原创 虚拟机：1、GPU直通+ GPU分区+GPU虚拟化+GPU资源共享的区别。如何实现虚拟机的GPU资源共享。VMWare workstation+VMWare vSphere+esxi+esx区别
以下是本人的认知总结。
2024-09-19 20:07:17
1767
1
原创 网络药理学：7、零基础复现一篇生信文章：对交集靶点做GO、KEGG标注和富集分析（微生信在线作图、logP和p值在线转化）、DAVID、metascape数据库使用教程
up主补充在评论区的知识点：P值大小可以简单的理解为可信度的高低，p值越小可信度越高。在本次的例子中，P值越小，我们就越有把握说某个基因是差异基因；，这个讲了常见GO富集分析的结果图有哪些，怎么看结果图（譬如横纵坐标有什么意义），还讲了如何快速从Log P转为P值，以及如何利用微生信在线做图。在进行该文章复现之前，希望大家能对GO和KEGG富集分析有一个大概的了解，推荐把以下前置知识看完，总共也才用时十几分钟。，主要把什么是富集分析，为什么需要富集分析，以及什么是GO和KEGG富集分析讲清楚了。
2024-09-13 17:40:04
743
原创 网络药理学：5、零基础复现一篇生信文章：预测成分靶点+转化靶点为基因名+取靶点交集做韦恩图、PharmMapper、SwissTargetPrediction+UniProt数据库使用教程
然后我们依次将前面步骤得到的中药活性成分都重复如上步骤，得到各个成分的潜在靶点，汇总并去重，范围一般是几十到几百个。列代表着作用在该靶点上的可能性，我们一般根据这个由大到小排列，然后选取结果集的前5/10/15/20个。是靶点的通用名，也就是常用的基因名，一般我们只要这一列（有时候前三列都有点作用）。结构渲染出来，确认下是否是我们想要的活性成分的结构。，即任务ID，我们需要保存好它，然后去到。要注意的是，如果我们的论文里面使用了。是人类种的意思，一般不需要更改。网站首页如下，我们主要关注的是。
2024-09-13 17:27:19
1164
原创 网络药理学：2、（待更）活性位点 vs 结合口袋、文章基本思路、各个数据库汇总与比对、其他相关资料（推荐复现的文章、推荐学习视频、论文基本框架、文献基本知识及知网检索入门）
一篇不含分子对接和实验的纯网络药理学文章思路如下：即如下：纯网络药理学+分子对接：知网：基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨网络药理学+分子对接+实验验证：知网：基于网络药理学的砂仁抗溃疡性结肠炎机制研究B站up主的网络药理学系列视频：文献基本知识及影响因子分区等级入门：https://www.bilibili.com/video/BV1kF41137X5/知网检索功能入门https://www.bilibili.com/video/BV1P14y197Pe/
2024-09-13 17:02:12
495
原创 网络药理学：科研/写论文的基础知识（知网运用、文章文献）
https://www.bilibili.com/video/BV1kF41137X5/https://www.bilibili.com/video/BV1P14y197Pe/
2024-09-10 19:41:36
113
原创 网络药理学：1、靶点定义、网络药理学的由来与分子网络的定义、为什么我们需要筛选活性成分、为什么分子=靶点=蛋白=基因？为什么药物-靶点相互作用=分子间相互作用=蛋白间相互作用、为什么我们需要分子对接？
举例：1级是药物成分，2级是成分作用的靶点，3级是靶点调控的信号分子。一个药物之所以能治病，就是因为在人体内有着如上的1级、2级、3级这样层层传递的瀑布效应，最终具体落到的是分子层面。如上，一个宏观的疾病表现，譬如为器官化脓包块，其微观的机制实际上是因为器官相关的细胞损伤，细胞损伤的实际是因为细胞相关的分子异常。这些分子，从疾病发生的角度叫诱因，从药物治疗的角度叫靶点。而分子与分子之间的关系，就叫分子网络。所以综上，疾病发生的原因，是分子网络的变化。而药物治疗的机理正是调节这些分子网络。
2024-09-10 19:41:14
989
原创 网络药理学：6、零基础复现一篇生信文章：对交集靶点做PPI网络、String数据库、Cytoscape3.8.2（相关插件CytoHubba）使用教程
所以新建第二列，将前30个靶点的第二列输入为1。后面的小图，在这里我们可以双击最大值和最小值的方框，输入对应的同心圆的半径，在这里我最大输入了120，最小输入了50，可以看到网络图不同权重的节点也有了大小之分。好的，接下来，我们选择最小的一批Degree值对应的节点（相当于同心圆的第三圈），如下，遇到了一个问题，就是这第三圈同心圆的半径实在是太小了，和第二圈挨得很近。就是PPI网络图中会出现的节点，因为我们要构建的网络图是“中药-成分-靶点”的图，所以节点一共会有三种，分别是“中药”、“成分”、“靶点”。
2024-09-10 19:40:52
1138
原创 网络药理学：11、分子对接之PDB数据库使用、PubChem如果没有3D结构、autodock+mgltools实现大分子蛋白（PDB ID已知）和小分子配体对接
首页如下：我们以热休克蛋白HSP90AA1为例，其PDB ID为7DHG，所以我们在搜索栏输入7DHG主要关注红框里的几个地方。DownloadPDB FormatReleasedMethodX-RayNMRResolution2A再往下翻，主要看该蛋白有几条链，并且右下角可以直接跳转到UnitProt数据库可以看到，这里该蛋白是有两条链的。同时，对于一些有小分子的蛋白也最好看看相关信息，这里我展示另一个7A2O示例：一般要记住这里的ID，在处理蛋白的时候要去除。
2024-09-10 19:40:24
869
原创 网络药理学：13、分子动力学模拟MD推荐视频和文章、MD概述（一般步骤、结果分析、力场分类+适用范围+推荐力场、相关注意点、算力要求）、gromacs概述、MOL2+PDB格式解读
来源B站，讲的都是有效的概论，其中关于分子动力学模拟归纳的三步挺有用的。来源B站，也没有讲清楚关于分子对接后得到的文件该如何处理。但是还是推荐看下的来源B站，需要用的是，而且走过一遍up主之前分子对接的视频才比较好理解。来源B站，纯操作视频，没有废话。不过没有前置讲解，譬如分子对接后的pdb格式文件怎么来的，没有讲解操作背后的含义，以及看不到鼠标，画质堪忧hhh来源youtube，如果你能忍受印度老哥的口音的话，讲的挺好的。
2024-09-10 19:40:02
1056
原创 8、反射（获取Class对象的四种方式）java的I/O流（设计模式有哪些、为什么分字节流和字符流、BIO NIO AIO的区别）、语法糖（枚举、内部类、条件编译、断言、Lambda表达式）
代指的是编程语言为了方便程序员开发程序而设计的一种特殊语法，这种语法对编程语言的功能并没有影响。问题本质想问：不管是文件读写还是网络发送接收，信息的最小存储单元都是字节，那为什么 I/O 流操作要分为字节流操作和字符流操作呢？内部类之所以也是语法糖，是因为它仅仅是一个编译时的概念。在执行的时候默认是不启动断言检查的（这个时候，所有的断言语句都将忽略），如果要开启断言检查，则需要用开关。表达式不是匿名内部类的语法糖，但是他也是一个语法糖。实现方式其实是依赖了几个。，这个方法就是负责解语法糖的实现的。
2024-09-10 09:26:32
965
原创 7、SPI+API机制、序列化和反序列化（属于TCP/IP协议的哪一层、transient阻止序列化、JDK自带序列化、静态变量serialVersionUID有什么作用、为什么会被序列化）
本文是基于javaGuide的摘录和补充，仅作学习使用，希望大家感兴趣的话，去原文那阅读并支持作者本人。
2024-09-09 12:02:03
1031
原创 网络药理学：4、零基础复现一篇生信文章：筛选药物成分+获得成分相关信息（下载mol2/SDF格式文件、SMILES序列号）+TCMSP、HERB、SwissADME、Pubchem使用教程
String。
2024-09-06 16:46:54
2185
2
原创 6、java面向对象（封装、继承、多态）、深拷贝+浅拷贝+引用拷贝、值传递+引用传递、异常（Throwable、Error、Exception）、try-with-resources优化、泛型、注解
java面向对象主要具有三大特性就是封装、继承、多态。封装一般是指封装一个类或者一个方法，譬如封装类就隐藏了类的内部实现机制，保护数据隐私，限制了对于数据的不合理操作。需要注意的是，子类拥有父类对象所有的属性和方法（包括私有属性和私有方法），但是父类中的私有属性和方法子类是无法访问，只是拥有。继承一般是指从已有的父类上派生出新的子类。子类在父类的数据和行为上可以进行特性的拓展，是常说的is a关系，譬如父类是动物，子类是猫，a cat is a animal这种关系就适用于继承。
2024-09-03 10:41:01
294
原创 5、String类+StringBuffer类+StringBuilder类（字符串常量池、String为何不可变、java9为什么将String底层由char[]改为byte[]、常量折叠）
String 类中使用final关键字修饰字符数组来保存字符串，我们知道被 final 关键字修饰的类不能被继承，修饰的方法不能被重写，修饰的变量是基本数据类型则值不能改变，修饰的变量是引用类型则不能再指向其他对象。因此，final 关键字修饰的数组保存字符串并不是 String 不可变的根本原因，因为这个数组保存的字符串是可变的（final 修饰引用类型变量的情况）。
2024-09-03 10:27:18
1181
原创 java开发面试：AOT有什么优缺点/适用于什么场景/AOT和JIT的对比、逃逸分析和对象存储在堆上的关系、高并发中的集合有哪些问题
JDK 9 引入了一种新的编译模式 AOT(Ahead of Time Compilation)。和 JIT 不同的是，这种编译模式会在程序被执行前就将其编译成机器码，属于（C、 C++，Rust，Go 等语言就是静态编译）。AOT 避免了 JIT 预热等各方面的开销，可以提高 Java 程序的启动速度。并且AOT 还能减少内存占用和增强 Java 程序的安全性，。
2024-09-02 11:43:05
1094
原创 4、java的基本类型和包装类型（自动拆箱和装箱）、浮点数与精度丢失问题（BigDecimal、比较地址和比较值）、静态变量和静态方法（static修饰）、重载和重写（可变长参数）
主要原因如下：静态方法是属于类的，在类加载的时候就会分配内存，可以通过类名直接访问。而非静态成员属于实例对象，只有在对象实例化之后才存在，需要通过类的实例对象去访问。在类的非静态成员不存在的时候静态方法就已经存在了，此时调用在内存中还不存在的非静态成员，属于非法操作。我们都知道，计算机是二进制的，而且计算机在表示一个数字时，宽度是有限的，无限循环的小数存储在计算机时，只能被截断，所以就会导致小数精度发生损失的情况。重载就是同一个类的两个同名方法能够根据输入数据的不同，做出不同的处理。方法往往用于排序操作。
2024-09-02 11:41:30
380
原创 1、Java简介+DOS命令+java的编译运行（字节码/机器码、JRE/JVM/JDK/JIT的区别）+一个简单的Java程序
本文属于黑马程序员的javaguide混合笔记。
2024-08-30 02:01:56
1069
原创 数据结构与算法：哈希表（附有leetcode题242、349、1、454、438、15、18题解）
哈希表用到的数据结构一共有三种：数组、setmap一般情况下，如果元素较少且连续，那么用数组。如果元素很多，那么用set。如果元素很离散，或者存在kv结构，那么用mappython中是dict。
2024-08-30 00:31:53
305
原创 （待更）将windows11配置成生产力高的电脑：当计算机新生的你拿到新电脑时该配置哪些东西（python、mysql、git、win快速隐藏应用界面、win终端美化）
接口工具：apifox文本工具：obsidian云盘：百度云盘浏览器：Microsoft Edge、google chrome其他：腾讯会议、腾讯桌面整理。
2024-08-23 03:00:16
150
黑马头条初始化工程项目代码
2024-02-07
黑马头条初始化工程maven仓库
2024-02-07
sky-take-out阶段性工程代码（day04-套餐之分页查询、新增套餐、修改套餐、启用禁用套餐）
2023-11-05
sky-take-out阶段性工程代码（店铺营业状态查询与设置）
2023-11-01
redis可视化客户端Another-Redis-Desktop-Manager.1.5.5和redis win、linux版本
2023-11-01
sky-take-out资料
2023-10-17
javaweb:mybatis之mapper三种实现方式的代码，第一种是sql映射实现，第二种是代理实现，第三种是注解实现
2023-10-11
Django之十四、添加用户之django组件Form/ModelForm实现
2023-10-04
java常用映射器（b站黑马程序员瑞吉外卖代码资源）
2023-09-01
springboot练手项目reggie外卖的数据库、pom文件、application文件、前端资源
2023-07-15
Hypervisor脚本：解决电脑没有HyperV问题
2023-07-13
三、Django之使用模板并引用静态内容：jquery-3.6.0.min.js和bootstrap-3.4.1
2023-06-27
Vue3项目调用百度地图不成功
2024-02-08
vue页面文字自动左右翻转的问题
2024-02-08
一个vue3项目的页面跳转失效问题
2024-02-08
spring/springboot自定义aop注解失效
2023-10-21
使用mockjs模拟图片并展示在前端时报错
2023-09-20
设置的@TableId(type = IdType.AUTO)不生效
2023-09-19
springboot整合本机redis测试出错
2023-09-02
使用WEIBO数据集做中文实体识别时无法跑通项目
2023-07-05
请问Django可以直接在models.py里面用orm删除数据吗？
2023-06-29
使用Django的load语法加载图片失败
2023-06-23
使用Django的load语法加载图片失败
2023-06-23
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人