用Spherical Demon做 spherical alignment预处理

主要用到的是：
SD_rotateAtlas2Sphere.m

function [curr_sbjWarp, Center1, Center2, Center3, prev_energy, curr_energy] = SD_rotateAtlas2Sphere(sbjMesh, basic_atlas, parms, SearchWidth, numIntervals)

函数SD_rotateAtlas2Sphere的5个输入参数和返回6个输出参数

输入参数:

1. sbjMesh: 这是一个3D模型，表示为需要适配到基本模板上的源模型。
2. basic_atlas: 这是基本的3D模板模型，sbjMesh将被适配到这个模型上。
3. parms: 这是一个结构体，包含了一系列控制函数行为的参数，例如初始的变形参数、是否旋转经纬度、是否快速旋转等。
4. SearchWidth (可选): 搜索宽度，定义了在搜索最佳旋转角度时的初始搜索范围。如果未提供，将使用默认值64/180*pi弧度。
5. numIntervals (可选): 搜索间隔数，定义了在每个搜索宽度下，旋转角度被分割的间隔数量。如果未提供，将使用默认值8。

输出参数:

1. curr_sbjWarp: 当前的变形参数，表示经过旋转适配后sbjMesh的顶点坐标。
2. Center1: 最佳的旋转中心1，表示绕第一个轴（z轴）的最佳旋转角度。
3. Center2: 最佳的旋转中心2，表示绕第二个轴（y轴）的最佳旋转角度。
4. Center3: 最佳的旋转中心3，表示绕第三个轴（z轴）的最佳旋转角度。
5. prev_energy: 上一次迭代的能量值，表示在找到更低能量值之前的模型适配的能量。
6. curr_energy: 当前迭代的能量值，表示当前最佳旋转适配的能量。

这个函数通过迭代地调整sbjMesh的旋转角度，并计算与basic_atlas之间的能量差异，以找到最佳的旋转变换，使得sbjMesh能够适配到basic_atlas上。

GPT给的一个调用SD_rotateAtlas2Sphere的例子

当然，这里是一个调用SD_rotateAtlas2Sphere函数的示例。请注意，为了使用这个函数，你需要有相应的输入数据结构和参数。以下是一个假设的调用示例：

% 假设sbjMesh和basic_atlas已经被正确初始化和加载为3D模型
% 假设parms是一个包含所有需要参数的结构体，例如：
parms.sbjWarp = initialWarp; % 初始的变形参数
parms.rotate_latlon = true; % 是否旋转经纬度
parms.fast_rotation = false; % 是否使用快速旋转
parms.minimal_verbosity = true; % 是否最小化输出信息

% 可选的搜索宽度和间隔数
SearchWidth = 10 * pi / 180; % 10度转换为弧度
numIntervals = 16; % 间隔数

% 调用函数
[curr_sbjWarp, Center1, Center2, Center3, prev_energy, curr_energy] = ...
    SD_rotateAtlas2Sphere(sbjMesh, basic_atlas, parms, SearchWidth, numIntervals);

% 打印结果
fprintf('最佳旋转中心: alpha=%f, beta=%f, gamma=%f\n', Center1, Center2, Center3);
fprintf('当前能量: %f\n', curr_energy);

在这个例子中，我们首先定义了一个parms结构体，它包含了函数需要的所有参数。然后我们设置了搜索宽度SearchWidth和间隔数numIntervals。接下来，我们调用了SD_rotateAtlas2Sphere函数，并传入了必要的参数。

函数执行后，将返回当前的变形参数curr_sbjWarp，最佳旋转中心Center1、Center2、Center3，以及能量值prev_energy和curr_energy。最后，我们使用fprintf函数打印出最佳旋转中心和当前能量值。

请注意，这个例子是一个假设的调用场景，实际使用时需要根据你的具体数据和需求进行调整。