学习记录:RuntimeError:applying transform <monai.transforms.compose.Compose object at 0x000002732A5DDFD0>

 在复现脑肿瘤分割算法时,配置环境遇到如下错误:

RuntimeError: LoadImage cannot find a suitable reader for file: ('dataset\\TrainingData\\BraTS2021_00254\\BraTS2021_00254_flair.nii.gz', 'dataset\\TrainingData\\BraTS2021_00254\\BraTS2021_00254_t1ce.nii.gz', 'dataset\\TrainingData\\BraTS2021_00254\\BraTS2021_00254_t1.nii.gz', 'dataset\\TrainingData\\BraTS2021_00254\\BraTS2021_00254_t2.nii.gz').
    Please install the reader libraries, see also the installation instructions:
    https://docs.monai.io/en/latest/installation.html#installing-the-recommended-dependencies.
   The current registered: [<monai.data.image_reader.NumpyReader object at 0x000002B98233DF70>, <monai.data.image_reader.PILReader object at 0x000002B98233DE80>].

 后续接着遇到两条错误:

RuntimeError: applying transform <monai.transforms.io.dictionary.LoadImaged object at 0x000002732A5DDF10>
RuntimeError: applying transform <monai.transforms.compose.Compose object at 0x000002732A5DDFD0>

原因:配置numpy版本时出现了问题,版本较高

解决方案:降低numpy版本号 numpy==1.24.4>>>>>numpy==1.21.4

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引用\[1\]中提到了在服务器上跑网络时感觉很慢,尤其是在多块显卡同时运行时,尝试设置num_workers=4时出现了RuntimeError: Caught RuntimeError in DataLoader worker process的错误。这个错误通常是由于在多进程环境下使用了CUDA导致的。引用\[2\]中提到了另外一个报错信息RuntimeError: Cannot re-initialize CUDA in forked subprocess。这个错误提示表明在子进程中重新初始化CUDA会导致问题。根据这两个报错信息,可以推测出问题可能是由于在多进程环境下使用了CUDA并且尝试重新初始化CUDA导致的。 解决这个问题的方法是在创建DataLoader时将参数pin_memory设置为True,并且在创建DataLoader之前调用torch.cuda.set_device函数将当前设备设置为所需的GPU设备。这样可以确保在多进程环境下正确使用CUDA。另外,还可以尝试将num_workers设置为0,这样可以避免使用多进程,但可能会影响数据加载的速度。 总结起来,解决RuntimeError: Caught RuntimeError in DataLoader worker process的方法是: 1. 在创建DataLoader时将参数pin_memory设置为True。 2. 在创建DataLoader之前调用torch.cuda.set_device函数将当前设备设置为所需的GPU设备。 3. 将num_workers设置为0,以避免使用多进程。 希望这些方法能够帮助您解决问题。\[1\]\[2\] #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [DataLoader设置num_workers=4报错 RuntimeError: Caught RuntimeError in DataLoader worker process](https://blog.csdn.net/qq_41381865/article/details/118459068)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [RuntimeError: applying transform monai.transforms.croppad.dictionary.RandCropByPosNegLabeld object](https://blog.csdn.net/weixin_40198079/article/details/125423213)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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