BWA mem序列比对时出现：paired reads have different names 问题解决

问题：

在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA"

原因分析：

查看两条reads所在的行信息：

在R1和R2中55841行中是不同的reads；在其他行中也出现这样的问题，如下：

 查看R1和R2 fastq文件的总行数：

 R1为26081112行，R2为26081516行，分析原因是在用python分别对Fastq文件进行序列单独处理时，导致R1和R2的序列出现了不对应的情况发生；

1）尝试采用fastq文件进行质控看能否解决，质控后R1和R2序列数一致了&#x