手把手教你如何获得光学成像系统的PSF（点扩散函数）——从beads成像到处理图像的经验分享

已于 2022-04-19 16:37:12 修改
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分类专栏： 贝塞尔光束 文章标签： 经验分享
于 2022-02-23 16:16:30 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_47658127/article/details/123091370
版权
本文分享了如何获取光学成像系统的点扩散函数（PSF）的实践经验，从购买和制备beads，到实际成像，再到结果处理。通过使用特定的插件在ImageJ上处理Z stack图像，可以计算出系统PSF，从而评估系统性能。文章还提供了插件下载和安装方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

首先声明：仅发表个人理解，因为我的课题研究经历更多都是自己搜罗的资源，课题组其他人都没有做这个方向的，所以如果有不对的地方，欢迎评论区讨论。

1、样品的购买和制备

我们会使用beads，俗称荧光小球，它是一个点光源，具有一定的直径，一般是0.1um，0.2um，0.5um，1um等几个直径挡位，在不同的系统下，它能成像到的点扩散函数不一样，这是反应系统质量和参数的一个标准样本。

第一步是购买beads，一般会购买ThermoFisher的荧光小球，链接如下：

荧光微球，适用于多种生物学应用领域 | Thermo Fish

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双光子bessel
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点扩散函数3D曲面绘图方法
iloveCV的专栏
12-24 2805
1、PDF-点扩散函数 点扩散函数概念在线性平移不变系统中用于描述系统冲击响应特性。在地基光学成像系统中，它常用于描述光学成像的信道模型。在图像复原领域，如果能够准确估计出PDF，则对于复原出清晰的原始图像至关重要。在图像复原过程中，通常需要一边观察正在复原的图像，一边检查PDF的输出。PDF输出可以以2D图像的形式显示，但如果能用3D曲面显示，则更加直观。在MATLAB中，这个函数为SUR
求运动模糊图像的 点扩散函数
07-14
运动模糊图像的复原中经常要用到点扩散函数psf,该程序实现求取点扩散函数psf，即实现Matlab中的fspecial函数（求psf），你只要设定好参数length和angle就可以了，调用get_psf()- Motion-blurred images are often used to recover the point spread function psf, the realization of the program to strike a point spread function psf, namely fspecial function in Matlab (for psf), you need to do is set the parameters of length and angle you can, make a call to get_psf ()
获取光学系统的PSF
10-06
利用matlab中的zemax DDE获取光学系统不同的PSF矩阵。
图像中点扩散函数的获取
04-08
在图像恢复技术中, 点扩展函数( PSF) 是影响图像恢复结果的关键因素, 所以常常利用先验知识和后验判断方法估计PSF函数来恢复图像。
【图像去模糊】非盲去模糊实景图像处理，使用点扩散函数（PSF）快速去除实景图像中的模糊（Matlab代码实现）
最新发布
m0_64583023的博客
06-17 994
非盲去模糊实景图像处理1. 描述本文旨在使用点扩散函数（PSF）快速去除实景图像中的模糊（例如，运动模糊和失焦模糊）。1.1 运动去模糊对于运动去模糊，采用Lucy-Richardson算法来估计点扩散函数（PSF）。需要设置三个主要参数：长度（len，即模糊长度）、角度（theta，即模糊角度）和迭代次数（IterNum）。1.2 失焦去模糊对于失焦去模糊，采用维纳滤波器算法。
显微图像处理软件ImageJ
07-09
包含对图像的编辑、处理、分析以及相关的使用算法插件(如图像拼接)。https://imagej.net/plugins/image-stitching 拼接功能：(Plugins->stitching->Grid/Collection Stitching) 2.1.两幅图像简单的横向与纵向上的连接，结果图尺寸为两幅原图尺寸之和 2.2.可以实现顺序序列按照相应扫描顺序的拼接(输入扫描矩阵) 2.3.可以实现无序图像集的拼接
psf的matlab代码-MicroscPSF-ImageJ:用于快速生成显微镜PSF的ImageJ插件
05-24
psf的matlab代码这是ImageJ插件的Eclipse项目，用于实现快速的微观PSF（特别是Gibson-Lanni模型）生成工具。 技术细节可以在找到。 本身可以从target文件夹下载。 参考文献： [1] J. Li，F。Xue和T. Blu，“荧光显微镜的快速，精确的三维点扩散函数计算”，J。Opt。 Soc。 是。 A卷34号6，页1029-1034，2017。 [2] SF Gibson和F. Lanni，“三维光学显微镜中使用的油浸物镜中像差分析模型的实验测试”，J。 Soc。 是。 A卷9，没有1，第154-166页，1992年。 有关的 它旨在作为为PSF一代开发全面的ImageJ插件的起点。 核心代码已完成。 需要一个不错的GUI来实现更好的交互。 鼓励您参与这个项目。 Matlab代码：。 ImageJ插件：。 冰冷插件：。 Python代码（按）： 截屏 接触 李继洲（） 致谢 执照 版权所有（c）2017，李继周，冯雪，蒂埃里·布鲁 源代码在下方发布。
PSF 点扩散函数
菩提本无树 明镜亦非台 本来无一物 何处惹尘埃
08-29 9321
point-spread function 点扩散函数。PSF是point spread function的简称，即点扩散函数，用该指标来衡量重建后的图像的分辨率。在线性系统中，对于任意成像目标I1和其对应的像I2可以表示成I2=I1*h，h是系统函数。这个卷积系数h就是PSF，因为当I1为冲击函数时，I2=h。I2的质量取决于h。当h越偏离冲击函数，I2就越模糊，其模糊程度可以用h的宽度来衡量，
点扩散函数（PSF）的模型及求取
m0_51767556的博客
05-13 1万+
标题点扩散函数以及光学传递函数点扩散函数光学传递函数图像的点扩散函数先验模型及参数表达线性移动点扩散函数散焦点扩散函数高斯型点扩散函数Hufnagel大气湍流点扩散函数光学像差的PSF获取基于光学仿真软计算PSF基于标定的PSF估计基于光学仿真软计算PSF基于标定的PSF估计 点扩散函数以及光学传递函数 点扩散函数 根据光学理论，光学成像系统物面上任意一理想点产生的光振动为单位脉冲（δ\deltaδ函数)，对应的像函数称为光学系统的脉冲响应，或点扩散函数（顾德门，2006)。点物的脉冲函数用δ(x−x0，y
点扩散函数 PSF（point spread function）
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荒野孤舟的博客
11-26 8万+
*持续性补充拓展，以下部分来自wiki：https://en.wikipedia.org/wiki/Point_spread_function   点扩展函数(point spread function PSF)描述了成像系统对点源或点对象的响应。PSF更一般的术语是一个系统的脉冲响应（impulse response），PSF是聚焦光学系统的脉冲响应。PSF 在许多情况下可以被当作是图像中表...
图像的降采样函数高效实现
Kena_M的博客
07-29 7566
降采样函数的高效实现所谓降采样，就是将图像的尺寸缩减为原来的一半，隔行隔列取值，降采样在构建图像金字塔时是需要反复使用的。 假如原图像尺寸为W×HW\times H，那么降采样之后尺寸变为W2×H2\frac{W}{2}\times\frac{H}{2}，长度和宽度是奇数还是偶数，都会自动向下取整。
用于高NA显微镜成像的工程化PSF
Bonnie1985119的博客
09-21 282
显微成像技术在最近的几十年中得到迅速发展。 PSF（点扩散函数）通常不是像平面上的艾里斑。当对沿纵轴定向的偶极子源进行成像时，可以设计出一个甜甜圈形状。 我们在VirtualLab Fusion中证明，当偶极子源的方向发生变化时，会获得不同的非对称PSF（不是艾里斑）。 此外，可通过在显微镜系统的光瞳平面中插入一定的相位掩模来获得双螺旋PSF [Ginni Grover et al., Opt. Exp. 2012]。通过这种工程化的PSF，甚至可以观察到物体的微小散焦，即与传统的成像方法相比，可以大大提高
第一篇文章中提及到的插件
04-19
第一篇文章提及的插件
PSF_FPA_Simu.rar_点扩散PSF_点扩散函数PSF_阵列 成像_阵列成像MATLAB_高斯PSF
07-14
点扩散函数（PSF，Point Spread Function）是光学成像系统中的一个重要概念，它描述了成像系统将一个理想点源图像扩散成的实际图像。在实际应用中，由于光学系统的不完美，如衍射、散射、畸变等因素，使得原本应该是...
070216001于浩然9docx.zip_PSF_PSF点扩散函数_diffusion function_tinyneh_图像
07-15
1. 点扩散(PSF)函数创建运动模糊图像； 2. 分别采用逆滤波、维纳滤波和约束最小二乘方滤波对模糊图像进行复原。
OTF.zip_光学传递函数_光瞳 点扩散_光瞳函数matlab_光程差_点扩散
07-14
点扩散函数（PSF）是光学系统对点源成像的实际效果，它描述了一个理想的点源经过系统后的成像形状。PSF可以由OTF通过逆傅里叶变换得到。PSF的宽度和形状反映了系统的分辨率性能，越窄的PSF意味着更高的分辨率。 OTF...
用于光学相干层析成像设备点扩散函数测量的模体制作与使用方法研究
02-04
点扩散函数一般用于成像光学系统的分辨率评价，而掺杂微球的模体经常被用于获取光学相干层析成像(OCT)系统的点扩散函数。采用一种简单快速的基于表面硅烷化处理的加工工艺，制作出掺杂直径为1 μm 聚苯乙烯微球的聚...
计算人的光学点扩散函数 - Andrew B. Watson
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计算人眼光学点扩散函数（Point Spread Function, PSF）是理解人类视觉系统光学性能的关键。点扩散函数描述了光线经过光学系统后，一个理想的点光源在视网膜上形成的图像，它直接影响视觉清晰度、分辨能力和对比敏感...
反卷积实验室
alaclp的专栏
04-12 3277
DeconvolutionLab 3D deconvolution package for microscopic images Cédric Vonesch,Raquel Terrés Cristofani and Guillaume Schmit at theBiomedical Image Group (BIG), EPFL, Switzerland Outline
我需要使用airy psf点扩散函数，请检查你的代码
05-31
非常抱歉，我的代码中确实有误。正确的程序代码如下所示： ```matlab % 定义计算参数 lambda = 0.5e-6; % 波长（单位：m） k = 2*pi/lambda; % 波数 NA = 0.2; % 数值孔径 focal_length = 0.025; % 焦距（单位：m） D = 0.025; % 口径（单位：m） pixel_size = 6.5e-6; % 像素尺寸（单位：m） M = 100; % 图像大小 % 生成坐标系 x = ((1:M)-M/2)*pixel_size; [X,Y] = meshgrid(x,x); % 计算像面到物面的距离 Z = focal_length^2./(2*(focal_length^2+X.^2+Y.^2)); % 计算传递函数 H = zeros(M,M); for i = 1:M for j = 1:M if X(i,j)^2+Y(i,j)^2 <= (D/2)^2 rho = sqrt(X(i,j)^2 + Y(i,j)^2); if rho == 0 H(i,j) = 1; else H(i,j) = 2*besselj(1,k*rho*NA*focal_length/(D*sqrt(focal_length^2+X(i,j)^2+Y(i,j)^2)))/(k*rho*NA*focal_length/(D*sqrt(focal_length^2+X(i,j)^2+Y(i,j)^2))); end end end end % 计算点扩散函数 PSF = (2/k^2)*((abs(fftshift(fft2(sqrt(H))))).^2); % 归一化点扩散函数 PSF = PSF/sum(PSF(:)); % 显示点扩散函数 figure, imshow(PSF,[]), title('Point Spread Function'); % 计算衍射-limited图像 object = imread('object.png'); % 加载物体图像 object = imresize(object,[M,M]); % 调整物体图像大小 object = im2double(object); % 转换为double类型 image = conv2(object,PSF,'same'); % 计算卷积图像 % 显示衍射-limited图像 figure, imshow(image,[]), title('Diffraction-limited Image'); ``` 在这个程序中，我使用了Bessel函数来计算传递函数，从而生成了正确的airy psf点扩散函数。
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