解决MAC M1/2芯片安装tensorflow问题,以及使用mamba安装找不到软件。

1:问题详情,在使用M1或者M2arm64框架下,应当安装适配于针对arm64芯片优化的版本

安装Mac苹果芯片的tensorflow版本,没有安装mamba就用conda

#tensorflow后面可以添加 “==version” 对应的版本号
mamba install -c apple tensorflow-deps 
pip install tensorflow-macos -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip install tensorflow-metal -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
mamba install scikit-learn=1.3.2

在命令行或者py文件导入一下,成功运行并且打印出版本号就没有问题。

import keras
import tensorflow
import sklearn

print("Keras 版本:", keras.__version__)
print("TensorFlow 版本:", tensorflow.__version__)
print("scikit-learn 版本:", sklearn.__version__)

倘若在导入keras遇到问题,应该看看keras与tensorflow版本是不是一致。

$ conda list
# packages in environment at /Users/whatever/miniforge3/envs/tensorflow_c:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
jupyter_core              5.7.2           py310hbe9552e_0    conda-forge
tensorflow-macos          2.13.1                   pypi_0    pypi
keras                     2.13.1                   pypi_0    pypi
pip                       24.0               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
scikit-learn              1.3.2                    pypi_0    pypi
tensorboard               2.13.0                   pypi_0    pypi
tensorboard-data-server   0.7.2                    pypi_0    pypi
tensorflow                2.16.1                   pypi_0    pypi
tensorflow-deps           2.10.0                        0    apple
tensorflow-estimator      2.13.0                   pypi_0    pypi
tensorflow-io-gcs-filesystem 0.36.0                   pypi_0    pypi

在这里我将一些必要的packages放在以上代码块,针对个人开发学习需求不同,自己选择对应的版本。

2.使用mamba创建指定的环境,或者安装生物信息软件时候,部分人可能会报错。

例如:bowtie2 does not exist (perhaps a typo or a missing channel).

$ mamba install -c bioconda bowtie2

Looking for: ['bowtie2']

conda-forge/osx-arm64                                       Using cache
conda-forge/noarch                                          Using cache
pkgs/main/osx-arm64                                           No change
pkgs/main/noarch                                              No change
bioconda/osx-arm64                                            No change
pkgs/r/noarch                                                 No change
pkgs/r/osx-arm64                                              No change
bioconda/noarch                                      5.2MB @   2.0MB/s  2.6s

Pinned packages:
  - python 3.10.*
Could not solve for environment specs
The following package could not be installed
└─ bowtie2 does not exist (perhaps a typo or a missing channel).
(base) 

解决方式:在mamba install指令前,加入   CONDA_SUBDIR=osx-64  指令,如下:

$ CONDA_SUBDIR=osx-64 mamba install -c bioconda bowtie2

Looking for: ['bowtie2']

Pinned packages:
  - python 3.10.*
  Total download: 1MB

────────────────────────────────────────────────────────────────────────


Confirm changes: [Y/n] y
bowtie2                                              1.4MB @ 731.0kB/s  2.0s

Downloading and Extracting Packages:

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

以上,完美解决。后续我在mac上安装了antismash 7.0版本,下载各样的依赖时,都用的这个命令。文章若有任何问题,欢迎指出。

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