1:问题详情,在使用M1或者M2arm64框架下,应当安装适配于针对arm64芯片优化的版本
安装Mac苹果芯片的tensorflow版本,没有安装mamba就用conda
#tensorflow后面可以添加 “==version” 对应的版本号
mamba install -c apple tensorflow-deps
pip install tensorflow-macos -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip install tensorflow-metal -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
mamba install scikit-learn=1.3.2
在命令行或者py文件导入一下,成功运行并且打印出版本号就没有问题。
import keras
import tensorflow
import sklearn
print("Keras 版本:", keras.__version__)
print("TensorFlow 版本:", tensorflow.__version__)
print("scikit-learn 版本:", sklearn.__version__)
倘若在导入keras遇到问题,应该看看keras与tensorflow版本是不是一致。
$ conda list
# packages in environment at /Users/whatever/miniforge3/envs/tensorflow_c:
#
# Name Version Build Channel
jupyter_core 5.7.2 py310hbe9552e_0 conda-forge
tensorflow-macos 2.13.1 pypi_0 pypi
keras 2.13.1 pypi_0 pypi
pip 24.0 pyhd8ed1ab_0 conda-forge
scikit-learn 1.3.2 pypi_0 pypi
tensorboard 2.13.0 pypi_0 pypi
tensorboard-data-server 0.7.2 pypi_0 pypi
tensorflow 2.16.1 pypi_0 pypi
tensorflow-deps 2.10.0 0 apple
tensorflow-estimator 2.13.0 pypi_0 pypi
tensorflow-io-gcs-filesystem 0.36.0 pypi_0 pypi
在这里我将一些必要的packages放在以上代码块,针对个人开发学习需求不同,自己选择对应的版本。
2.使用mamba创建指定的环境,或者安装生物信息软件时候,部分人可能会报错。
例如:bowtie2 does not exist (perhaps a typo or a missing channel).
$ mamba install -c bioconda bowtie2
Looking for: ['bowtie2']
conda-forge/osx-arm64 Using cache
conda-forge/noarch Using cache
pkgs/main/osx-arm64 No change
pkgs/main/noarch No change
bioconda/osx-arm64 No change
pkgs/r/noarch No change
pkgs/r/osx-arm64 No change
bioconda/noarch 5.2MB @ 2.0MB/s 2.6s
Pinned packages:
- python 3.10.*
Could not solve for environment specs
The following package could not be installed
└─ bowtie2 does not exist (perhaps a typo or a missing channel).
(base)
解决方式:在mamba install指令前,加入 CONDA_SUBDIR=osx-64 指令,如下:
$ CONDA_SUBDIR=osx-64 mamba install -c bioconda bowtie2
Looking for: ['bowtie2']
Pinned packages:
- python 3.10.*
Total download: 1MB
────────────────────────────────────────────────────────────────────────
Confirm changes: [Y/n] y
bowtie2 1.4MB @ 731.0kB/s 2.0s
Downloading and Extracting Packages:
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
以上,完美解决。后续我在mac上安装了antismash 7.0版本,下载各样的依赖时,都用的这个命令。文章若有任何问题,欢迎指出。