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原创 Github的开源项目ChuanhuChatGPT和gpt-academic，专用于学术拓展ChatGPT
专用于科研工作的拓展Tool，优化Paper润色、markdown、Tex公式双显示、代码显示功能完善、本地Python工程剖析等功能笔者的评价是，对于“能毕业”的门槛又降低了些许，特别是海外。相比于国内限制门槛，ChatGPT在国外，几乎全覆盖。虽然学校会做一定限制要求，甚至是做了反Chat工具，但是这波AI大战，学生也可以做反-反Chat工具，得用魔法打败魔法这里主要分享Github社区和Chuan Hu的开源项目，这是两个不同的开源项目，大家各自辨别PythonCSS。
2023-03-29 14:31:44
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原创 开源scRNA Tools 2.｜利用 BayesPrism 剔除微环境背景并识别肿瘤亚克隆特征
BayesPrism（Bayesian cell Proportion Reconstruction Inferred using Statistical Marginalization）是一款基于全贝叶斯推断的R包，专为解析**肿瘤微环境（TME）的复杂性而设计。该工具旨在通过统计边缘化方法，利用单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据作为先验参考，从大量RNA-seq（bulk RNA-seq）**样本中联合估计细胞类型的组成比例以及特定细胞类型的基因表达谱。
2025-12-30 10:40:12
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原创 开源scRNA Tools 1. ｜代码分享：使用 ascend R 包从质控到差异表达全流程解析单细胞数据
ascend(Analysis of Single Cell Expression, Normalisation and Differential expression) 是一个基于R 语言开发的综合性工具包，专为单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)数据分析而设计。该包旨在提供用户友好、快速且稳健的分析流程，涵盖了从原始数据处理到下游生物学解读的各个阶段。ascend构建于类之上，利用核心的对象来统一管理表达数据与元数据。其主要功能包括数据质量控制 (QC)标准化降维（如 PCA）、聚类以及。
2025-12-30 10:36:08
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原创 Cell Mol Biol Lett｜Runx2诱导超级沉默子形成下调Lpl表达：重塑雪旺细胞脂质代谢的新机制
本研究揭示了Runx2在调控雪旺细胞（Schwann cells, SCs）表型转化中的表观遗传机制。研究者通过构建Runx2过表达腺病毒载体并在大鼠坐骨神经挤压伤模型中验证，发现损伤后4天与7天的再生区域存在Runx2阳性SC。进一步利用转录组分析CUT&Tag测序及单细胞RNA测序（GSE216665）整合分析发现，Runx2过表达显著干扰SC的脂质代谢通路。机制上，Runx2通过在Lpl基因调控区形成超级沉默子（super-silencer），抑制其转录活性，从而导致Lpl表达下调。
2025-10-24 19:41:41
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原创 J Nanobiotechnology｜ROS响应脂质体PUE Lipo/RR递送葛根素促进缺血脑区神经血管重塑
本研究针对缺血性中风治疗中存在的血脑屏障阻碍和靶向性差等问题，构建了一种兼具ROS 响应性与神经元靶向性的纳米脂质体载体，用于递送葛根素（PUE）至缺血脑区。该系统表面修饰与RVG29 肽，可在高氧化应激环境下实现刺激响应性药物释放与神经元特异靶向。在MCAO/r 小鼠模型中，PUE Lipo/RR 显著降低脑梗死体积、减少神经元死亡并改善运动功能。单细胞 RNA 测序揭示其主要作用于内皮细胞与小胶质细胞，促进血管新生及小胶质细胞 M1→M2 表型转化，从而缓解神经炎症并修复脑组织。
2025-10-22 15:56:18
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原创 Front Nutr｜队列研究揭示维生素D缺乏与IgAN结局相关TWA 25(OH)D风险模型结合转录组单细胞与分子对接
本研究纳入866例IgA肾病（IgAN）患者，评估血清25-羟基维生素D（25(OH)D）水平与主要不良肾脏事件（MAKE）的关系。Kaplan-Meier 与Cox回归分析显示，较低的时间加权平均（TWA）25(OH)D水平是MAKE的独立危险因素，最佳预测截断值为。整合ROC、决策曲线分析和净重分类改进（NRI）验证了TWA 25(OH)D在风险分层中的增益效应，并显著提高模型的预测性能。随访中，共有10.6%患者发生MAKE，且TWA 25(OH)D与MAKE风险呈线性相关。机制探索结合。
2025-09-30 16:30:11
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原创 Genome Med｜RAG-HPO做表型注释：学习一下大语言模型怎么作为发文思路
RAG-HPO，一种基于检索增强生成 (RAG)的表型提取工具，利用模型结合动态向量数据库对临床文本进行HPO 术语分配。在 112 份病例报告（1792 个人工标注术语）的基准测试中，RAG-HPO 显著优于Doc2HPO、ClinPhen 和 FastHPOCR，达到0.81 精度、0.76 召回率与 0.78 F1（p<0.00001），并有效减少幻觉和无关匹配。假阳性多数为目标术语的上位词，仍具一定临床相关性。RAG-HPO 的高准确性与适应性不仅提升了表型提取的可靠性，还加速了。
2025-09-30 16:24:44
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原创 2025年期刊目录最新版｜国内期刊会越来越重要，全学科中国核心期刊、卓越期刊二期期刊目录领取分享
SCI（Science Citation Index，科学引文索引） 是由 美国科睿唯安（Clarivate） 主导的全球性期刊评价体系，始于 1957年，专注于自然科学领域的高质量期刊收录。它通过 引文数据 对期刊学术影响力进行量化评估，其中最具代表性的指标是 影响因子（Impact Factor）。被SCI收录的期刊通常被视为具有国际学术水准，是科研成果国际发表与评价的重要依据，也是高校、科研机构考核科研产出的核心标准之一。中文核心期刊，权威机构认定为在某一学科领域具有代表性和影响力的中文学术期刊，目前
2025-09-25 09:34:50
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原创 Nat Biotechnol｜评估框架 Systema 揭示扰动响应预测性能被系统性变异高估并重塑未见基因扰动建模标准
在功能基因组学中预测基因扰动的转录响应仍具挑战，现有方法常因系统性变异（如选择偏差、混杂因素）而导致性能被高估。研究在十个数据集（涵盖三种技术、五种细胞系）中量化了这种偏差，并发现常用指标难以准确评估真实预测能力。为此，作者提出评估框架Systema，其突出特定于扰动的效应，并能识别正确重建扰动图景的方法。结果显示，对未见扰动的预测远比标准指标呈现的更困难，强调了异质性基因面板的必要性，并推动了将预测性能与系统性效应区分开来的方法学进展。
2025-09-25 08:52:27
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原创 J Immunother Cancer｜单细胞解析揭示恶性胶质瘤中吞噬作用驱动的巨噬细胞活化状态异质性并提示免疫重编程新策略
该研究聚焦于弥漫性中线胶质瘤（DMG）和胶质母细胞瘤（GBM）的免疫治疗，发现放疗（RT）可诱导免疫原性细胞死亡（ICD）并上调DAMPs（如 phosphatidylserine、calreticulin、HSP70/90、HMGB1），而CD47 阻断通过解除CD47–SIRPα 抑制信号促进吞噬，两者联合能产生协同效应，显著增强巨噬细胞吞噬作用。单细胞转录组分析显示，吞噬肿瘤细胞的巨噬细胞形成具有炎症、代谢及抗原呈递通路特征的转录亚群，并在体内表现出向M1 样炎症型极化。
2025-09-25 08:48:35
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原创 Nat Commun｜视觉盛宴！整合 snRNA-seq 与空间转录组学的百万人级图谱揭示皮层层状结构与细胞互作
本研究利用亚细胞水平空间转录组测序和snRNA测序技术，对14个人类皮质区域进行系统解析，构建了涵盖1,121,772个细胞核转录组与1,888,306个细胞空间分布的高分辨率单细胞图谱。结果显示，谷氨酸能神经元呈现高度精确的层状结构且跨区域具有相似表达，SST神经元则分为位于表层与深层的两类转录组亚型。图谱进一步揭示了不同皮质区域在第四层与稳定亚板层（6b层）的细胞组成和转录组差异，解析了神经元–胶质细胞之间的配体–受体通讯模式及其区域特异性，揭示了细胞类型与皮质功能网络之间的关键关联。
2025-09-24 15:40:16
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原创 J Immunother Cancer｜基线PBMC单细胞图谱预测ICI疗效与毒性揭示NSCLC患者应答与irAE机制
本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析33例晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在接受免疫检查点抑制剂（ICI）治疗前的外周血单个核细胞（PBMC），揭示了治疗预后和免疫相关不良事件（irAE）的关键分子机制与标志物。结果显示，良好预后的患者外周血中CD8/CD4 T细胞和NK细胞显著富集，并伴随PRF1与GZMB表达升高，指示增强的细胞毒性免疫应答，而原发耐药者中则呈现突出的缺氧通路激活。相比之下，irAE的发生与髓系细胞。
2025-09-24 11:04:16
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原创 Nat.C｜ezSingleCell：模块联动驱动的ezSingleCell五合一框架多组学单细胞解析与空间反卷积
在单细胞与空间组学分析日益普及的背景下，提供了一种无需编程即可完成标准分析流程的解决方案。它将主流公开算法整合为五个功能模块，涵盖scRNA-seq与空间转录组等多类型数据的质控、聚类、整合与可视化，并允许不同模块间的交互调用。支持多种输入格式，输出为可直接用于科研汇报与发表的图表与表格。此外，平台提供视频教程与使用手册，便于不同背景研究者快速掌握操作逻辑。文章号称分析一个约3000个细胞的 scRNA-seq 数据集仅需五分钟，目前可通过网页端或 R 语言 ShinyApp 本地运行。
2025-08-08 08:52:20
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原创 Sci Adv｜IF=12.5！无RB1缺陷癌症的“隐性弱点”——蛋白质组学揭示的泛癌转录表型与靶向治疗新策略
本研究提出一种整合蛋白质组学方法用于预测RB 通路失调的癌症类型，发现一类缺乏RB1 截短突变或缺失但在转录水平上高度相似的癌症亚群，被称为RBness。这一表型广泛存在于多种癌症类型中，具有泛癌特征，不仅与患者的预后及化疗反应相关，还可预测雌激素阳性乳腺癌对 CDK4/6 抑制剂的响应。进一步结合RNA 干扰与 CRISPR-Cas9 筛选，研究发现 RBness 癌症表现出与 RB1 缺陷细胞合成致死脆弱性的相似性，提示在无 RB1 基因缺陷背景下，RB 通路失调仍可作为治疗靶点。
2025-07-17 13:53:16
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原创 Nat.C｜RiNALMo：通用 RNA 语言模型新突破，3600 万序列预训练，跨家族结构预测、剪接识别与功能注释全能泛化
尽管RNA作为小分子药物靶点的研究逐渐升温，但其结构复杂性仍带来诸多挑战，亟需深化对其结构与功能的系统理解。受蛋白质语言模型成功经验启发，研究团队构建了目前规模最大的RNA语言模型 RiNALMo，包含6.5亿参数，并在3600万个非编码RNA序列上完成预训练。RiNALMo能够从序列中自动提取潜在结构特征，在多个任务中实现最先进性能特别是在RNA二级结构预测中展现出对未知RNA家族的卓越泛化能力，突破了传统模型的局限，为RNA功能解析与靶点开发提供了有力工具。
2025-07-07 22:12:19
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原创 Sci Bull｜STCAT：一行代码完成T细胞亚型注释，共35种疾病68个T细胞亚型及状态
T 细胞具有多种亚型和状态，功能各异。然而，目前缺乏专门针对 T 细胞亚型和状态的参考列表和自动注释工具，这对于比较不同条件下的 T 细胞至关重要。本研究构建了目前最大的人类 T 细胞参考集，包含1,348,268 个 T 细胞，覆盖35 种疾病和 16 种组织。研究将 T 细胞分为33 个亚型，进一步划分为68 个亚型+状态类别。基于该参考集，开发了名为STCAT的工具，利用分层模型与标记校正机制，可对 scRNA-seq 数据中的 T 细胞进行自动注释。
2025-07-03 09:40:10
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原创 生信学习路线｜Frontiers系列期刊：手把手教临床或者基础医学生，怎么去阅读一篇生信文献
本篇面向新入门的同学，转专业的，临床的。分析方法这么多，要学什么，要做哪些分析，怎么衔接，！只看SCI，不需要读高分文章，不需要所谓创新，我们甚至可以，就看前沿系列的文章，灌水套路，因为这个阶段是了解，“？主体我们就划分为的分析和的分析即可，我们先掌握bulk！
2025-07-01 08:41:05
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原创 生信自学路线｜R语言的数据变量类型与对应运算
R 是一种动态类型语言，使用灵活，变量无需预先声明类型。掌握 R 的数据类型和变量机制，是后续进行数据处理和建模分析的基础。本章节主要介绍 R 语言中的常量、变量、基本数据类型及常用数据结构，并结合示例进行说明。
2025-06-26 08:57:48
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原创 Medcomm｜2025年bulk分析也能发，ESCC个体化免疫治疗+机制验证SLAMF7/IL1R1/BATF免疫轴
本研究利用bulk-RNA 测序分析了 88 例食管鳞状细胞癌（ESCC）患者在接受新辅助治疗联合手术（NA+S）或单纯手术（SA）后的肿瘤转录组特征，并结合 TCGA 中 95 例患者数据进行验证。研究构建了融合免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因和肿瘤微环境（TME）核心基因的五基因 RIN 评分系统，筛选出关键共表达基因SLAMF7和IL1R1，并揭示其受转录因子BATF调控的机制。NA+S 治疗显著增强 CD8+T 细胞及多种免疫细胞的浸润驱动 ICD 相关通路激活。
2025-06-25 10:36:18
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原创 MedComm｜lncRNA：IL6-AS1通过S100A9/AGER-TLR4通路介导成纤维细胞-巨噬细胞串扰促进COPD
研究系统评估了高表达于COPD肺组织的长链非编码RNA IL6-AS1在疾病进展中的作用。通过AAV介导的IL6-AS1过表达小鼠模型联合香烟烟雾暴露，观察到其诱导显著加重的COPD样肺病理改变。结合COPD患者单细胞转录组数据及成纤维细胞-巨噬细胞共培养体系IL6-AS1上调增强了S100A9与巨噬细胞上AGER/TLR4的结合经外泌体途径介导成纤维细胞-巨噬细胞间的炎症串扰。干预实验表明，帕喹莫德可抑制该通路活性。此外，孟德尔随机化分析提示IL6-AS1与COPD风险之间可能存在共同因果变异。
2025-06-24 10:17:42
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原创 代码开源！MEBOCOST：scRNA-seq + mCCC 推断 + 可视化整合实战
MEBOCOST是一种用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中定量推断代谢物介导的细胞间通讯的算法。该方法识别代谢物（如脂质）由发送细胞合成并分泌，随后作用于接收细胞传感器蛋白（包括细胞表面受体跨膜转运蛋白与核受体）的过程。依托一个人工整理的代谢物-传感器配对数据库，MEBOCOST 根据合成酶与传感器表达量，系统判定细胞间的代谢信号传递关系。在小鼠棕色脂肪组织（BAT）中，MEBOCOST 不仅复现了已知的代谢通讯，还发现了一批受冷刺激调控的新型通讯模式，为研究多种生理及疾病模型下的。
2025-06-21 14:28:29
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原创 Nat Methods｜开源代码！scNET实现scRNA与PPI图神经网络模型识别通路激活、细胞状态与基因间功能关系
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术为解析组织异质性提供了前所未有的视角，但其结果常受限于表达数据对通路与复合物变化的有限反映，以及高噪声与零膨胀等数据特性带来的分析挑战。为克服这些问题，研究者提出了scNET，一个融合scRNA-seq 与蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的图神经网络模型。该方法采用双视图图结构联合建模基因与细胞之间的关系，并引入注意力机制优化细胞图构建。在多项评估中，scNET 显著提升了对基因注释、通路识别和细胞间功能关系的解析能力，展现出优越的泛化性能与生物解释力。
2025-06-20 15:48:03
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原创 生信自学路线｜转录组bulkRNA-seq的处理与常见下机测序数据分析
本篇面向新入门的，转专业的，临床的，0基础的同学。学生信对于软件安装没问题了，环境搭建好了，开始了解一些数据挖掘的常见概念，以下是生信多组学数据挖掘四大金刚为首的，我们先讲哈，下一步才做！！还有很多未出现的名词，可以自行谷歌一下，或者看看，有经费的建议报班1对1还有售后那种。
2025-06-17 08:48:14
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原创 生信自学路线｜R与Rstudio的简介与下载安装教程（新手向）
摘要 本文面向生物信息学初学者，强调系统学习的重要性，建议从基础概念入手而非急于求成。文章首先推荐使用在线分析工具（如GEPIA2、UALCAN等）快速获取结果，然后详细介绍了R语言与RStudio的关系及安装步骤。对于深入学习，文章讲解了R包的四种安装方式（CRAN、本地、Bioconductor、GitHub）及常用数据格式的读取方法。作者建议新手优先学习R语言，通过官方渠道获取稳定版本，并循序渐进地掌握生物信息分析技能。全文提供了实用的工具链接和代码示例，为初学者构建了清晰的学习路径。
2025-06-16 10:16:46
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原创 R包安装报错解决案例系列｜R包使用及ARM架构解决data.table安装错误问题
有不少同学是Mac系统的，分析过程中会发现部分R包总是安装不成功，这是因为部分R包基于架构编译的，最常见的就是含的包，对于初学者都是建议linux和win去做，。mac这种半开源的封闭性系统会很折腾，除非嘿嘿嘿，能把人折磨麻了！！！！！绝大部分都是因为Apple不支持等这类，需要到的R包，必翻车。没办法，喜欢 Mac OS 得折腾！！！
2025-05-27 16:01:06
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原创 Nat.C｜代码开源！CELINA：识别空间转录组中的细胞类型特异性变异基因
摘要 《Nature Communications》发表的文章介绍了一种名为 Celina 的统计方法，用于检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs），适用于单细胞和点分辨率空间转录组数据。Celina 通过空间变化系数模型，将基因表达与细胞类型的空间分布精确关联，并结合多核矩阵捕捉多样化的空间表达模式。在模拟分析中，Celina 在八种零假设设置下表现出良好的 I 型错误控制，并在 40 种不同空间表达模式下展现出更高的检测功效，显著优于现有方法。
2025-05-14 14:25:53
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原创 文献检索工具推荐｜让PubMed显示影响因子、分区、引用量的4个浏览器插件！
在使用进行文献检索时，没有使用任何插件的检索页面：在使用检索文献时，是否也曾被这样的困扰打断思路：文章虽多，却难以快速判断其质量？我们往往希望第一时间看到期刊的影响因子（）、，甚至引用次数等关键信息，但默认界面并不显示这些指标。这使得从成百上千篇文献中筛选出高质量文章，变得既耗时又低效。
2025-05-14 09:49:18
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原创 Fpocket是个宝藏！书接上回，好多人问到动态条件下的口袋预测
最近真的忙飞了，从五一前夕，到现在，好多事情要管，好多项目要跟。这篇着重给大家分享一下是个什么神仙工具！！上篇分享了蛋白预测的工具，有不少朋友问到关于？在此可以做到，不要再重复问了，这里统一讲解～和是一脉相承的两个工具，属于同一个工具集（.pdb.pdblist.txt.txt.pdb.xtc.dcd.trr.dx.pdb.csv.txt.pdb。
2025-05-09 10:08:40
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原创 中科院综合1区Top｜2025年成纤维细胞怎么挖掘，40个泛癌单细胞图谱做细胞衰老研究
2025年，如何衰老、如何在肿瘤中“沉默发声”，正成为研究热点。借助，从这篇文章学习一下怎么挖掘其衰老特征与调控逻辑。
2025-05-08 15:34:15
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原创 科研人福气！分享8个预测蛋白活性位点的高效工具！
在功能蛋白研究和药物开发中，准确预测蛋白活性位点（）是揭示分子机制、筛选潜在靶点的关键一步。直入主题吧，分享8个常用。
2025-05-08 15:33:19
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原创 iMeta｜代码和图像全开源！分享华大一篇IF=23的多组学微生物群的文章
肠道微生物群影响宿主的免疫和代谢，其组成和功能的变化与多种非传染性疾病有关。本文，我们使用空间转录组学、单细胞 RNA 测序和靶向胆汁酸代谢组学对无菌 (GF) 小鼠和无特定病原体 (SPF) 小鼠进行了比较，系统地评估了肠道微生物群缺失如何影响器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢。通过综合分析，我们发现B髓系和T/自然杀伤细胞明显异常，粘膜分区和营养吸收改变，粪便、肝脏和循环中胆汁酸谱发生显著变化，其中 GF 小鼠以替代合成途径为主，胆汁酸肠肝循环发生明显变化。
2025-03-14 09:14:58
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原创 Nature｜代码开源！衰老特征小鼠做全脑单细胞的视觉盛宴
分享一篇《》的单细胞文章，全篇从分析思路和配图都令人耳目一新，这些都极具，不过度捧杀，大家欣赏与借鉴学习一下。做组织的还是工作量不小的，多内容好堆现。
2025-03-10 09:04:35
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原创 用R语言放个烟花｜理工男的浪漫
上半年还好，下半年太忙了，近年末忙飞了。这里用R写了一个烟花html。2025力求抽空勤快更新！2024的最后一天了～2025，更上一层楼！文献解读和代码分享！还有一些好玩的东西～提前祝大家新年快乐🎉。
2025-02-22 12:09:10
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原创 建议收藏！细胞代谢中的8种RNA修饰及主流数据库，IF=40
RNA在细胞代谢中的角色远超其传统的基因信息传递功能。通过多种化学修饰，RNA不仅参与基因表达的调控，还在细胞的代谢网络和免疫反应中发挥关键作用。分享一篇总结的比较好的文章。
2025-02-21 23:51:28
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原创 代码分享｜基于R的决策树分类，HPDT模型的图像延伸分类
今天看到一篇比较有趣的文章，基于机器学习做图像分类的，HPDT。下面主要是关于文献解读和R语言的代码分析，关于PY的之前有做过一份DEMO大家可以回顾一下！
2025-01-16 14:31:50
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原创 NHANES数据挖掘｜特征变量对死亡率预测的研究设计与分析
书接上回，应各位临床或在科室的小伙伴们需求，除了多组学和算法开发外，插播关于临床护理方向的数据挖掘，今天分享两篇的分析文献。
2025-01-14 14:57:43
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原创 还是NC，项目代码开源｜scRNA+bulkRNA+因子分析验证地塞米松治疗Covid19
地塞米松是 COVID-19 危重患者的标准治疗方法，但其降低死亡率和免疫学作用的机制尚不清楚。在这里，我们对下呼吸道和血液样本进行批量和单细胞 RNA 测序，并评估血浆细胞因子分析，以研究地塞米松对全身和肺部免疫细胞区室的影响。在血液样本中，地塞米松与与 T 细胞活化相关的基因表达下降有关，包括TNFSFR4和IL21R。我们还发现几种免疫途径的表达下降，包括主要组织相容性复合体-II 信号转导、选择素 P 配体信号转导以及通过细胞间粘附分子和整合素激活进行的 T 细胞募集，表明这些是类固醇。
2024-07-04 11:02:53
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原创 14分Top刊NC代码开源｜NSCLC单细胞+空转肿瘤微环境分析
肺癌是全球第二大最常见的癌症，也是癌症相关死亡的主要原因。肿瘤生态系统具有多种免疫细胞类型。髓系细胞尤其普遍，并且在促进疾病方面发挥着众所周知的作用。在我们的研究中，我们通过单细胞和空间转录组学分析了 25 名未经治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者的约 900,000 个细胞。我们注意到抗炎巨噬细胞与 NK 细胞/T 细胞之间存在反比关系，并且肿瘤内的 NK 细胞细胞毒性降低。虽然我们观察到腺癌和鳞状细胞癌中的细胞类型组成相似，但我们发现各种免疫检查点抑制剂的共表达存在显著差异。
2024-07-01 17:42:43
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原创 fmsb&ggradar｜复现CNS同款雷达图并且加上显著P值
背景研究发现，COVID-19的发病机制与系统性红斑狼疮 (SLE) 之间可能存在串扰，但其相互作用机制仍不清楚。我们旨在利用临床信息和这两种疾病的潜在机制阐明 COVID-19 对 SLE 的影响。方法RNA 测序数据集用于识别 COVID-19 和 SLE 之间共享的枢纽基因特征，而全基因组关联研究数据集用于描述关键信号通路的相互作用机制。最后，单细胞 RNA 测序数据集用于确定表达共享枢纽基因和关键信号通路的主要靶细胞。结果COVID-19 可能通过影响血液系统和加剧炎症反应影响 SLE 患者。
2024-06-28 17:38:15
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原创 多组学双疾病串扰怎么做？PAN-AD九个机器学习+MR+单细胞，工作量不少
背景研究发现，COVID-19的发病机制与系统性红斑狼疮 (SLE) 之间可能存在串扰，但其相互作用机制仍不清楚。我们旨在利用临床信息和这两种疾病的潜在机制阐明 COVID-19 对 SLE 的影响。方法RNA 测序数据集用于识别 COVID-19 和 SLE 之间共享的枢纽基因特征，而全基因组关联研究数据集用于描述关键信号通路的相互作用机制。最后，单细胞 RNA 测序数据集用于确定表达共享枢纽基因和关键信号通路的主要靶细胞。结果COVID-19 可能通过影响血液系统和加剧炎症反应影响 SLE 患者。
2024-06-17 10:28:27
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