生信文献分享
文章平均质量分 93
Bioinfo Guy
药物研发生信工程师,多线程核糖体运营者|R语言、Python、AIGC|生信累积解惑1000余人,累积完整分析项目超100个,暂不接全篇分析,欢迎学术交流
展开
-
多组学双疾病串扰怎么做?PAN-AD九个机器学习+MR+单细胞,工作量不少
背景研究发现,COVID-19的发病机制与系统性红斑狼疮 (SLE) 之间可能存在串扰,但其相互作用机制仍不清楚。我们旨在利用临床信息和这两种疾病的潜在机制阐明 COVID-19 对 SLE 的影响。方法RNA 测序数据集用于识别 COVID-19 和 SLE 之间共享的枢纽基因特征,而全基因组关联研究数据集用于描述关键信号通路的相互作用机制。最后,单细胞 RNA 测序数据集用于确定表达共享枢纽基因和关键信号通路的主要靶细胞。结果COVID-19 可能通过影响血液系统和加剧炎症反应影响 SLE 患者。原创 2024-06-17 10:28:27 · 283 阅读 · 0 评论 -
冲12分top刊|乳腺癌单细胞细分亚型的正确打开方式
背景:干细胞或祖细胞前体通过遗传和表观遗传程序赋予癌细胞发育可塑性和独特的细胞身份。目前仍未利用新技术对乳腺癌细胞来源进行全面表征和定位,以揭示新的亚型特异性治疗靶点。方法:我们整合了来自正常乳腺组织的195,144个高质量细胞和来自原发性乳腺癌样本的406,501个高质量细胞,以创建人类正常和癌变乳腺的大规模单细胞图谱。通过将癌细胞与参考正常上皮细胞进行对比,探索恶性细胞的潜在异质性来源。进行了多组学分析和体外和体内实验,以筛选和验证潜在的亚型特异性治疗靶点。原创 2024-06-12 14:05:52 · 856 阅读 · 0 评论 -
DRIVEN|15分的CNN+LightGBM怎么做特征分类,适用于转录组
呼吸暂停和呼吸不足是常见的睡眠障碍,其特征是气道阻塞。多导睡眠图 (PSG) 是一种睡眠研究,通常用于计算呼吸暂停-呼吸不足指数 (AHI),即一个人每小时睡眠中呼吸暂停或某些类型的呼吸不足的次数,并诊断睡眠障碍的严重程度。及早发现和治疗呼吸暂停可以显著降低发病率和死亡率。然而,长期 PSG 监测是不可行的,因为它对患者来说既昂贵又不舒服。为了解决这些问题,我们提出了一种名为DRIVEN的方法,通过可穿戴设备在家中估计 AHI,并检测整个晚上何时发生呼吸暂停、呼吸不足和清醒期。原创 2024-06-04 11:06:21 · 1141 阅读 · 0 评论 -
二区5分纯生信|单细胞+非负矩阵+AlphaFold+机器学习组合
背景: 增生性糖尿病视网膜病变(PDR)是失明的主要原因,其发病机制复杂。本研究整合单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)、非负矩阵分解(NMF)、机器学习和 AlphaFold 2 方法,探索 PDR 的分子水平。方法: 我们分析了 PDR 患者和健康对照者的 scRNA-seq 数据,以确定不同的细胞亚型和基因表达模式。NMF 用于定义 PDR 中的特定转录程序。利用 Meta-Program 1 中确定的氧化应激相关基因 (ORG),使用 12 种机器学习算法构建预测模型。原创 2024-05-29 10:09:36 · 744 阅读 · 0 评论 -
【生信干湿结合】单细胞+BULK+空转+核苷酸代谢基因集,一个月快速发表SCI
背景结直肠癌是消化系统的恶性肿瘤,起源于结肠或直肠的异常细胞增殖,通常导致胃肠症状和严重的健康问题。核苷酸代谢涉及DNA和RNA的合成,是一种关键的细胞生化过程,对结直肠癌的进展和治疗策略有重要影响。方法在单细胞RNA测序(scRNA-seq)中,采用了五种功能计算与核苷酸代谢相关的分数。利用细胞发育轨迹分析和细胞间互作分析探索不同上皮细胞的代谢特征和通信模式。通过空间转录组RNA测序(stRNA-seq)进一步验证这些发现。利用来自TCGA和GEO队列的表达谱数据构建风险模型,以优化临床决策。原创 2024-05-22 11:31:12 · 349 阅读 · 0 评论 -
一篇TOP9分单细胞带入胚胎干细胞(hESC)做脑发育学的调控轨迹
神经元发育的复杂过程在生命早期就开始了,控制这一过程的遗传机制尚未完全阐明。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种有效的工具,可用于精确定位在不同细胞类型和发育阶段表现出差异表达的生物标志物。通过在人类胚胎干细胞上使用 scRNA-seq,我们的目标是识别对早期神经元发育至关重要的差异表达基因 (DEG我们的重点不仅仅是识别差异表达基因。我们努力通过富集分析来研究这些基因的功能作用,并构建基因调控网络以了解它们的相互作用。最终,这种综合方法旨在阐明控制早期人类大脑发育的分子机制和转录动力学。原创 2024-05-20 10:17:25 · 924 阅读 · 0 评论 -
2024年了,Covid19怎么发?PANoptosis程序性死亡,抓紧上车!
2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 已造成严重破坏 3 年。PANoptosis是一种独特的且与生理相关的炎症性程序性细胞死亡,它使 COVID-19 中的细胞因子风暴和多器官损伤持续存在。尽管 PANoptosis 在宿主防御中发挥着不可或缺的作用,但仍需要进一步研究来阐明 PANoptosis 调节 COVID-19 免疫反应和预后的确切过程。原创 2024-05-14 14:38:12 · 644 阅读 · 0 评论 -
一区8分|类器官方向怎么抢发好文章,药物测试离不开时序
胰腺导管腺癌(PDA)是一种致命的癌症,其特点是预后不良和发病率增加。其中绝大多数(>80%)新诊断病例被认为不适合手术切除,仅留下化疗作为唯一可行的选择,尽管其成功率仅为中等。这需要确定更好的PDA治疗选项。我们假设在PDA肿瘤中存在与癌症相关的过程的时间变化,提供了关于药物给予的最佳时间的见解 - 这个概念被称为时间疗法。原创 2024-05-13 11:24:41 · 974 阅读 · 0 评论 -
前沿药理学|动脉粥样硬化干湿结合,常规转录组分析+免疫组化/荧光验证
说在前面今天分享一篇很典型的诊断模型筛选标志物的生信思路,三件套筛出关键靶点,ceRNATF调控圆一圆,再加上实验验证,简单易复现。今天给大家分享一篇JCR一区,诊断模型的文章:Identification of pivotal genes and regulatory networks associated with atherosclerotic carotid artery stenosis based on comprehensive bioinformatics analysis and原创 2024-05-10 10:27:07 · 751 阅读 · 0 评论 -
刷!简单的转录组分析+Cytoscape三小时工作量,思路易复现
背景: 炎症性肠病(IBD)经常与复杂的肠外表现相关联。炎症性肠病患者中非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的发病率每年都在增加。然而,NAFLD和IBD之间的相互作用机制尚不清楚。因此,本研究旨在探讨IBD和NAFLD的共同遗传特征,并确定潜在的治疗靶点。材料和方法:从基因表达 Omnibus(GEO)数据库获取了IBD和NAFLD的基因芯片数据集。进行了加权基因共表达网络分析(WGCNA)以识别与IBD和NAFLD相关的数据集中的模块。使用ClueGO对IBD和NAFLD之间共享的基因进行生物学分析。原创 2024-05-09 17:05:42 · 467 阅读 · 0 评论 -
一区9分Top|研究AD的充分不必要条件:不同皮质区域队列数据+多组学
我们采用机器学习方法,将多个人类AD队列的高通量转录组蛋白组代谢组和脂质组数据与临床和神经病理学数据进行整合,发现了4种独特的多模态分子谱。其中一种显示出认知功能差、疾病进展速度快、生存时间短、严重神经退行性变和星形胶质增生,以及代谢组谱水平降低的迹象。我们发现这种分子谱存在于与更高的Braak tau评分相关的多个受影响的皮层区域,以及与突触相关基因、内吞作用、吞噬体和在AD早期和晚期阶段发生改变的mTOR信号通路的显著失调有关。原创 2024-05-06 10:44:21 · 886 阅读 · 0 评论 -
SARS-CoV-2+scRNA|找到一篇单细胞转换成伪Bulk分析的文章了
背景:尽管我们对COVID-19疾病的免疫病理学及其后续风险和严重程度的理解正在不断发展,但关于导致COVID-19感染长期肺部并发症的免疫反应的详细描述仍不清楚。很少有研究详细描述了与持续肺部症状有关的SARS-CoV-2感染后续并发症(PASC)的免疫和细胞因子谱。驱动COVID-19幸存者和PASC患者肺部后续症状的免疫系统失调仍然大部分未知。结果:为了表征肺部PASC(PPASC。原创 2024-04-30 11:25:25 · 860 阅读 · 0 评论 -
单细胞做转移癌怎么筛选靶点和验证,学习一下这篇10分文章
背景由非小细胞肺癌(NSCLC)引起的反复发作性恶性胸腔积液(MPE)往往对传统治疗方法难以应对,并且缺乏预测性标志物。反复发作性MPE的细胞或基因特征仍然大部分不确定。方法招募了16例有胸腔积液的NSCLC患者,并根据原发性肿瘤进行相应的治疗。治疗3-6周后确定是否有反复发作的MPE。通过计算机断层扫描(CT)和细胞病理学验证了MPE的状态,并收集了基线胸腔液进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)。样本随后进行整合和分析。通过生物信息学算法推断细胞间的通讯和轨迹。原创 2024-04-29 11:27:50 · 424 阅读 · 0 评论 -
单细胞+Bulk+流式|思路清晰,衰老特征怎么验证单基因?
背景哮喘-慢性阻塞性肺病(COPD)重叠(ACO)代表了一种复杂的情况,老年人中具有哮喘和COPD的共享临床和病理生理特征。然而,ACO的病理生理学尚未被探索。我们旨在确定ACO中的主要炎症细胞,检查这些细胞内的衰老,并阐明调节衰老的基因。方法进行生物信息学分析,以调查从ACO患者肺组织中获得的公共单细胞RNA测序(scRNA-Seq)数据集中的主要细胞类型和细胞衰老特征。在独立的队列研究“免疫机制严重哮喘”(IMSA)中进行了类似的分析,该研究包括来自支气管肺泡灌洗液(BALF。原创 2024-04-26 09:30:50 · 831 阅读 · 0 评论 -
JCR一区|同样的分析做常见病直接烂尾,换个微生物组直接发5分
引言厄美耳球虫()感染可导致多种肠道免疫细胞的表达,引发炎症,破坏肠道稳态,并促进与不同细菌的共感染。然而,在ET感染进展过程中肠道免疫细胞与肠道菌群之间的相互作用仍不清楚。目的本研究旨在研究盲肠微生物内毒素(CME)相关基因与ET感染中肠道免疫之间的相关性,并随后确定潜在的枢纽生物标志物和免疫治疗靶点。方法通过生物信息学方法和蛋白质相互作用(PPI)网络分析,基于GSE39602数据集确定了ET感染中的差异表达基因(DEGs)和与CME相关的枢纽基因。此外,通过CIBERSORT方法分析了免疫浸润。原创 2024-04-15 15:56:17 · 837 阅读 · 0 评论 -
JCR一区5分|活检外周血miRNA,非常简单的诊断+预后筛选预后标志物
抽象的在恶性肿瘤中,胰腺导管腺癌(PDAC)由于发现较晚,是死亡率最高的肿瘤之一。因此,寻找一种无创、早期、特异、灵敏的诊断方法至关重要。MicroRNA (miRNA) 是有吸引力的生物标志物,因为它们易于获取、高度特异性且敏感。找到可用作可能的生物标志物的 miRNA 至关重要,因为 PDAC 是墨西哥癌症死亡的第八大常见原因。在 microRNA 微阵列的帮助下,在 PDAC 组织中发现了差异表达的 miRNA (DEmiRNA。原创 2024-04-09 11:22:50 · 331 阅读 · 0 评论 -
9分的新思路|“拆开”这个R包,其实就是一个多物种非肿瘤诊断模型
背景心血管研究严重依赖小鼠()模型来研究疾病机制并测试新的生物标志物和药物。然而,将这些结果应用于患者仍然是一个重大挑战,并且经常导致无效的药物。因此,开发具有高度相似性和预测价值的模型是转化科学面临的一个公开挑战。这需要将小鼠的疾病模型与来自人类的病变组织进行比较。结果为了在单细胞分辨率下比较转录特征,我们实施了一种称为的整合管道,该管道唯一地分配直系同源物,从而合并不同物种的单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) RNA。原创 2024-04-08 09:46:20 · 910 阅读 · 0 评论 -
scRNA+bulk+MR:动脉粥样硬化五个GEO数据集+GWAS,工作量十分到位
CD69+CD103+组织驻留记忆T(TRM)细胞是炎症的重要驱动因素。为了解析它们在炎性关节炎中的作用,我们对银屑病性关节炎(PsA)或类风湿关节炎(RA)患者关节中的T细胞进行了单细胞、高维度分析。我们确定了三组滑膜CD8+CD69+CD103+ TRM细胞:细胞毒性和调节性T(Treg)-类TRM细胞存在于PsA和RA中,而具有促炎细胞因子特异性分泌(IL-17A+TNFα+IFNγ+)的CD161+CCR6+17型TRM细胞在PsA中特别丰富。原创 2024-04-01 10:29:22 · 1043 阅读 · 0 评论 -
Cell Reports|单细胞6张图,非肿瘤T细胞分型这样做
CD69+CD103+组织驻留记忆T(TRM)细胞是炎症的重要驱动因素。为了解析它们在炎性关节炎中的作用,我们对银屑病性关节炎(PsA)或类风湿关节炎(RA)患者关节中的T细胞进行了单细胞、高维度分析。我们确定了三组滑膜CD8+CD69+CD103+ TRM细胞:细胞毒性和调节性T(Treg)-类TRM细胞存在于PsA和RA中,而具有促炎细胞因子特异性分泌(IL-17A+TNFα+IFNγ+)的CD161+CCR6+17型TRM细胞在PsA中特别丰富。原创 2024-03-29 09:58:11 · 848 阅读 · 0 评论 -
【更新】单细胞联合MR这样筛选靶点|衰老+NK细胞+免疫浸润
背景衰老是阿尔茨海默病(AD)发展的重要因素。衰老细胞可以被NK细胞识别和去除。然而,NK细胞功能随着年龄的增长而逐渐失活。因此,本研究以衰老为切入点,研究NK细胞如何影响AD。方法该研究通过国家健康和营养检查调查数据库的前瞻性队列验证了认知与衰老之间的相关性。使用来自AD患者和不同年龄的单细胞核转录组测序数据对老龄化人群进行细胞轨迹分析。以AD患者全基因组关联研究(GWAS)队列为结局事件,以表达数量性状位点为工具变量。采用双向孟德尔随机化(MR)和共定位分析基因与AD的因果关系。原创 2024-03-29 09:57:29 · 1049 阅读 · 0 评论 -
单细胞联合BulkRNA分析思路|加个MR锦上添花,增强验证~
背景:人类动脉粥样硬化斑块(HAP)上C1Q相关基因的作用尚不为人知。我们的目标是利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA分析建立C1Q相关的中枢基因,以更有效地诊断和预测HAP患者,并使用双向Mendelian随机化(MR)分析探究C1Q与HAP(缺血性中风)之间的关联。方法从基因表达 Omnibus(GEO)数据库下载HAP scRNA-seq和批量RNA数据。使用GBMLASSO和XGBoost算法筛选C1Q相关的中枢基因。我们建立了机器学习模型,利用广义线性模型和接收器操作特征(原创 2024-03-06 13:52:01 · 1084 阅读 · 0 评论 -
两步法的双样本孟德尔随机化怎么做?2暴露因素+4风险因素+3结果
背景观察性研究报告称,教育程度与食管癌(EC)及其癌前病变的风险有关。然而,因果关系仍存在争议。我们旨在应用孟德尔随机化(MR)设计,确定基因预测的教育成就与食管癌、贲门部食管炎(BE)和胃食管反流病(GERD)之间的因果关联,并探索可修改的风险因素是否起到了中介作用。方法使用全基因组关联研究 (GWAS) 的汇总统计数据,这些研究基于欧洲血统个体的多年教育经历(教育年限,初步分析,n = 293,723)、大学毕业情况(大学,二次分析,n = 95,427)、ECBE( n = 361,194) 和。原创 2024-03-04 11:25:56 · 2176 阅读 · 0 评论 -
文献速读|5分的生信+免疫组化:单细胞测序转录组联合bulk转录组肿瘤预后模型
这项研究的背景是关于肺癌中的癌相关纤维细胞 (,简称CAF现代的观点认为CAF在肿瘤生成和肿瘤微环境中的免疫抑制中都扮演了至关重要的角色。然而,对于非小细胞肺癌 (,简称NSCLC) 中CAF的临床意义和生物功能,目前仍然探索不足。通过综合分析大量和单细胞的基因组、转录组和蛋白质组数据,研究者们希望确定NSCLC的CAF相关特征。利用权重基因共表达网络分析 (,简称WGCNA) 中确定的CAF标记基因,研究者构建并验证了一个基于CAF的风险模型,该模型可以将患者从四个独立的NSCLC队列中分为两个预后组。原创 2023-08-31 17:10:46 · 484 阅读 · 0 评论