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R语言GEO
一指流年,一纸沙
这个作者很懒,什么都没留下…
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5. 生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550
和生信技能树GEO转录组“GSE150392“分析类似,唯一区别就是在数据处理和ID转换这一环节略微有区别1.数据下载最方便的是xena。可以网页下载,也可以用代码下载。proj = "DHA"2.生存信息与临床信息这里仅仅是查看一下,到生存信息部分再整理。library(GEOquery)eSet = getGEO("GSE162550",destdir = ".",getGPL = F)eSet = eSet[[1]]exp = exprs(eSet)pd = pData(eSet原创 2022-04-13 16:19:22 · 2609 阅读 · 2 评论 -
多个基因对应一个探针
library(tidyverse)## ── Attaching packages ───────────────────────────── tidyverse 1.2.1 ──## ✔ ggplot2 3.1.0 ✔ purrr 0.2.5## ✔ tibble 1.4.2 ✔ dplyr 0.7.8## ✔ tidyr 0.8.2 ✔ stringr 1.3.1## ✔ readr 1.3.0 ✔ forcats 0.3.0## ── .转载 2022-04-04 11:51:30 · 1373 阅读 · 0 评论 -
GEO分析
title: “R Notebook”output: html_notebook1 下载加载包cran_packages <- c('tidyr', 'tibble', 'dplyr', 'stringr', 'ggplot2', 'ggpubr', 'factoext.原创 2022-03-28 10:07:43 · 4198 阅读 · 1 评论