7. 生信技能树——TCGA癌症数据2
一. “生存分析前的数据整理”1.读入数据表达矩阵只需要tumor数据,不要normal,将其去掉,新表达矩阵数据命名为exprSet;临床信息需要进一步整理,成为生存分析需要的格式,新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格列名可能不同,这里的代码需要根据实际情况修改。rm(list=ls())proj = "TCGA-KIRC"load(paste0(proj,".Rdata"))library(stringr)2.整理表达矩阵不需要正常样本;使用logCPM或log
原创
2022-04-16 11:19:57 ·
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