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HPC相关
工作中维护HPC集群的一些方法和心得
nice970111
这个作者很懒,什么都没留下…
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libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7‘ not found 解决方法
错误描述centos上遇到以下的错误:xxx: /opt/local//libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.7' not found (required by /opt/local/src2/msisensor2-master/msisensor2)/opt/local/src2/msisensor2-master/msisensor2: /opt/local//libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.18' not found (原创 2021-01-24 14:21:00 · 625 阅读 · 0 评论 -
安装生信分析软件之BreakID
一、BreakID 是什么?BreakID是一种基因组断点预测方法,可以在短时间读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现和基因型易位,串联重复,倒位和易位。它使用不一致的读对和拆分读来敏感而准确地描绘基因组重排。GITHUB链接:BreakID二、安装本次安装是在centos7.5上安装BreakID,在安装的过程中有一些小的问题作者没有在README中写出来,导致自己捣鼓了好长一段时间,记录下来,让有需要的人能少走点弯路。也记录下步骤留以后备用。先按照README.MD中下载所需要的的文件原创 2021-01-22 15:52:11 · 376 阅读 · 2 评论 -
conda中出现CondaHTTPError错误
背景:接到通知,需要在集群中安装gatk4.1.9.0的安装包。在集群中,我们使用的conda做环境的隔离。一、使用conda 新建环境conda create -n gatk-4.1.9.0报出error:conda 创建env CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/mai折腾许久,亲测可行的解决办法:删除-default行,就可以了,搞之前建议先备份co原创 2020-12-17 15:10:37 · 934 阅读 · 0 评论 -
bcl-convert安装问题
bcl-convert安装安装bcl-convert需要安装对应的版本,切不可在centos7 下直接安装centos6 系列的软件包。安装rpm包时,首先要确认安装的rpm是否和操作系统版本相同bcl-convert-3.6.3-1.el6.x86_64.rpm 此为redhat系列6中的安装包,若在7系列下安装则会报出如下的 错误:[root@test-src2]# rpm -ivh bcl-convert-3.6.3-1.el6.x86_64.rpm error: Failed d原创 2020-12-16 11:14:14 · 555 阅读 · 0 评论 -
PBS作业调度应用与说明(包括qstat -参数等)
PBS作业调度应用与说明(包括qstat-参数等)转载 :http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=355217&do=blog&id=464900PBS(Portable Batch System)最初由NASA的Ames研究中心开发,主要为了提供一个能满足异构计算网络需要的软件包,用于灵活的批处理,特别是满足高性能计算的需要,如集群系统、超级计算机和大规模并行系统。PBS的主要特点有:代码开放,免...转载 2020-08-21 10:19:01 · 6827 阅读 · 0 评论