2021-02-23 根据RNA-seq测序数据判断文库类型和链特异性

123_bioinfo

于 2021-02-23 00:19:44 发布

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文章标签：生物信息学

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版权

本文介绍了如何通过比对fastq数据和使用RSeQC的infer-experiment.py来确定RNA-seq的文库类型和链特异性。根据比对结果的比例，可以区分unstranded、FR/fr-secondstrand stranded和RF/fr-firststrand stranded三种类型。还推荐了一个傻瓜式软件，简化了这一过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

目录

问题描述
关键词
解决方案
参考

问题描述

如何只根据fastq文件确定RNA-seq的建库方法和链特异性？

关键词

strandedness，strandness，strand-specific，library type，library construction，RNA-seq

解决方案

比对fastq数据，生成sam或bam文件

Mapping your RNA-seq reads as if they were non-strand specific

准备bed格式的基因组注释文件

可下载gtf文件，然后使用bedops的gtf2bed将其转化为bed格式

conda install bedops
gtf2bed < ABC.gtf > ABC.bed

也可以使用UCSC的bedToGenePred等工具，参见https://www.biostars.org/p/64346/

运行RSeQC的infer-experiment.py

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