qq_2604617551的博客

原创 [tcl] grab failed: window not viewable. 解决方式： ＞ chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

试开URL’https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib/NLP_0.2-1.tar.gz’将程序包安装入‘/home2/zhangjj/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1’将程序包安装入‘/home2/zhangjj/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.1’— 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 —(因为‘lib’没有被指定)(因为‘lib’没有被指定)北京的可以选第15个。

原创 生物统计学

* 多元回归与相关一元回归是因变量Y在一个自变量X上的回归，它仅仅涉及到两个变量的关系问题。多元回归（multiple regress）：一个变量（因变量）对其他两个或两个以上变量（自变量）的线性回归关系。 若因变量Y同时受到m个自变量X1，X2，…，Xm的影响，且这m个自变量皆与Y成线性关系，则这m+1个变量的关系就形成m元线性回归。多元回归与相关分析主要解决的问题： 1.建立由多个自变量描述和预测因变量的多元回归方程； 2.在多个自变量中，选择对因变量有显著效应的自变量，剔除不显著

原创 VCF格式文件

Variant call format，用于记录variants（SNP/InDel）的文件格式。分为两部分：以#开头的注释部分和没有#开头的主体部分。主体部分包含10列数据，主体部分每一行代表一个variant的信息。1.CHROM：参考序列名称2.POS：variant所在的left-most位置（1-base position）（发生变异的位置的第一个碱基所在的位置）3.ID：variant的ID。同时对应着dbSNP数据库中的ID，若没有，则默认使用“.”4.REF：参考序列的a

原创 20种氨基酸

原创 第二章 基因芯片

基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片/组织芯片/糖芯片/其他芯片。这三个属于微阵列芯片。芯片实验室属于微流控芯片。基因芯片按照探针的不同分为寡核苷酸微阵列和cDNA微阵列。寡核苷酸微阵列——更常用。基因芯片技术的基础是DNA杂交技术。核酸分子固相杂交方法：正向杂交和反向杂交(基因芯片的前身)。反向杂交固定的是探针，用样品去检测。正向杂交固定的是样品，用探针去检测。基因芯片流程：1.样品制备和芯片制备；2.杂交；3.杂交信号检测；4.数据分析探针——要有特异性，通常用单链DNA。固相支持物——载.

原创 chapter2 基因组学

1.基因、基因组与基因组学基因gene：遗传的基本单位，编码RNA或多肽链的核酸片段。基因组genome：细胞或生物体所含的一套完整的单倍体遗传物质。基因组DNA：编码蛋白的结构基因、复制转录的调控序列、功能尚不清楚的区域。基因组的特点：（1）不同的生物体，其基因组大小和复杂程度各不相同。（2）进化程度越高的生物其基因组越复杂。基因组学genomics：1986年提出，定义为研究基因组的结构组成、时序表达模式和功能，并提供有关生物物种及其细胞功能的进化信息。基因组学包含3个不同的亚领域：结构基因组学、功能基

原创 chapter3 转录组学

转录组：一个细胞、组织或生物体的全部RNA的集合体，其他也包括非编码的RNA。转录物的复杂性主要来自mRNA转录组学：对转录水平上发生的事件及其相互关系和意义进行整体研究的一门科学。转录组学的研究方法：1. RNA测序技术2. 基因芯片技术3. 基因表达系列分析技术4. 转录物编目的研究方法5. 转录物调节网络RNA-seq 转录组测序即RNA测序指将mRNA，miRNA，及其他non-coding RNA全部或者其中一种用高通量测序技术进行测序分析的技术测序深度：测序得到的总碱基数与待测...

原创 免疫学重点知识汇总

chapter1 免疫学概论免疫学：作为生命科学领域的前沿学科之一，与分子生物学、细胞生物学一同被誉为推动生命科学前进的“三驾马车”。2011年诺贝尔生理学或医学奖：发现了免疫系统激活的关键原理，使人们对人体免疫系统的认识有了革命性的改变。霍夫曼和巴特勒共同发现了识别微生物激活先天免疫系统（机体免疫反应的第一步）的关键受体蛋白，斯坦曼第一个发现了免疫系统中的树突细胞及其对获得性免疫中所具有的独特的激活与调节能力。2018年诺贝尔生理学或医学奖：詹姆斯·艾利森和本庶佑，发现负性免疫调节治疗癌症的疗法方面

原创 生物制药重点知识汇总

现代生物技术包括（有时7个空，填七大工程：基因工程，细胞工程，酶工程，发酵工程，生化工程，蛋白质工程，抗体工程）（有时8个空，填七大工程+核心技术是基因工程）。为什么说生物技术的发展史实际上是生物制药的发展史？应该先回答生物技术和生物技术制药的概念，然后讲两者之间的关系。现代生物技术定义：以现代生命科学为基础, 把生物体系与工程学技术有机结合在一起，按照预先的设计，定向地在不同水平上改造生物遗传性状或加工生物原料, 产生对人类有用的新产品(或达到某种目的)之综合性科学技术。生物技术制药：采用现代生物

原创 使用linux中的find查找出现错误：find: paths must precede expression，如find /home -name w*

解决方法：查找多文件时要采用单引号 find /home/data/ -name ‘Wxxxx_B’

原创 2021-02-25

pheatmap(bf3,cluster_rows = FALSE,cluster_cols = FALSE)Error in seq.default(min(x, na.rm = T), max(x, na.rm = T), length.out = n + : 'to' must be a finite number此外: Warning message:In seq.default(min(x, na.rm = T), max(x, na.rm = T), length.out = ...

原创 grep匹配到二进制文件

不知道为什么 有时候 明明好像不是二进制文件 但是却显示匹配到了二进制文件从而没有办法数该数据库中小分子的个数用grep -a 就可以了

原创 20190804

git常用命令和linux下安装git教程yum install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettextyum install gitgit --version分步骤运行：(base) [root@iz2zeddvkkjtba4uufb1wtz ~]# yum install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-de...

原创 R语言——基础学习——第五课

?plot#高级绘图函数 可以完整地绘制出一张图?mtcarsplot(mtcars$wt)plot(mtcars[,1:2])plot(mtcars)plot(mtcars$wt,mtcars$disp)plot(mtcars$wt,mtcars$disp,type='p')plot(mtcars$wt,mtcars$disp,type='l')plot(mtcars$wt,mt...

原创 R语言——基础学习——第四课

install.packages("readxl")getwd()setwd("E:/作业4")library(readxl) tianmao<-read_excel('tianmaoTV.xlsx',skip=1)#把第一行跳过，直接从第二行开始读取#创建新变量tianmao['total_sales']<-tianmao$current_price*tianmao$m...

原创 R语言——基础学习——第三课

昨天中午学习完打完作业卡直接上课去了 没来得及放博客上 补一下#矩阵?matrixm<-matrix(1:6,nrow = 2,ncol=3, dimnames = list(c('r1','r2'),c('c1','c2','c3')))m#默认按列排列m<-matrix(1:6,nrow = 2,ncol=3,byrow = T, ...

原创 R语言——基础学习——第二课

num1<-c(9.1,8.2,7.3)num2<-1:10char<-c('a','b','c') #单引号or双引号都可以logit<-c(TRUE,FALSE,T,F)c(1,'a',TRUE)sex<-c('F','M','F','M')sexsexf<-factor(sex)sexfnum1[1]<-100 #索引一定要加方括号...

原创 R语言——基础学习——第一课

在未明学院上一个月前看到了个R语言的课 当时报了名今天开课 就听了下lecture1内容#1、创建对象，赋值a<-1a=1#2、读取变量aprint(a)# ctrl+shift+c一起操作 可以同时给多行加注释键 同时也可以取消注释#code里有common lines可以加注释也可以取消注释#对象不能是以数字开头，给对象明明最好是以字母开头A<-42c&l...

原创 【文献阅读2】Cytological and transcriptome analyses reveal abrupt gene expression for meiosis and sacchari

Cytological and transcriptome analyses reveal abrupt gene expression for meiosis and saccharide metabolisms that associated with pollen abortion in autotetraploid rice.pdf分子遗传学和基因组学（2018年）细胞学和转录组分析显...

原创 【文献阅读1】Comparative cytological and transcriptomic analysis of pollen development in autotetraploid a

Comparative cytological and transcriptomic analysis of pollen development in autotetraploid and diploid rice.pdf《植物生殖》同源四倍体和二倍体水稻花粉发育的比较细胞学和转录组学分析2014年9月28日发表摘要：同源四倍体水稻具有比二倍体水稻更大的遗传变异和更高的活力，但花粉育性低...

原创 【R语言】期末考试五道题

##question1###setwd(“G:/Rexam20174710426”)a<-2b<-0c<-1d<-7e<-4f<-7g<-1h<-0i<-4j<-2k<-6o<-NA#12个变量var<-c(a,b,c,d,e,f,j,h,i,j,k,o)#合并变量varsum.var&l...

原创 寒假【perl语言学习脚本】17.1 17.2 17.3

#!/usr/bin/perl -wmy $filename =’/home/zhangjingjing/perl5/sample_text.txt’;open my fh,′&lt;′,fh,&#x27;&lt;&#x27;,fh,′<′,filename or die “can’t open 'filename′:filename&#x27;...

原创 寒假【perl语言学习脚本】16.1 16.2 16.3 16.4

#!/usr/bin/perl -wchdir ‘/home/zhangjingjing’ or die “can’t chdir to /home/zhangjingjing directory:!&quot;;exec′ls′,′−l′ordie&quot;can′texecls:!&quot;;exec &#x27;ls&#x27;,&#...

原创 寒假【perl语言学习脚本】15.1 15.2 15.3 15.4 15.5

#!/usr/bin/perl -wuse experimental ‘smartmatch’;use 5.010;my verbose=verbose=verbose=ENV{VERBOSE} // 1;my $secret=int( 1 + rand 100);print “don’t tell anyone, but the secret number is $secret.\n...

原创 寒假【perl语言学习脚本】14.1 14.2 14.3

#!/usr/bin/perl -wmy @numbers;print “enter the ctrl + z to continue:\n”;while(<>){push @numbers,split;}foreach (sort {a&lt;=&gt;a&lt;=&gt;a<=>b}@numbers){printf “%2...

原创 寒假【perl语言学习脚本】13.1 13.2 13.3 13.4 13.5 13.6 13.7 13.8

#!/usr/bin/perl -wprint “which directory?(Default is your home directory)”;chomp(my dir=&lt;STDIN&gt;);if(dir=&lt;STDIN&gt;);if(dir=<STDIN>);if(dir=~/\A\s*\Z/){#空白行chdir or ...

原创 寒假【perl语言学习脚本】12.1 12.2 12.3

#!/usr/bin/perl -wforeach my $file(@ARGV){my KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '&' at position 12: attribs = &̲attributes(file);print “’$file’ $attribs.\n”;}sub attributes{ #子程序#报...

原创 寒假【perl语言学习脚本】11.1 11.2

#!/usr/bin/perl -wuse Module::CoreList;my %modules = %{ $Module::CoreList::version{5.014}};print join “\n”,keys %modules;#安装Module::CoreList模块，建立一个哈希，其键为指定perl版本自带模块的名称#这里用了哈希引用#!/usr/bin/perl...

原创 寒假【perl语言学习脚本】10.1 10.2 10.3

#!/usr/bin/perl -wmy $secret_num = int(1 + rand 100);print “Don’t tell anyone, but the secret number is $secret_num.\n”;while(1) {#无限的while循环print “Please enter a guess from 1 to 100:\n”;chomp(m...

原创 寒假【perl语言学习脚本】9.1 9.2 9.3 9.4 9.5

#!/usr/bin/perl -wCopyright © 2019 by Yours TrulyCopyright © 2019 by Yours Trulymy $what = ‘fred’;=&quot;barneyfredfredfredbarney&quot;;/(_=&quot;barneyfredfredfredbarney&quot;;/...

原创 寒假【perl语言学习脚本】8.1 8.2 8.3 8.4 8.5 8.6

#!/usr/bin/perl -wwhile($_=){if(/match/){print "It is matched: ‘&lt;`&lt;‘<&>KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '\n' at position 2: '\̲n̲";#自动捕获变量，&, $, $' } } #匹配...

原创 寒假【perl语言学习脚本】7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 7.6 7.7

#!/usr/bin/perl -wwhile(<>){#钻石操作符，不加参数，输入读取到默认的$中if (/fred/){print;}}#another waywhile(){if (/fred/){print KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '}' at position 6: _; }̲ }#从文件中读入...

原创 寒假【perl语言学习脚本】6.1 6.2 6.3

#!/usr/bin/perl -wmy %gf_name = (dongzhu => ‘yang’,#=>胖箭头lin => ‘zhou’,fangfang => ‘zhang’,);print “please input the name:\n”;chomp(my $person= );if (exists KaTeX parse error: Exp...

原创 寒假【perl语言学习脚本】5.1 5.2 5.3

#!/usr/bin/perl -wuse strict;print reverse <>;#!/usr/bin/perl -wuse strict;print “Enter some lines,then press ctrl-z:\n”;chomp (my @lines=);#需要用my来创建新的私有数组print “1234567890” x 4 ,"\n";...

原创 寒假【perl语言学习脚本】4.1 4.2 4.3 4.4 4.5

###ex4_1.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;sub total {my (sum,sum,sum,number);$sum=0;foreach $number (@_){sum+=sum+=sum+=number;}KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 5: sum;#̲...

原创 寒假【perl语言学习脚本】3.1 3.2 3.3

#!/usr/bin/perlprint “enter some lines,then press ctrl-z:\n”;@lines=;@reverse_lines=reverse@lines;print @reverse_lines;#!/usr/bin/perl@names=qw/fred betty barney dino wilma pebbles bamm-bamm/;...

原创 寒假【perl语言学习脚本】2.1，2.2，2.3，2.4，2.5

#############################################ex2-1.pl#!/usr/bin/perluse warnings;$pi=3.141592654;circ=2∗circ=2*circ=2∗pi*12.5;print “the circumference of a circle of radius 12.5 is $circ.\n”;##...

原创 寒假【perl语言学习脚本】1.1，1.2，1.3

#############################################ex1-1.pl###1-precitise#!/usr/bin/Perlprint"hello world\n";print"hello world\n";use 5.010;say"hello world!";########################################...