MS安装及网关方式运行

小城佛法大橙

已于 2024-08-08 14:02:45 修改

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文章标签：云计算材料工程运维开发

于 2024-08-08 14:00:56 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_49120372/article/details/141025142

版权

ms2020

爱国安装流程
vim ms2020.lic
### 可以进行修改端口及主机
激活lic
./BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/linux/bin/lp_install Software_ms2020/msi2020.lic
主要加载模块
/es01/yeesuan/yeesuan592/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/bin:/es01/yeesuan/yeesuan592/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin:/in	es01/yeesuan/yeesuan592/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/CASTEP/bin

forcite 模块
RunMatScript.sh -np 56 Random2020.pl

perl 有问题

ms forcite 模块使用

需要三个文件 test.pl   .xtd 和slurm 文件

RunMatScript.sh -np $NUM_PROCS -project test -- goodjob xtd

官方教程：
Materials Visualizer > Working with client-server systems > Working with jobs > Running jobs in standalone mode
### 网关方式运行作业

```bash
#更改安装完成后的软件权限及属主
chown biovia.biovia -R BIOVTA/MaterialsStudio20.1/etc/Gateway
chown 755 -R BIOVTA/MaterialsStudio20.1/etc/Gateway
#配置网关方式启动
###指定网关方式的端口 18000
cd /BIOVTA/MaterialsStudio20.1/etc/Gateway
config/configure gateway -port 18000
### 启动服务
./gwstart
##添加网关方式账户。
./gwusers --add user
### 网关方式 2023  有报错。
mkdir -p BIOVTA/MaterialsStudio20.1/data/
vim machines.LINUX
localhost
####链接不上可以试试 本地电脑直接 cmd 窗口直接 ping ip ping 通后，执行 telnet IP 18000

脚本方式提交作业

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=6        # 每个节点核心数量
#SBATCH --partition=test        # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=hello            # 作业名称
#SBATCH --output=hello.%j.out       # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=hello.%j.err        # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

##############################################
#          Software Envrironment             #
##############################################

MScommand=RunMatScript.sh  #改为实际模块运行命令

BIOVIA_ROOT=`which $MScommand |awk -F Mater '{print $1}'`
MS_ROOT=`which $MScommand |awk -F etc '{print $1}'`
source $BIOVIA_ROOT/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile
$MS_ROOT/etc/Gateway/config/configure edit cpucorestotal=$SLURM_NTASKS
nameflag=`scontrol show hostname $SLURM_JOB_NODELIST`
echo -n "" > $MS_ROOT/share/data/machines.LINUX
for line in $nameflag
do
 echo "$line:$SLURM_CPUS_ON_NODE" >> $MS_ROOT/share/data/machines.LINUX
done
unset I_MPI_PMI_LIBRARY                       
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0
##############################################
#               Run job                      #
##############################################
$MScommand -np  $SLURM_NTASKS test